教會權力和威望在教皇英諾森三世治下于1200年達到頂峰，約在1300年左右，它進入了一個衰落期，在下一個世紀里，它為分裂和異端所困擾。從1309年到1377年間，教皇的皇廷設在羅納河（Rh?ne River）上的一個教皇采邑阿維農(nóng)（Avignon），這個選址起初是為了在卜尼法斯八世與腓力四世之間災難性沖突以后便于同法國國王談判（參見第3講）。教廷遷址的反對者聲稱，這些教皇受法國國王的控制，因此給它一個諢名曰“巴比倫之囚”。阿維農(nóng)的教皇們是極其高效的施政者，特別是在財政領域，但他們也往往玩世不恭，放蕩不羈。

阿維農(nóng)的教廷差一點在1378年壽終正寢，是年的一次新的災難即教會大分裂（Great Schism）將教會投入到更大的混亂之中。教皇格里高利十一世統(tǒng)治時期（1370—1378年），教廷于1377年遷回羅馬，但格里高利教皇在1378年便去世了。在其后推舉一位意大利人做教皇時，法國的一些紅衣主教們宣稱受到脅迫，并遷回了阿維農(nóng)。當法國的紅衣主教們推選出一位新教皇時，西方基督教王國便分裂為兩個教皇管轄區(qū)（obedience，即教皇控制地區(qū)之稱謂）、兩個教皇、兩個紅衣主教團、兩個教廷。世俗國家的權力急劇上升，顯見于統(tǒng)治者支持這一方或那一方教廷。法國、西西里、蘇格蘭、卡斯提爾（Castile）、阿拉岡和葡萄牙支持阿維農(nóng)的教皇；英國、佛蘭德斯、波蘭、匈牙利、德國和意大利其余地區(qū)則繼續(xù)忠于羅馬教皇。教廷遭受重創(chuàng)，隨著虔誠的基督徒的迷茫和厭惡，教皇的權力削弱了。

后面還有更糟的事發(fā)生。1409年，兩派紅衣主教在比薩（Pisa）召開了一次宗教會議以彌合裂痕。比薩宗教會議推舉了一位新教皇，并要求其他兩個教皇辭職。此二人拒絕，教會乃面對著三個均訴求教皇權威的統(tǒng)治者。宗教大分裂最終在康士坦茨宗教會議（Council of Constance，1414—1418年）上獲得解決，該宗教會議廢黜了阿維農(nóng)統(tǒng)治者，接受羅馬訴求者的辭職，無視比薩宗教會議的人選，推舉了一位新教皇，馬丁五世（Martin V）。

由于康士坦茨會議的成功，會議統(tǒng)治（由宗教會議來統(tǒng)治）作為抑制教皇權力的一種辦法看來會在教會里贏取支持。但是，馬丁五世（1417—1431年任教皇）一被推選為教皇便拒絕了這一理念。盡管如此，會議統(tǒng)治運動仍活躍到15世紀中葉，斯時，強有力的教皇重申教皇之職的君主權力。這些教皇盡管強大，卻未能應對緊迫的道德和精神關切，因為他們深陷意大利政治和其他世俗關注，他們在教皇國里幾乎是作為世俗君主進行統(tǒng)治的。