制度方面，他做了兩項創(chuàng)新：一是創(chuàng)立儲位密建法，以防備有人篡改皇位繼承程序。繼位者的名字被藏于一密匣內(nèi)，密匣則置于懸掛在乾清宮大殿前的一塊大匾額背后。建儲的密旨另備副本藏在其他一些安全的地方，以備大行皇帝駕崩時勘對儲選真?zhèn)?。這項措施一直到清朝末年仍在施行。另一個是1729年在征討厄魯特部期間，為協(xié)助皇帝起草諭旨及提供軍政大計決策，成立了軍機處。軍機處起先有三名成員在宮中辦公，以便隨時應(yīng)對。這樣一個緊湊的小班子能迅速作出決定、提供快捷咨詢且高度保密。由于效率卓著，軍機處在戰(zhàn)事結(jié)束后仍保存下來。它奪走了內(nèi)閣大學(xué)士的職權(quán)，大學(xué)士的權(quán)力降低到僅處理一些日常事務(wù)。

軍事及外交事務(wù)與康熙朝相比并無多大變化：來自厄魯特人和俄羅斯人的雙重威脅依然存在。與俄國的《尼布楚條約》沒有議定西伯利亞與外蒙古之間的邊界，而厄魯特部領(lǐng)主策旺阿拉布丹與俄羅斯人之間的交往，再次使清廷擔(dān)心起他們之間的密謀。雍正繼承父親離間蒙古與俄羅斯人的政策，急于通過一項新的協(xié)議來解決與俄國之間所有懸而未決的問題。由此簽訂的1727年《恰克圖條約》為中國爭得了一條蒙古與西伯利亞之間的明確邊界，而俄國則獲得了介于上額爾齊斯河與薩彥嶺之間及貝加爾湖以南和西南的近四萬平方英里領(lǐng)土。此外，俄國又取得了一些貿(mào)易特權(quán)，并獲準(zhǔn)在北京設(shè)立一座教堂。

在解決俄國問題后，雍正對厄魯特部發(fā)動了征剿。但在此期間，俄國方面發(fā)來照會，控訴蒙古人在邊境的侵襲行為：蒙古匪幫一直劫掠馬匹、駱駝和牛羊。由于雍正不想中俄關(guān)系受到破壞，并希望俄國保持中立，于是在1729年派遣一位叫做托時的侍郎率使團出訪俄國——這是中國派往“西方”國家的第一個正式使團。使團名義上的使命是前去祝賀沙皇彼得二世加冕，但托時抵俄后獲悉沙皇已死，新君是彼得大帝的侄女伊凡諾夫娜（Anna Ivanovna）。1731年1月托時抵達莫斯科，受熱烈招待。他向俄國宮廷提議，如果中國的征剿迫使厄魯特部人逃入俄國境內(nèi)，俄國政府應(yīng)將其部領(lǐng)主及王公貴族引渡給中國，但可扣留其部民及約束彼等不要騷擾中國；

中國將割讓部分從厄魯特部那里攻占的領(lǐng)土給俄國作為報償。俄國政府不作承諾，只說等問題出來時再討論引渡事宜。盡管這次使命沒有獲得什么具體的成果，但事情很快就明朗起來：其時正卷入波蘭王位繼承戰(zhàn)爭的俄國無意援助厄魯特部。派去征討厄魯特人的清軍一開始被策旺阿拉布丹（死于1727年）之子噶爾丹策零打敗，但清軍于1732年在光顯寺（即額爾德尼昭）一役中獲勝，從而取得一項不致大損中國威望的和議。

雍正經(jīng)常被人指責(zé)過分獨裁專制，尤其是大興文字獄。有一場著名的文字獄案牽涉了呂留良，他被告發(fā)寫了一部排滿書籍，宣揚華夷（即滿人）畛域之異。呂留良被處以“凌遲”極刑，其子及諸弟子均斬首。雍正皇帝甚至親自寫了一篇議論，《大義覺迷錄》。為滿清在中國的統(tǒng)治作辯護，并警告漢人鼓動種族悖亂將造成的危險。