黨的六大以后，為加強(qiáng)對(duì)特科的領(lǐng)導(dǎo)，1928年11月14日中央政治局常委會(huì)議又決定由向忠發(fā)、顧順章、周恩來組成特務(wù)委員會(huì)，領(lǐng)導(dǎo)特科工作，由周恩來實(shí)際負(fù)責(zé)。特科的主要任務(wù)是保證中央領(lǐng)導(dǎo)機(jī)關(guān)的安全，收集掌握情報(bào)，鎮(zhèn)壓叛徒，營救被捕同志和建立秘密電臺(tái)。特科開始下面設(shè)三個(gè)科：

一科開始叫總部，后來稱總務(wù)科，該科的主要職責(zé)是為中央機(jī)關(guān)和領(lǐng)導(dǎo)同志租賃住房，布置開會(huì)場(chǎng)所，營救被捕中央負(fù)責(zé)同志，建立聯(lián)絡(luò)點(diǎn)以及負(fù)責(zé)收殮被敵人殺害的同志遺體，料理家屬生活等等，科長(zhǎng)洪揚(yáng)生。

二科是情報(bào)科，該科主要負(fù)責(zé)收集情報(bào)，掌握敵情。在做法上，采取“打進(jìn)去”和“拉出來”的辦法，深入敵人要害部門，搜集各種情報(bào)，掌握敵人的活動(dòng)規(guī)律，破壞敵人的陰謀，科長(zhǎng)陳賡。

三科是行動(dòng)科，負(fù)責(zé)搶救被捕同志，打擊罪大惡極的叛徒。該科下面設(shè)有手槍、盒子槍武裝的“紅隊(duì)”，也叫“打狗隊(duì)”。其成員都是從上海工人中和各蘇區(qū)紅軍中，選調(diào)一些機(jī)智勇敢、槍法最好的特等射手組成，專門負(fù)責(zé)打“狗”（鎮(zhèn)壓叛徒和國民黨特務(wù)）的工作，科長(zhǎng)顧順章（兼）。

以后隨著形勢(shì)發(fā)展的需要，又成立了交通科，又稱通訊聯(lián)絡(luò)科，其任務(wù)是負(fù)責(zé)黨中央同各根據(jù)地、紅軍和各省委的無線電臺(tái)聯(lián)系，水陸交通線的聯(lián)系，科長(zhǎng)李強(qiáng)。

特科在上海開展了大量卓有成效的工作，建立反間諜關(guān)系，派李克農(nóng)、錢壯飛、胡底等人打入敵特機(jī)構(gòu)，建立秘密電臺(tái)，營救任弼時(shí)、關(guān)向應(yīng)等領(lǐng)導(dǎo)干部，懲治叛徒何家興、白鑫等等，為保衛(wèi)黨中央的安全發(fā)揮了重大作用。

1931年4月顧順章叛變后，中央特科重新調(diào)整，由陳云總負(fù)責(zé)，兼任一科科長(zhǎng)，二科科長(zhǎng)潘漢年，三科科長(zhǎng)康生，原四科的工作1932年后交給中央。經(jīng)整頓，特科改變工作辦法，創(chuàng)立統(tǒng)一戰(zhàn)線工作與情報(bào)工作相結(jié)合的獨(dú)特方式，重建情報(bào)關(guān)系網(wǎng)。1933年中央遷離上海后，特科工作由武和景等相繼主持，1935年9月分批撤離，上海設(shè)辦事處。