從溝通各科的目的出發(fā)，1919年北大決定取消科別，改門為系。全校當時共設數(shù)學、物理、化學、地質學、哲學、中國文學、法國文學、德國文學、俄國文學、史學、經濟、法律等14個系。學長制同時廢除，改設系主任。這樣，原屬文、理、法三科的各學系分別稱為第一、第二、第三院。第一院在沙灘漢花園，第二院在馬神廟公主府，第三院在北河沿。第一、第二、第三院只是各學系所在地區(qū)的標志，已不是一級機構。

蔡元培在北大進行學制方面的第三個重大改革是改年級制為選科制。

改制之前，北大實行的是日本的年級制，一學年要學習若干課程，都是必修課。這種年級制之流弊，使銳進者無可見長；而留級者每因幾門課程之不及格，須全部復習，興味毫無，遂有在教室中瞌睡，偷閱他書及時時曠課之弊，而其弊又傳染于同學。而且年級制太束縛學生的思想，不能讓學生發(fā)展個性、自由地鉆研其心向之學科，不符合學術自由、思想自由的原則。早在1917年10月，蔡元培在教育部召集的在京各高校代表會議上就提出廢除年級制，采取選科制議案，并決定由北大試行。1919年暑假后，隨著文理科教務處的設立、廢門改系，文理科各系陸續(xù)地改年級制為選科制。

選科制仿美國辦法，大學生在必修一定數(shù)量的課程之外，同時可以自由選修一定數(shù)量的其他課程，這些課程可以是本系開設的，也可以是其他相關系開設的。北大的選科制是和實施單位制（即后來的學分制）相聯(lián)系的。當時北大本科生必須修完80個單位方可畢業(yè)（按每周1學時，學完一年的課程即為1個單位）。80個單位中，一半為必修課，一半為選修課。預科學生必須修滿40個單位，其中四分之三為必修課，四分之一為選修課。各系選科由教授會決定，學生選課必須經過教員審定。

自從北大在近代高等教育史上開了選科制的先河之后，各大學紛紛效仿。選科制的實行，被公認為是我國大學教育上一個極大的進步。直至今天仍為我國大學的一項基本制度。

蔡元培鼓勵師生集中精力進行學術研究，改變學生“奔競及游蕩的舊習”，但又反對死讀書、讀死書的壞傳統(tǒng)。他認為“研究學理，必要有一種活潑的精神，不是學古人‘三年不窺園’的死法能做到的”。為鼓勵和提倡學術研究，引導學生參加各種有益的社會活動，在他的倡導下，北京大學組織了各種學術和社會團體。1918年到1919年間，比較重要的學會和社團就有國文學會、史學會、地質學會、數(shù)學會、心理學會、教育研究會、新文學研究會、俄羅斯文學研究會、畫法研究會、音樂會、馬克思學說研究會、平民教育講演團、新潮雜志社、國民雜志社、進德會、哲學研究會、新聞研究會、體育會、靜坐會等。其中進德會、哲學研究會、新聞研究會、畫法研究會等是由蔡校長親自發(fā)起的，其他各會也多是在他的倡導和支持下得以建立起來的。這些社團，有的是為了砥礪德行、提高修養(yǎng)，有的是從事學術研究，有的是把學生引向正當?shù)膴蕵?。各種社團活動改變了北大從前沉悶和頹廢的空氣，學術討論和思想爭辯蔚然成風，全校出現(xiàn)了生機勃勃的景象。楊晦教授在《五四運動與北京大學》一文中回憶當時的情景，感慨萬千地說：“當時校內的學術活動和社會活動是很活躍的，特別是到了1918年、1919年，隨著政治上的變動和外交的吃緊，隨著新舊思想斗爭的展開，就一天比一天開展，一天比一天活躍。平常，除了北京大學日刊每天出版外，還有宿舍的影壁上、墻上隨時出現(xiàn)的海報、布告等。有人發(fā)出什么號召，就有人響應；說開會，就有人去。開會的地點，大些的會，在飯廳開的時候多，要說話的，站在板凳上就說起來，甚至在廁所里開辟‘廁刊’，互相辯難。北大當時還有一個特點，就是有什么活動或有什么社團組織，一般都是放一個簽名簿在號房，誰愿意參加就可以自由簽名。學術思想斗爭跟社會活動同時在北大活躍?！边@么多的社團和活動，在中國是獨一無二的，許多社團及其刊物對當時社會發(fā)生過重大影響。