1937年盧溝橋事變后，北京大學撤離北平，他沒有同行，成為4名“留平教授”之一（另外三位留守的教授是孟森、馬裕藻、馮祖荀），受校長的委托看守校產。北大校長蔣夢麟后來在回憶錄里談到：“抗戰(zhàn)的時候，他留在北平。我曾示意他說，你不要走，你跟日本人關系比較深，不走，可以保存這個學校的一些圖書和設備。于是，他果然沒有走，后來因他在抗戰(zhàn)時期曾和日本人在文化上合作被捉起來關在南京。我常派人去看他，并送給他一些需用的東西和錢。記得有一次，他托朋友帶了封信出來，說法庭要我的證據(jù)。他對法庭說，他留在北平并不是想做漢奸，是校長托他在那里照顧學校的。法庭問我有沒有這件事？我曾回信證明確有其事?！?

1939年元旦，一個自稱是周作人學生的人求見，見面時突然拔槍向他射擊。所幸子彈射中銅扣只造成輕傷，該刺客逃逸后始終未被捉獲。有關槍擊案的兇手是誰一直眾說紛紜。周作人始終堅持是日本軍方的陰謀，日方則說是國民黨特務所為。

受傷的不僅是肉體，更是對心志的打擊。周作人在遇刺后不久，就接受了汪精衛(wèi)南京政府國立北京大學圖書館館長的聘書，3月兼任北京大學文學院籌辦員，開學后兼任文學院院長。

不久，1940年11月8日，汪精衛(wèi)政權華北政務委員會教育總署督辦湯爾和死于肺癌。12月19日，汪偽政府中央政治委員會第31次會議通過決議，特派周作人為華北政務委員會委員，并指定其為常務委員兼教育總署督辦。至此，周作人身上算是正式烙下了跳進黃河也洗不掉的污點，成了一個遭人唾罵的“漢奸”。

抗戰(zhàn)結束后，周作人在北京以漢奸罪名被國民政府逮捕，并押解南京受審，監(jiān)禁于老虎橋監(jiān)獄。他的朋友、學生紛紛為他開脫求情，俞平伯還給在美國辦外交的胡適寫了封長信，請求胡適為周說情。1946年11月6日，高等法院判處他14年有期徒刑，1947年12月9日改判10年有期徒刑。

1949年1月22日，李宗仁接任中華民國總統(tǒng)，為國共和談而下令釋放政治犯。周作人也在1月26日被釋放出獄。

解放后，周作人搬回北京八道灣的老房子，專心翻譯和寫作，以稿費維持生計。他曾給周恩來寫了一封6000多字的長信，為自己的過去作些解釋。周恩來將這封信轉呈毛澤東，毛批示道：“文化漢奸嘛，又沒有殺人放火?，F(xiàn)在懂希臘文的人不多了，養(yǎng)起來，做翻譯工作，以后出版?！?

1951年，周作人又直接上書毛澤東，為自己辯白。毛的秘書胡喬木給毛澤東的書面報告說：“周作人寫了一封長信給你，辯白自己，要求不要沒收他的房屋，不當他是漢奸。我的意見是：他應當徹底認錯，像李季一樣在報紙上悔過。他的房屋可另行解決（事實上北京地方法院也并未準備把他趕走）。他現(xiàn)已在翻譯歐洲古典文學，領取稿費為生，以后仍可在這方面做些工作。周揚亦同此意。當否請示?！?

毛澤東批曰：“照辦?！弊源?，周作人專事翻譯和寫作，但因被剝奪政治權利，其著作不允許以本名出版。

文革開始后，周家即遭紅衛(wèi)兵查封，他本人也遭到皮帶、木棍子毒打。不堪凌辱的耄耋老翁兩次寫信讓兒媳張菼芳交給當?shù)嘏沙鏊?，要求服用安眠藥安樂而死，均無回音。1967年5月6日，周作人突然發(fā)病去世，享年82歲。

周作人曾有一個長達13字的署名：京兆布衣八道灣居士苦茶庵主。他還自稱前身為和尚。可見“布衣”和“居士”是他生活的情趣和態(tài)度。但周作人并不是六根已凈的人，“知我者謂我心憂，不知我者謂我何求”的憂懼心情，“中心搖搖”的心理狀態(tài)，是八道灣居士茶苦的原因。古人云，詩言志，《苦茶庵打油詩》中很有幾首可以值得玩味的。其中反映“布衣”情懷的，是他在1942年作的一首，原詩云：“野老生涯是種園，閑銜煙管立黃昏。豆花未落瓜生蔓，悵望山南大水云。”