1999年3月初，葉利欽企圖罷免總檢察長斯庫拉托夫的職務(wù)，卻遭到了聯(lián)邦委員會(huì)的強(qiáng)烈反對。為了幫葉利欽扳倒斯庫拉托夫，普京披掛上陣。作為一個(gè)資深克格勃，查找證據(jù)自然是小事一樁。3月16日，俄羅斯電視臺播放了一段酷似斯庫拉托夫的人同妓女鬼混的錄像。這就是罷免斯庫拉托夫所必需的罪證，普京為此立下了一功。

處理完“斯庫拉托夫事件”后，普京已完全成為葉利欽心目中無人能替代的角色。同年3月，普京接替博爾久扎任聯(lián)邦安全會(huì)議秘書，并保留了聯(lián)邦安全總局局長職務(wù)。聯(lián)邦安全委員會(huì)秘書由總統(tǒng)任命并且直屬于總統(tǒng)，在國安會(huì)及相關(guān)的活動(dòng)中擁有廣泛的權(quán)力。一人兼兩要職，既可以大大加強(qiáng)聯(lián)邦安全局的工作，又在某種程度上擴(kuò)大了安全委員會(huì)落實(shí)其內(nèi)部決策的可能性。這時(shí)，他實(shí)際上已成為葉利欽總統(tǒng)的“主要盾牌”。

普京擔(dān)任聯(lián)邦安全委員會(huì)秘書是其政治生涯的一個(gè)重大轉(zhuǎn)折。此時(shí)，車臣第一次戰(zhàn)爭剛剛結(jié)束，葉利欽的任期只有一年多時(shí)間了，葉利欽長期以來身體欠佳，媒體又經(jīng)常報(bào)道他酗酒失態(tài)。同時(shí)，俄羅斯的經(jīng)濟(jì)和社會(huì)問題叢生，政壇斗爭激烈。在國外，北約繞過聯(lián)合國，對南斯拉夫和科索沃發(fā)動(dòng)了78天的遠(yuǎn)距離空中打擊，南斯拉夫被迫從科索沃撤軍。美英試圖一舉將俄羅斯從該維和區(qū)徹底排擠出局。 

普京上任伊始，就顯露出了強(qiáng)硬手腕。他極力擁護(hù)葉利欽的決策，主張以特殊方式解決科索沃問題。早在北約干預(yù)波黑內(nèi)戰(zhàn)時(shí)，俄羅斯的領(lǐng)導(dǎo)人葉利欽，就識破北約的軍事行動(dòng)是“項(xiàng)莊舞劍”，目的是將俄羅斯永遠(yuǎn)趕出巴爾干。所以，俄羅斯領(lǐng)導(dǎo)人堅(jiān)決地宣布，巴爾干是俄羅斯的政治勢力范圍。

驕傲的美國人并沒有理會(huì)他，想先下手為強(qiáng)，利用軍隊(duì)已經(jīng)集結(jié)和交通之便，搶先控制整個(gè)科索沃。當(dāng)北約軍隊(duì)興高采烈準(zhǔn)備進(jìn)駐科索沃首府普里什蒂納的時(shí)候，一支俄軍傘兵小分隊(duì)卻在英軍之前，在普里什蒂納機(jī)場如神兵天降，搶占了機(jī)場。這里原來是英國的維和部隊(duì)擬定設(shè)立總部的地方。消息傳出，北約震驚。北約盟軍總司令、美國上將克拉克命令英軍奪回機(jī)場，但是英軍司令杰克遜拒絕了，他說：“將軍，我不能為您而發(fā)動(dòng)第三次世界大戰(zhàn)。”完全有理由相信，在協(xié)調(diào)這一次軍事行動(dòng)的時(shí)候，普京作為聯(lián)邦安全委員會(huì)秘書、聯(lián)邦安全局局長，當(dāng)然要發(fā)揮他應(yīng)有的作用。