然而，北京政變的局勢很快就惡化了。奉軍張作霖不守諾言，拋開政變前與馮玉祥“保證奉軍不入關(guān)”的君子協(xié)定，待曹錕、吳佩孚一倒臺，就揮兵入關(guān)。馮玉祥考慮到孫中山先生來京還需要一段時間，又錯誤地先請段祺瑞出面維持，段祺瑞輕而易舉地奪取了“中華民國”臨時執(zhí)政的寶座，形成了一個以段祺瑞為首，段、張、馮聯(lián)合政府。

上臺后，段祺瑞野心不改，不顧全國人民的反對，宣布維持帝國主義在中國的特權(quán)，并與駐京的各國公使勾結(jié)起來，反對孫中山北上。段祺瑞、張作霖還聯(lián)合排斥馮玉祥，迫于無奈，11月24日，馮玉祥通電下野。1925年1月13日，被逼無奈的馮玉祥就任西北邊防督辦一職。為再助馮玉祥一臂之力，2月15日，《京報》增發(fā)附刊《西北周刊》，創(chuàng)刊號上刊登馮玉祥贈送邵飄萍的照片，刊名下署“西北邊防督辦”。周刊頭版刊登邵飄萍的文章《開發(fā)西北之重要關(guān)系》，文章開門見山地稱，本刊發(fā)行之目的，在于開發(fā)西北，欲圖西北之開發(fā)，不可不先引起國內(nèi)注意西北問題，共同討論，以供邊防當局之參考。文章還論述了開發(fā)西北的重要意義，指出可以鞏固國防、減除兵患。

邵飄萍對土匪出身的張作霖歷來沒有好感。1918年張作霖在秦皇島搶劫了北洋政府向日本訂購的一萬七千支步槍，時為《申報》記者的邵飄萍迅速發(fā)表文章揭露張作霖，將張搶劫槍支的行為與其土匪出身聯(lián)系起來，陳詞尖銳，全國嘩然，張作霖十分難堪，耿耿于懷，一直在尋找機會報復(fù)。對于軍閥的禍國殃民，邵飄萍深惡痛絕，經(jīng)常在《京報》上公開指責(zé)奉系軍閥張作霖。

政府的腐敗無能和革命形勢的向好發(fā)展，使得政府軍中的一些高級將領(lǐng)不斷反戈政府，投身革命。奉系軍閥中郭松齡效仿馮玉祥將軍，宣布與國民軍結(jié)合，改稱所屬為東北國民軍，討伐張作霖。1925年10月，郭松齡獲悉張作霖打算承認賣國賊袁世凱都不敢完全兌現(xiàn)的“二十一條”為條件，來換取日本大量軍火進攻馮玉祥的國民軍。郭松齡大為震驚，正好當時張作霖委托他去天津成立第三方面軍司令部，統(tǒng)轄三個軍，郭松齡充分利用這次組建司令部的機會，調(diào)配人員，安插心腹，為將來的倒戈張作霖作了相應(yīng)的準備。當邵飄萍從秘密渠道獲悉郭松齡有倒戈張作霖之意，特意發(fā)表很多贊揚郭將軍的文章，甚至不斷做工作。

在與郭松齡的交往中，邵飄萍主動宣傳國民革命的形勢，曉之以理，動之以情，促使郭早日與張作霖決裂。邵飄萍還在馮玉祥和郭松齡兩位將軍中穿針引線，密傳情報。邵飄萍經(jīng)常派其助手祝文秀秘密送遞文件，往返于京津、東北等地。有次祝文秀往東北奉天送信，剛下車就發(fā)現(xiàn)有人在把關(guān)搜查，祝文秀那天穿得很漂亮。出站時，裝出一副貴婦人的派頭，一邊等候搜查，一邊拿出小粉盒子，對著里面的小鏡子給自己涂脂抹粉，其實那封秘密信件就放在粉盒的夾層里，幾個搜查的人朝她看了幾下，不知道她的來頭，問也不敢問就放她過去了。祝文秀就是通過這樣與北洋軍閥斗智斗勇，往返于京津之間，為馮玉祥和郭松齡傳送密件。