1938年12月，汪精衛(wèi)叛國投敵，隨即在上海、南京開始緊鑼密鼓地籌組偽政權(quán)。馬敘倫的學生、國民黨軍委會參議姜紹謨于1939年秋從后方潛來上海做地下情報工作。馬敘倫置危險于不顧，讓他住在自己家中，借以掩護他的工作。這時，馬敘倫的另一個學生陳公博則積極追隨汪精衛(wèi)，于1940年春來到上海，參加所謂“和平運動”。姜紹謨得知后，建議馬敘倫利用師生之誼，找陳公博談一談，希望能把他挽救回來。

馬敘倫向陳公博曉以民族大義，希望他懸崖勒馬，不要和汪精衛(wèi)同流合污，趕緊停止賣國行動。陳公博卻辯稱，他雖主張“和平”，但不主張有行動，還說要請老師出來幫忙。馬敘倫十分痛心地說：“我還是勸你不出來吧。我呢，早決定不出來。”1940年3月，汪偽“國民政府”在南京粉墨登場，陳公博出任偽“立法院長”兼上海市長。馬敘倫得知后怒不可遏，指出漢奸集團最終必將被釘死在歷史的恥辱柱上。

此后，陳公博曾多次請人轉(zhuǎn)告馬敘倫，希望能夠邀約面談或準前往拜訪，均被馬敘倫斷然拒絕。1941年12月，太平洋戰(zhàn)爭爆發(fā)后，日軍進占上海租界，馬敘倫生活陷入困境。陳公博得知后，派人送來大米和食品，馬敘倫急忙制止來人卸車，并說請回報“市長”：“盛情已領(lǐng)，但大米不能收！”來人只好將物品原封不動地帶回。

1944年春節(jié)，陳公博帶著禮品冒雨登門給馬敘倫拜年，馬敘倫再次勸其及早回頭，但陳公博卻越走越遠，在汪精衛(wèi)死后繼其衣缽，代理偽國民政府主席，最終在抗戰(zhàn)勝利后被槍決。馬敘倫在抗戰(zhàn)期間，雖然身陷敵占區(qū)，但始終“威武不能屈”，“貧賤不能移”，保持了中國知識分子的氣節(jié)和品質(zhì)。

抗戰(zhàn)勝利后，馬敘倫積極反對內(nèi)戰(zhàn)，爭取和平與民主，并與王紹鰲（中共地下黨員）等人一起，于1945年12月30日在上海成立了中國民主促進會。馬敘倫指出，“縱覽目前國是，非促進民主不足以建永固之國基，本組織為發(fā)揚民主精神以促進中國民主政治的實現(xiàn)而發(fā)起，故取名中國民主促進會”。

民進成立后，隨即向1946年1月召開的政治協(xié)商會議發(fā)出了《建議書》，希望其能成為“解決一黨專政、奠定民主政治、捩轉(zhuǎn)整個中華民國歷史的革命會議”。馬敘倫也連續(xù)發(fā)表多篇文章，向會議建言獻策，會后又為維護政協(xié)協(xié)議進行了堅決的斗爭。