胡仁源任校長期間，對北大各學科進行了整頓，還聘請了一批著名人物入校任教，如陳黻宸、黃侃、馬裕藻、沈尹默、沈兼士、錢玄同、辜鴻銘、朱希祖、陳漢章、馮祖茍、俞同奎、胡溶濟、張大椿、陶孟和、溫宗禹、夏元瑮、馬敘倫、張輝曾等。他們中有的是聲名顯赫的前清遺老遺少，有的則是剛從國外留學歸來的飽學之士。新教員的引入，使北大的學風，尤其是文科學風發(fā)生了一些重大變化。由于北大學生日增，教學生活用房困難。1916年6月，經(jīng)胡仁源與比利時儀品公司商洽，借款20萬元，在原操場興建紅樓一棟。這就是后來的北大第一院，著名的沙灘紅樓，中國新文化的發(fā)源地。

從京師大學堂到北京大學，它雖然在孫家鼐、嚴復和胡仁源等人的悉心呵護辛苦支撐之下，多次免遭胎死腹中、難產(chǎn)和停辦之虞，但不過差強人意而已。辛亥革命前，京師大學堂辦了10余年，并沒有培養(yǎng)出多少人才，清廷當局都自認其水平太低，更不用說外國人視之為蒙養(yǎng)學堂了。辛亥革命后，學校的名稱改了，但本質(zhì)上沒有發(fā)生根本變化，由于北洋軍閥統(tǒng)治時期不良風氣的影響，北大的名聲臭到了極點，幾近于不可救藥。

首先是封建衙門習氣濃重。按照1903年的癸卯學制規(guī)定，京師大學堂畢業(yè)生可以授予進士頭銜并獎勵翰林院編修、檢討等官職。因此，大學堂便在當時成了各種失意官員、舉貢生監(jiān)尋求出身的好地方。仕學館、進士館的學生，均帶有聽差。每到上課時間，各房中便響起一片聽差“請大人上課”的聲音，然后由聽差把紙墨筆硯及茶水、煙具送到講堂。下課了，聽差又來“請大人回寓”，學生大人拍拍屁股便走，聽差收拾雜物在后。上起體育課來就更熱鬧了，操場上時不時傳來“大人，向左轉(zhuǎn)”、“大人，向右轉(zhuǎn)”的喊聲。浙江象山人陳漢章，是一名老舉人，以博學聞名于世。京師大學堂因他名頭很響，便聘請他做大學堂的教習。但老先生到校以后，得知大學堂畢業(yè)可以授進士、獎勵翰林頭銜，于是甘愿做學生而不做教習，以取一翰林慰平生。他在馬神廟公主府梳妝樓上的大學藏書室里苦苦用功6年后，眼看就要畢業(yè)，辛亥革命卻爆發(fā)了，翰林自然也泡了湯。不過這6年也沒有白費，陳老先生學問大進，成為樸學大家?？梢哉f北大前身京師大學堂培養(yǎng)的就是封建官僚，因而官場習氣在學生和教師中蔓延，學堂更像是衙門。民國初年的北京大學，仍然是衙門氣十足，沒有多少學術(shù)氛圍。有的教師不學無術(shù)，進大學教書只不過為做官準備；有的教師干脆就是清末舊官僚或北洋政府的官僚，學問不大，派頭卻不小。如沈尹默記述的，他初入北大任教時，有一預科教地理的桂蔚丞老先生，每上課時，均有一聽差挾一地圖、捧一壺茶和一只水煙袋跟隨上講堂，置之于講臺上，然后退出，下課照送如儀。這位老先生還經(jīng)常在上課時對學生留一手，教科書、參考書和講義對學生是保密的，絕對不允借閱。

學生也以讀書求功名利祿為目的，仍然是“書中自有顏如玉，書中自有黃金屋”的思想。雖然取消了科舉，一般學生認為學校畢業(yè)相當于科舉的舉人、進士資格，以畢業(yè)后做官為目標。由于有做官發(fā)財思想，學生從預科畢業(yè)后，多入法科，入文科者甚少，入理科者更少，因為最后總是做官，不如入法科，學一點政治、法律，比較吃香。據(jù)統(tǒng)計，1917年底，北大法科的本科和預科在校學生841人，文科學生418人，理科學生422人，工科學生只有80人。讀法科的學生是文、理科的總和，是工科的10倍多。以至于北大為招收文科學生，不得不降格以求，報考文科可以不要預科畢業(yè)文憑，只要有同等學力即可。學生入北大后，從法科改文科，隨便；從文科改法科，對不起，不準。