廢掉司馬奕以后，桓溫立司馬奕的叔祖、會(huì)稽王司馬昱為皇帝，史稱簡(jiǎn)文帝。偏安一隅的東晉就這樣坎坎坷坷地走過(guò)了它運(yùn)命的一半路途。

簡(jiǎn)文帝司馬昱是東晉的第八位皇帝。他是東晉第一代皇帝晉元帝司馬睿最小的兒子，登基時(shí)已經(jīng)52歲了。簡(jiǎn)文帝司馬昱在位的短短數(shù)月時(shí)間里，時(shí)刻擔(dān)心著桓溫篡位，在憂懼中很快死去。臨崩時(shí)，司馬昱寫下遺詔，甚至授權(quán)桓溫可以取而代之，只是在王坦之、王彪之、謝安等人的力阻之下，才將遺詔改為任命桓溫為輔政大臣，依照諸葛亮、王導(dǎo)的模式輔佐皇帝。

歷史十分奇特：東晉的帝系在走完它的一半歷程之時(shí)，原本已經(jīng)傳至第四代，自此又回過(guò)頭來(lái)，從晉明帝司馬紹一支轉(zhuǎn)移到了他的弟弟簡(jiǎn)文帝司馬昱這一支，返回到了第二代。

繼位的第九位皇帝，是東晉在位時(shí)間最長(zhǎng)的孝武帝司馬曜，他一共在位25年。孝武帝是簡(jiǎn)文帝的第三子，他繼位的時(shí)候，年僅11歲。好在權(quán)臣桓溫在孝武帝即位數(shù)月后，也隨簡(jiǎn)文帝司馬昱而去，東晉王朝也因而僥幸避免了一場(chǎng)改朝換代的危機(jī)。臨朝執(zhí)政多年的褚太后，第三次走上前臺(tái)聽政，褚太后的堂舅謝安開始執(zhí)掌朝政。

在孝武帝即位八年后，前秦苻堅(jiān)統(tǒng)一了北方，并企圖南下一舉蕩平江南。但謝石、謝玄、謝琰(音yǎn)、桓伊等率領(lǐng)北府北府(兵)：東晉稱京口為“北府”。東晉孝武帝初年，謝玄在此組建訓(xùn)練的軍隊(duì)，所以稱這支軍隊(duì)為北府兵。諸將，在淝水取得了一次神奇的大勝。淝水之戰(zhàn)不僅挽救了東晉的國(guó)祚，而且也促使了前秦政權(quán)的瓦解。北方從此又一次陷于分崩離析的狀態(tài)。

淝水之戰(zhàn)后兩年，謝安就病死了。本就對(duì)謝氏家族心存猜忌的孝武帝司馬曜開始重用自己的弟弟司馬道子。司馬道子勢(shì)力逐漸強(qiáng)大以后，又威脅到了孝武帝的皇權(quán)，兄弟二人矛盾日益尖銳。到了太元二十一年(公元396年)，一個(gè)似乎偶然的事件結(jié)束了司馬曜的生命，也終結(jié)了兄弟二人的爭(zhēng)斗。嗜酒好色的孝武帝對(duì)自己寵愛的張貴人說(shuō)：“你已經(jīng)快30歲了，按年齡也該被廢了?！币?yàn)檫@句戲言，張貴人懷恨在心，夜里趁著司馬曜酒醉熟睡，將其殺死。

司馬曜死后，太子司馬德宗繼位。這就是晉安帝，也是東晉王朝的第十位皇帝。晉安帝司馬德宗是個(gè)啞巴，史書記載“自少及長(zhǎng)，口不能言”。不僅如此，他還是個(gè)白癡，“雖寒暑之變，無(wú)以辯也”，連冷熱都不能分辨出來(lái)。東晉朝政完全掌握在他的叔叔司馬道子和謝安的女婿王國(guó)寶之手。

領(lǐng)兵在外的王恭和殷仲堪，都是孝武帝司馬曜生前為了對(duì)付司馬道子而提拔的親信，他們自然也引起了司馬道子和王國(guó)寶的猜忌。孝武帝暴崩以后，王國(guó)寶極力鼓動(dòng)司馬道子削弱王恭等人的兵權(quán)。這就激起了王恭等人的強(qiáng)烈不滿，王恭、殷仲堪聯(lián)合起兵進(jìn)攻建康。司馬道子無(wú)計(jì)可施，只得將所有的罪責(zé)都推到了王國(guó)寶的身上，以犧牲王國(guó)寶為代價(jià)，換來(lái)了王恭等人的退兵。

王恭退兵以后，司馬道子的兒子司馬元顯卻主張加強(qiáng)戰(zhàn)備，來(lái)對(duì)付王恭和殷仲堪。此舉讓王恭、殷仲堪、庾楷、桓玄再次起兵。這次，司馬元顯誘使北府兵將領(lǐng)劉牢之臨陣倒戈，殺掉了王恭，收買了桓玄和楊佺(音quān)期，不戰(zhàn)而使殷仲堪退兵。這次危機(jī)剛剛度過(guò)數(shù)月，在浙東地區(qū)就爆發(fā)了孫恩領(lǐng)導(dǎo)的起義。一團(tuán)忙亂之后，孫恩起義被鎮(zhèn)壓，司馬元顯又開始試圖消滅桓玄，結(jié)果被桓玄所殺。繼而，桓玄廢晉安帝為平固王，自立為皇帝，改國(guó)號(hào)為楚。第二年，在鎮(zhèn)壓孫恩起義中崛起的北府兵將領(lǐng)劉裕打敗桓玄，迎立晉安帝復(fù)辟，并最終掌握了東晉朝廷大權(quán)。