1904年前后，張東蓀獲得官派留學(xué)的資格，到日本東京帝國(guó)大學(xué)哲學(xué)系學(xué)習(xí)。

張東蓀是獲得哪個(gè)省的“官派”？可能有三種選擇:一是直隸，其父在此為官一世，張東蓀也出生于此，當(dāng)有可能。二是浙江省，這是他的祖籍，其幼年所受的教育，可能主要是在這里。三是江蘇省，這是張東蓀的祖父任官的地方，也是其社會(huì)關(guān)系比較密切的地方，他幼年時(shí)期也曾在這里生活過(guò)較長(zhǎng)時(shí)間。張東蓀在民國(guó)初年曾稱(chēng)自己為江蘇人，當(dāng)是有原因的。同時(shí)，與他關(guān)系很好的藍(lán)公武等人，是江蘇人，他們又是一起去日本的，并且住在一塊，兩家也是世交。張東蓀很有可能是江蘇官派留日的。

張東蓀去日本留學(xué)，其兄張爾田依依不舍地送之，并填詞贈(zèng)他：“回首銷(xiāo)魂地，芒西風(fēng)雁聲四塞，暮煙凝紫。亂后湖山秋笳賤，攙子三分變徵，問(wèn)何日黃龍東指。滿(mǎn)目車(chē)塵憑闌望，宛怔衫都是啼鵑淚。臨歧斗酒須重醉，算連江沈沈夜雨，故人有幾。煮海孤燈神州夢(mèng)，兩地寸心而已。是男子休教情死，一紙滄浪殘盡稿。待他年收拾扁舟里，三尺劍，向天際。”對(duì)張東蓀留學(xué)日本寄予很大期望。

19世紀(jì)末20年紀(jì)初，在日本的中國(guó)新興的知識(shí)分子群，努力探索救國(guó)救民的真理，“教育救國(guó)”是當(dāng)時(shí)較大的思潮。在當(dāng)時(shí)形成了幾股大的教育思潮:軍國(guó)民教育、國(guó)民教育、實(shí)利主義教育和義務(wù)教育等等。張東蓀等人贊同“教育救國(guó)”的主張，積極宣傳國(guó)民教育思想。

到東京后，張東蓀與藍(lán)公武、馮世德同住在東京本鄉(xiāng)丸山新町三十七番地。他如饑似渴地學(xué)習(xí)西方的自然科學(xué)和西方哲學(xué)方面的知識(shí)，開(kāi)始了一生中思想的巨大轉(zhuǎn)變。不僅使他對(duì)自己信仰的佛學(xué)產(chǎn)生了懷疑，而且極大地開(kāi)闊了張東蓀的視野，使他對(duì)西方文化產(chǎn)生了濃厚興趣。

1906年，“懷救世之心”的張東蓀與藍(lán)公武、馮世德在東京發(fā)起組織了“愛(ài)智會(huì)”。他們認(rèn)為“中國(guó)近來(lái)學(xué)務(wù)雖似發(fā)達(dá)，至于學(xué)術(shù)尚在幼稚，此俗之所以不治而無(wú)由進(jìn)于文明之域也”，為此必須發(fā)展國(guó)人的學(xué)術(shù)思想。其取名“愛(ài)智”，顯然取古希臘“哲學(xué)（phelosoghy）”一詞的本義。愛(ài)智會(huì)的性質(zhì)，可從“記事”專(zhuān)欄中發(fā)表的《愛(ài)智會(huì)之成立》中窺得。他們發(fā)起“愛(ài)智會(huì)”的目的，“專(zhuān)以提倡國(guó)人學(xué)問(wèn)為務(wù)，并欲會(huì)合東西哲人，共研究宇宙究竟人生究竟二大問(wèn)題。以增進(jìn)世運(yùn)，劃除俗污，俾大地山河，得光明莊嚴(yán)。”張東蓀等人確定“愛(ài)智會(huì)”的宗旨是：“涅炏為心，道德為用，學(xué)問(wèn)為器，利他為宗?！逼浞椒ㄊ牵骸皶?huì)合東西各國(guó)學(xué)者，研究高尚學(xué)問(wèn)，盡人道，洗俗垢，使世界莊嚴(yán)潔凈為旨?xì)w?！逼淙霑?huì)的手續(xù)是“凡東西各國(guó)之人，總之相同者均可入會(huì)為會(huì)友。但會(huì)員須經(jīng)全體會(huì)員承認(rèn)方可。”

1906年10月，張東蓀與藍(lán)公武、馮世德以“愛(ài)智會(huì)”名義，在日本東京創(chuàng)辦了《教育》雜志。在該刊第1號(hào)發(fā)表《愛(ài)智會(huì)出版部告白》：“教育雜志本為本會(huì)出版，但因外股甚多，是以劃清界限，特創(chuàng)一教育雜志社以經(jīng)理該社事務(wù)，今后一切交涉概與本會(huì)無(wú)涉，用特聲明。”但在《教育》雜志創(chuàng)刊號(hào)上的《社告》中，卻說(shuō)：“本社事務(wù)所暫社于日本東京本鄉(xiāng)丸山新町三十七番地愛(ài)智會(huì)內(nèi)，賜稿者請(qǐng)逕寄該處可也。凡經(jīng)售本雜志者須按期結(jié)算，如上期未清者即停寄追算，乞?yàn)樵彙！笨芍逃s志社與“愛(ài)智會(huì)”同在一處，并且是在張東蓀、藍(lán)公武等人所居住之所，主要是張東蓀等三人負(fù)責(zé)。

在《教育》雜志的《發(fā)刊辭》中，張東蓀、藍(lán)公武和馮世德等人說(shuō)：“慨夫世運(yùn)不進(jìn)，人間齷齪，機(jī)心日甚，公理淪亡。顧視宇內(nèi)，惡氛彌天，優(yōu)勝劣敗之說(shuō)，喧騰人口；弱肉強(qiáng)食之事，動(dòng)觸吾目；此首陽(yáng)之所甘終，而塵寰之可棄也。惟是人為靈長(zhǎng)良知本具道，雖式微大德猶存，是以不辭不文之訕，竊附匡正之心。洗垢窮理，志之所在；揚(yáng)新闡舊，道之所從。特語(yǔ)言異殊，故首自國(guó)文，若融合東西別成新識(shí)，則私心之所愿，聊以卜之云爾?！北砻髌鋭?chuàng)辦的宗旨在于“匡正”公理，“融合東西別成新識(shí)”。這與“愛(ài)智會(huì)”的宗旨是一樣的。

《教育》雜志，內(nèi)容比較豐富，形式多樣而活潑，每期約在120頁(yè)以外，每月的15日發(fā)行。所辟欄目計(jì)有9種：社說(shuō)、學(xué)說(shuō)、科學(xué)、思潮、批評(píng)、記事、雜徂、文苑和問(wèn)答。社說(shuō)一欄為：“發(fā)揚(yáng)本旨、痛斥時(shí)弊”；學(xué)說(shuō)一欄以“闡明新理宏揚(yáng)舊學(xué)”，計(jì)分10門(mén)：教育學(xué)、倫理學(xué)、心理學(xué)、哲學(xué)、佛教、國(guó)學(xué)、群學(xué)、名學(xué)、美學(xué)和生物學(xué)；科學(xué)一欄是“編輯各種科學(xué)高等講義”；思潮一欄為“介紹當(dāng)代嶄新學(xué)說(shuō)”；批評(píng)一欄為“扶導(dǎo)流俗”，分社會(huì)和圖書(shū)二部；記事一欄是“報(bào)告東西學(xué)界之動(dòng)靜”；雜徂一欄是“選載趣味濃厚、思想高尚之小說(shuō)等類(lèi)”；文苑一欄刊載詩(shī)詞；問(wèn)答一欄解答“閱者懷疑”。

《教育》雜志在日本東京出版印刷，由上海四馬路開(kāi)明書(shū)店總經(jīng)銷(xiāo)。除發(fā)行國(guó)內(nèi)，還銷(xiāo)售中國(guó)香港、南洋、歐美、日本各地，在當(dāng)時(shí)有一定的影響。

《教育》雜志是了解張東蓀在日本東京留學(xué)期間思想轉(zhuǎn)變和發(fā)展的一個(gè)窗口。在創(chuàng)刊號(hào)上，他發(fā)表了《心理學(xué)懸念》（與藍(lán)公武合譯）、《催眠心理學(xué)》（與藍(lán)公武合編），并節(jié)譯了達(dá)爾文的《物種由來(lái)》。在第2號(hào)上，他又發(fā)表了用掌握的科學(xué)知識(shí)探討哲學(xué)問(wèn)題的習(xí)作《真理篇》。盡管《教育》雜志僅出2期便?？?，但從中可以看出，張東蓀在留學(xué)日本期間，關(guān)注的是西方科學(xué)和西方哲學(xué)，在西方科學(xué)方面，尤其關(guān)注于西方的心理學(xué)。