大昭寺為平川式寺院建筑代表，環(huán)繞的經(jīng)堂、佛殿和院落，錯落排列，明顯區(qū)別漢式寺院。但主殿金頂，表明早就接受漢式傳統(tǒng)建筑風格。峨眉、武當金頂，與其酷似。主殿二三層檐下木雕伏獸和人面獅身，則為尼泊爾和印度藝術風韻。大昭寺融合藏漢與印度建筑元素，形成西藏寺院建筑的獨特個性。

9世紀，吐蕃國王赤熱巴堅狂熱佛教，命每七戶供養(yǎng)一僧，官員要向僧人施禮，僧人無須回禮。僧人劇增，百姓不堪重負，政府收入銳減，引發(fā)統(tǒng)治集團內(nèi)訌。他被胞弟達瑪·烏東贊及大臣毒死在布達拉宮。隨即，發(fā)動西藏歷史上規(guī)模最大的禁佛運動，許多佛像、經(jīng)卷與寺院被毀，大小昭寺強行改成屠宰場。至達瑪·烏東贊遇刺身亡，吐蕃王朝也隨之土崩瓦解，自此，西藏一度陷入戰(zhàn)亂分裂。

13世紀，蒙古族鐵騎在成吉思汗率領下入藏，此后西藏歸入元朝版圖。生活在日喀則西南仲曲河谷的農(nóng)奴主貢卻杰布，自稱吐蕃貴族后裔，開創(chuàng)藏傳佛教分支薩迦派。傳至第四代薩班·貢嘎堅贊，與成吉思汗聯(lián)盟，其侄大寶法王八思巴，竭力維護蒙藏族群關系，一笑泯恩仇。1206年，鐵木真建立蒙古汗國，兵臨西夏，甘、青藏區(qū)紛紛并入大汗版圖。成吉思汗致信薩迦派領袖，尊崇喇嘛教，望入蒙古傳教。西藏各派暫息紛爭，派山南和拉薩兩名代表趕往柴達木拜見一代天驕。1229年，成吉思汗兒子窩闊臺繼位，將甘青和原西夏領土封給兒子闊端。1239年，闊端命大將多達納波入藏，當他看到武力很難征服時，建議薩迦派大師薩班·貢嘎堅贊到武威和闊端見面，以謀佛教控制西藏。不知為何，給薩班寫信后，過了七年，他才攜年幼侄子八思巴趕至武威。不巧，闊端一年前回蒙古出席推舉可汗大會了。次年，闊端才回武威，重疾染身，生命垂危。薩班憑神奇醫(yī)術挽救了他。闊端感激，二人議妥西藏歸順蒙元事宜。薩班審時度勢，給西藏各地勢力發(fā)出公開信，說明歸順乃大勢所趨，任何首鼠兩端的僥幸都將徒勞。1260年，忽必烈繼位，封八思巴為國師，賜玉印。其創(chuàng)立的八思巴文，成為元朝國家語言文字之一。元在西藏建立驛站、軍站，屯駐中央軍，設各級管理機構(gòu)，任免地方官，實施法律與歷法。元遷都北京，任命八思巴為掌管全國宗教和西藏事務的總制院（ 政宣院 ）。八年后，八思巴因思鄉(xiāng)情切，重返西藏。僅元代，中央政府就四次派兵入藏，為薩迦政權(quán)鏟除敵對勢力，維護穩(wěn)定。

15世紀初，藏傳佛教格魯派開山始祖宗喀巴來到拉薩，修葺大昭寺，使之成為西藏最重要的宗教活動場所之一。對后世影響最大的弟子，為根敦珠和克珠杰。前為一世達賴喇嘛，后為一世班禪額爾德尼。1642年，五世達賴阿旺洛桑嘉措，在蒙古和碩特部首領固始可汗武力幫助下，統(tǒng)一西藏，建立甘丹坡章政權(quán)，再修布達拉宮。