且樂其逃，而利其餉。武弁扣克既熟，則凡可以營謀轉(zhuǎn)升，皆是物也。精神不用于約束，而用以扣餉；厚餉不用以養(yǎng)兵，而用以營升。伍虛則無人，又安言練？餉糜則愈缺，而安望其裕？而此兩窮之道也?！币蚨?，士兵缺餉成為嚴重而又普遍的問題。有的缺餉幾個月、十幾個月甚至更長的時間，領(lǐng)不到軍餉。在明末災荒連年、糧價暴漲的情況下，士兵無餉供給，無法繼續(xù)生存，宣大總督盧象升在巡視山西邊防時說：“每點一兵，有單衣者，有少鞋襪者，有無褲者。臣見之不覺潸然淚下?！?為了保全身家性命，從典衣賣箭到鬻子賣孫，從沿街乞食討飯至離開軍營潛逃，從發(fā)牢騷傾瀉不滿到鋌而走險，舉行兵變，砍死砍傷上司，燒毀官府的衙署和房舍之事，接連不斷。崇禎元年（1628年）七月，遼東寧遠兵缺餉嘩變，捉拿巡撫遼東畢自肅和寧遠總兵朱梅，棰擊交下，畢自肅自殺身亡。二年（1629年）三月，薊州（今河北薊縣）軍卒嘩變，圍攻巡撫王應豸。三年（1630年）正月，甘肅勤王兵在安定舉行兵變，殺死參將孫懷忠。四年（1631年）十一月，援遼兵在吳橋以缺餉嘩變。七年（1634年），西寧軍卒嘩變，兵備孔聞都自殺。八年（1635年），樊城軍卒嘩變，放火燒死了總兵鄧汜。九年（1636年），寧夏兵嘩變，殺死巡撫王揖。十四年（1641年）正月，總兵王紹禹部在洛陽嘩變，迎農(nóng)民軍入城。十五年（1642年）十一月，安慶軍卒嘩變，殺死都指揮徐良寬。十七年（1644年）正月，昌平兵變，焚劫官府。兵變從邊防到內(nèi)地，再到京畿，表明軍隊與政府之間的矛盾也在激化，軍心思變，軍隊已亂。

入不敷出的財政危機，也因戰(zhàn)爭規(guī)模持續(xù)擴大，軍費空前急劇增長而無法補救。有統(tǒng)計材料揭示，明代兵餉，正統(tǒng)年間僅有數(shù)萬，萬歷時增為300萬，崇禎初年已達2000余萬。據(jù)崇禎二年（1629年）邊鎮(zhèn)錢糧數(shù)目所載，延綏鎮(zhèn)原額餉銀10萬兩，今現(xiàn)支又增至433700余兩；寧夏鎮(zhèn)原額餉銀4萬兩，今現(xiàn)支又增至133700余兩；甘肅鎮(zhèn)原額餉銀6萬兩，今現(xiàn)支又增至197500余兩；固原鎮(zhèn)原額餉銀48870萬兩，今現(xiàn)支又增至145823余兩。