軍事征討方面，康熙完成了先輩未完成的事業(yè)，奠定了一個(gè)自蒙古王朝以來(lái)版圖最龐大的中華帝國(guó)之基礎(chǔ)。他最大的成就是鎮(zhèn)壓三藩之亂。我們記得清朝在征服中國(guó)過(guò)程中得到了許多漢族降人的幫助。吳三桂曾打開(kāi)山海關(guān)大門(mén)迎接多爾袞，此后他為滿(mǎn)洲人東征西討，并將桂王趕到緬甸，清廷加封他為平西王以作獎(jiǎng)賞，授命鎮(zhèn)守云南。尚可喜和耿繼茂原是前明駐遼東軍隊(duì)的統(tǒng)帥，投降了滿(mǎn)洲人，分別被封為坐鎮(zhèn)廣東的平南王和坐鎮(zhèn)福建的靖南王，此三人便是所謂的“三藩”。吳三桂統(tǒng)領(lǐng)一支十萬(wàn)多人的大軍，而另外兩人也各統(tǒng)率二萬(wàn)人的軍隊(duì)。在1667年之前，三藩的軍隊(duì)每年耗費(fèi)清廷約2，000萬(wàn)兩——超過(guò)全國(guó)總開(kāi)支的一半以上——但同時(shí)他們?cè)诟髯暂牭貎?nèi)又完全自行其是。

三藩對(duì)清廷來(lái)說(shuō)如鯁在喉，順治帝之所以不得不容忍他們，是因?yàn)樾峦醭桓颐疤羝鹨粓?chǎng)內(nèi)戰(zhàn)之險(xiǎn)，但當(dāng)康熙掌權(quán)時(shí)，清王朝已相當(dāng)穩(wěn)固，于是決定撤藩，并削奪三個(gè)藩王的兵權(quán)。

吳三桂的反應(yīng)是在1673年12月28日公開(kāi)叛亂，自稱(chēng)“天下都招討兵馬大元帥”，并宣布建立新的王朝“周朝”。他下令恢復(fù)明朝的服飾和發(fā)式；軍隊(duì)掛白旗，士卒穿白色號(hào)服白色是治喪用的顏色，大約是穿著用來(lái)悼念明朝的滅亡。，宣稱(chēng)要反清復(fù)明。另兩個(gè)藩王與他合流，一時(shí)間清朝似乎要被推翻了。滿(mǎn)洲旗人無(wú)法打敗他們，于是康熙起用了一些漢族將士，到1681年，經(jīng)過(guò)八年苦戰(zhàn)，三藩終于敉平。兩年后國(guó)姓爺孫子鄭克塽。統(tǒng)治的臺(tái)灣也被收復(fù)，置為福建省的一個(gè)府（見(jiàn)前節(jié)）。

一當(dāng)擺脫了內(nèi)戰(zhàn)，康熙便要面對(duì)由西北部的厄魯特蒙古人和東北部的俄羅斯人引起的兩個(gè)難題。這兩個(gè)難題相互聯(lián)系在一起，因?yàn)槎螋斕厝撕投砹_斯人似乎很可能結(jié)成一個(gè)反對(duì)清王朝的聯(lián)盟。俄羅斯人已征服了西伯利亞并抵達(dá)黑龍江；17世紀(jì)40至50年代中來(lái)自西伯利亞的哥薩克人已不斷地侵襲黑龍江地區(qū)，1666年他們修筑了雅克薩城作為前哨基地，威脅到滿(mǎn)洲人的故土。幾乎與此同時(shí)，在17世紀(jì)70年代中，厄魯特人的一支、準(zhǔn)噶爾部（西部蒙古人）的大汗噶爾丹（1644？—1697年）掌權(quán)，他企圖建立一個(gè)中亞帝國(guó)。他在1679年征服了東突厥斯坦，1687年入侵外蒙古，打敗喀爾喀人（東部蒙古人），推進(jìn)到克魯倫河。這樣，他與俄羅斯人的聯(lián)盟似乎是不可避免的了。

為防止這一事態(tài)的出現(xiàn)，康熙的策略是首先在雅克薩打垮俄羅斯人，然后與他們簽訂一項(xiàng)帶有懷柔性質(zhì)的條約。1685年，他派將軍彭春進(jìn)攻雅克薩，將其夷為平地。次年俄國(guó)派來(lái)了增援部隊(duì)，修整了新的要塞。一支清軍征討部隊(duì)被派去圍困雅克薩，但當(dāng)康熙得知一個(gè)由費(fèi)要多羅（Fedor AGolovin）率領(lǐng)的俄國(guó)外交使團(tuán)已經(jīng)上路的消息，他為了爭(zhēng)取俄國(guó)人的好感，便撤除了圍城，準(zhǔn)備與該使團(tuán)進(jìn)行談判。