薩凱蒂的收藏主要是16到17世紀的古典大師作品，到了1750年，又補充了大量來自吉爾貝托·庇護·迪·薩沃亞王子的收藏。王子在搬到馬德里之前，曾請求教皇本尼迪克特十四世允許他出口自己的藝術(shù)收藏。教皇的反應(yīng)很得體，他同意了王子的請求，不過要求交換“一些作品……表示對我們的支持”。因此，教皇的畫廊中又多了126件作品。

本尼迪克特十四世的興趣不僅限于文藝復(fù)興和巴洛克時期的大師，同時也收集所謂的“原初”或中世紀藝術(shù)品。除了資助卡匹托爾畫廊，他還在梵蒂岡教廷圖書館中設(shè)立了圣物博物館。在那里，他不僅收集13、14世紀意大利大師的作品，還有拜占庭的圣像，這些后來都成為繪畫館的立根之本。

梵蒂岡繪畫陳列館于1790年正式成立。當(dāng)年7月，庇護六世頒令：奎里納爾宮的教皇繪畫收藏將要移至梵蒂岡，目標(biāo)是在這里建立永久陳列館。1790年6月10日，當(dāng)時的意大利雜志《平民日報》報道：“大量珍貴的繪畫，包括著名的新老大師原作”，要用于補充庇護-克雷芒博物館中現(xiàn)有的古典雕塑收藏?？锛{爾宮的118幅繪畫，包括此前提到的圭多·雷尼、普桑、瓦薩里等人的杰作，當(dāng)時被放在三個房間中展示，如今這三個房間屬于“掛毯展廳”。

在1796年的拿破侖遠征意大利戰(zhàn)役中，教皇國被占領(lǐng)后，梵蒂岡繪畫陳列館的建設(shè)工程突然終止。拿破侖的行為與其在其他地方一樣，他沒收了重要的藝術(shù)作品，并將其運回法國，以豐富盧浮宮中拿破侖博物館的收藏。除了從繪畫館選出的作品外，他還掠奪了大量羅馬各個教堂以及意大利其他地區(qū)歸羅馬教宗所有的祭壇畫和其他畫作，帶回巴黎。其中包括：卡拉瓦喬的《下十字架》，拉斐爾的《基督變?nèi)荨贰妒ツ讣用帷贰陡＠釆W的圣母》，以及佩魯吉諾的《十人行政團祭壇畫》。1815年，拿破侖失敗之后，這些作品被還給了意大利，但是沒有放在最初的地方，而是容身于梵蒂岡，與其他卡匹托爾畫廊的藏品一起展出；同時展出的還有新藏品，比如托馬斯·勞倫斯的《英王喬治四世肖像》（1816），它們都被放在波吉亞寓所的五個房間中。

后來的幾十年中，梵蒂岡繪畫陳列館的地點在梵蒂岡宮內(nèi)多次調(diào)整，但是藏品數(shù)量不斷增加，可用空間始終受限，一直是個問題。比如在1833年，藏品搬到了庇護五世位于宮殿二層的寓所中，但那里只能展出35幅畫作。15世紀初期形制較大的作品，比如菲利波·利比的《圣母加冕》、安東尼奧·維瓦里尼的《圣安東尼修道院院長多聯(lián)祭壇畫》、卡羅·克里韋利的《圣母子》，這三幅畫只能放在曾是教皇住地的拉特蘭宮中，拉特蘭繪畫陳列館的三個房間內(nèi)。另外一些作品，比如帕里斯·博爾多內(nèi)的《圣喬治屠龍》，繼續(xù)放在奎里納爾宮。

這種藏品分散在不同地點，尤其很多存儲地光線昏暗的情況，長期以來不能令人滿意。只是在教皇圣庇護十世在位時，繪畫收藏才得以在梵蒂岡教廷圖書館的一層獲得足夠空間，這就是新的繪畫館，其中包含了從多個地點收集來的277件繪畫作品，同時也首次涵蓋了181幅中世紀的繪畫和圣像。1909年3月28日，庇護十世將它們從圣物博物館捐出，贈給繪畫館。