火葬處理的骨灰裝進大口清式棺材，埋入白玉山東北麓山腳下。1月18日，行政廳從金州喚來6名清國僧侶及隨軍日本僧侶8名，在掩埋清國死難者處建立了一座“清國兵戰(zhàn)歿者”墓碑。兩國僧侶按照各自的佛家禮儀，共同為亡靈誦經(jīng)祈禱。日本僧侶出資建造一座石碑，周圍用木柵欄圈圍，石碑的表面、背面、左面、右面銘有梵文碑字。

表面一行豎字（梵文）：“寶塔者為清人亡魂離苦得樂也”

右面兩行并排豎字（梵文）：偈曰“劍樹刀山飛鳥蹤炮彈兩打空鐘 個中何別親兼冤旭日長輝鐵峯（左行）”下接“露”字

左面一行豎字（梵文）：“經(jīng)曰：一切有為法如夢幻泡影如露亦如電應(yīng)作如是觀”

背面落款（梵文）：“大日本帝國真言、臨濟、天臺、真宗特派僧建焉　維時明治二十八年一月十八日”

從軍僧侶目睹了旅順戰(zhàn)場的悲凄場面，以佛家禮儀為軍人虐殺行為向死者表以哀悼。從軍各派僧侶戰(zhàn)場集資為死難者建立石碑超度亡靈，展現(xiàn)佛家以慈悲為懷的善舉。日本媒體報道：“嗚呼！我國人一視同仁博愛義俠，此乃心誠善慈之舉也。”

日軍占領(lǐng)旅順口后，隨即開設(shè)了旅順占領(lǐng)地行政署，12月13日發(fā)布《旅順口行政署行政管理規(guī)則》，宣布從12月16日開始行政作業(yè)。國內(nèi)任命的行政署文武官員250名，從佐世保港啟程直航旅順。16日實施《旅順口施米細則》，在市街開設(shè)施米站，面向當(dāng)?shù)刈∶袷┟?0日，每人每日給米四合（1合米約150克），呼喚當(dāng)?shù)刈∶穹祷刈〉亻_始生計。12月中下旬，旅順口本地的殘存住民接到日軍命令，重新開始賴以生計的澡堂、豬肉鋪、制粉所等行業(yè)店鋪的營業(yè)。

光緒二十一年（1895）正月，旅順口仍處在血雨腥風(fēng)的陰影壓抑之中，逃出的市民很少返回家園。旅順市中心的集仙茶樓大戲院每日擠滿了日兵觀客，觀看日本藝人前來慰問的表演。1月26日，旅順行政廳在各處張貼安民告示，要求市民各歸其業(yè)，對放下武器自首投降的清兵不糾其命。27日，政廳下屬憲兵開始調(diào)查旅順口住民的人口狀況，繼續(xù)向沒有糧食的百姓施米救濟。2月，旅順回歸人口逐漸上升，街頭販賣饅頭、包子、菜類的商販增加。日本本土前來做買賣的民間商人，獲得進入旅順經(jīng)商的許可。3月，在外避難的旅順住民，舉家回歸，人口上升至三百余戶。

野蠻文化的悲劇

旅順虐殺事件中喪生人數(shù)，在歐美報刊和日本報刊中均有報道，由于現(xiàn)場被有組織地隱秘處理和缺少權(quán)威性統(tǒng)計，真實數(shù)字不得而知?！稏|京朝日新聞》（12.1）報道：“據(jù)山本記者所見，第三聯(lián)隊宿營地附近埋葬有700余名清兵遺體。乃木少將追擊逃亡金州的清軍途中殺死362名清兵，埋葬在老鐵山附近，軍參謀官報告埋葬者3,000余名。22日早晨，清點旅順市街的死者，其數(shù)300人許，又增斬殺抵抗者數(shù)十名?！薄度f朝報》（12.4）報道：“此役敵的死傷者遠超過平壤和九連城之戰(zhàn)，旅順市街死尸累累，無插足之地，26日清點死者3,000余人。”《讀賣新聞》（12.10）報道：“此戰(zhàn)斃敵總數(shù)5,000人以上，市內(nèi)死者1,200余人。21日至22日之戰(zhàn)，敵死者約1,000名，俘虜63名，8名被送往野戰(zhàn)醫(yī)院治療?！薄?1日，金州戰(zhàn)即死將校7名，下士官32名，兵卒464名。22日至24日，旅順敗兵在金州附近死者280名，金州周圍死者1,056名，海中溺死和槍殺者不在其內(nèi)，俘虜約300名，41名傷者被送往金州野戰(zhàn)醫(yī)院救治。今回旅順之戰(zhàn)殺敵數(shù)合計6,000余?！?2月9日，第二軍參謀長向大本營報告旅順戰(zhàn)斗結(jié)果：“旅順口清軍守敵死者約2,500人；金州方面及金州和旅順之間敵軍死者約2,000人，概算合計約4,500人?，F(xiàn)在我軍醫(yī)院接受治療的敵傷員40余人，355名清兵俘虜準(zhǔn)備解送本國?！?/p>

旅順虐殺事件以日本三緘其口、迅速處理虐殺現(xiàn)場、安撫救濟住民、公開否定國際社會輿論，以及清國朝廷的沉默而告終。事件沒有留下多少人證和物證，致使百年以來旅順虐殺事件猶如云山霧罩，成為難以徹底清辯的歷史事件。