藏傳佛教教派眾多，其形成與發(fā)展史，就是一部各種教派和政治勢力的斗爭史。與漢地佛教一脈傳承、融會貫通的發(fā)展歷史不同，佛教進入西藏，首先是與本地原始宗教苯教長期斗爭，取代其傳統(tǒng)地位后，格魯派（黃教）又先后經(jīng)歷了與寧瑪派（紅教）、噶當派（黑教）、噶舉派（白教）、薩迦派（花教）等各個教派的反復斗爭。

十七世紀初，在青海、蒙古一帶，格魯派的主導地位已經(jīng)確立。但是西藏尚處于噶舉派得勢的時期，噶舉派得到了管理地方政事的藏巴汗的支持，對正在蓬勃興起的黃教采取壓迫摧殘的政策，格魯教派與地方政治勢力的斗爭日趨激烈。

來自蒙古的四世達賴喇嘛云丹嘉措于二十八歲盛年猝死。他死后，按照藏傳佛教傳統(tǒng)，應當立即尋找他的轉(zhuǎn)世靈童。奇怪的是，藏巴汗竟不允許尋找四世達賴的轉(zhuǎn)世靈童。有人傳說，那是因為四世達賴喇嘛云丹嘉措與藏巴汗不睦，暗中對藏巴汗下了詛咒，導致他常年纏綿病榻，時常頭痛難耐，幾乎一命嗚呼。藏巴汗察覺后，勃然大怒，遂派出刺客，殺死了云丹嘉措，并且余怒未消，明令不允許尋找達賴的轉(zhuǎn)世靈童。此時藏巴汗權傾前后藏，因此對于這樣可笑的政治干預，拉薩上層的格魯派僧人雖覺憤怒，卻也無可奈何，一籌莫展。

好在天佑黃教。此時，四世班禪羅桑卻吉卻為達賴世系的傳承立下了一樁大功。

在西藏，達賴系統(tǒng)與班禪系統(tǒng)是藏傳佛教格魯派的兩大地位最高的體系，達賴系統(tǒng)以拉薩為中心統(tǒng)領前藏，班禪系統(tǒng)以日喀則為中心統(tǒng)領后藏。兩個系統(tǒng)互相制約，也互相補位。歷代班禪與達賴互為師徒，就是為了在轉(zhuǎn)世靈童的十八年培養(yǎng)期間，遏制攝政王第巴權力過大的問題，同時也共同對付駐藏政治勢力的干擾，維護格魯教派統(tǒng)治地位的穩(wěn)定。

四世班禪羅桑卻吉是一位仁厚長者，在前后藏享有很高的威望。羅桑卻吉精通醫(yī)術，為藏巴汗治好了他的頭痛痼疾。藏巴汗感激萬分，提出要捐獻一個莊園給扎什倫布寺作為酬謝，羅桑卻吉堅辭不受，藏巴汗便讓班禪自己提一個要求，他都予以應允。羅桑卻吉趁機請求藏巴汗允許尋找四世達賴的轉(zhuǎn)世靈童。藏巴汗無法自食其言，只好答應了。

在四世班禪羅桑卻吉的主持下，尋找轉(zhuǎn)世靈童的高僧在藏北的熱振寺，文殊菩薩佛像前，以陳設糌粑丸抽簽的方式，選中了山南瓊結地方的世襲貴族家族幼子阿旺羅桑嘉措為四世達賴的轉(zhuǎn)世靈童。

五世達賴喇嘛阿旺羅桑嘉措一六一七年出生于山南世家。他天資聰穎，又接受了很好的教育，自小便極富思想與個性，與眾不同，有遠遠超出他年齡的智慧、才識和見地。成年后的他，更是有著強大的個人意志，和異常清醒的政治頭腦。放在任何一段歷史中，他都是一個能夠建功立業(yè)的英雄。何況此時的西藏，正處于一段迷茫的亂世。

他是藏傳佛教史上舉足重輕的人物，對格魯派確立在西藏統(tǒng)治地位的貢獻無人可及。在他的老師四世班禪羅桑卻吉的幫助下，他在拉薩一步一步推動和實現(xiàn)自己的政治理想。

羅桑嘉措作為轉(zhuǎn)世靈童在哲蚌寺接受教育期間，也是藏巴汗政權加緊對黃教迫害的時期。一六三零年左右，藏巴汗政權利用地方勢力內(nèi)訌的機會，借機發(fā)動對黃教的洗劫性打擊。不滿十四歲的羅桑嘉措不得不避往山南，尋求家族勢力的庇護。這更加堅定了他要為西藏宗教爭取獨立政治地位的決心。為了擺脫西藏宗教長年來對藏巴汗政權的從屬地位，達賴與班禪謀劃，利用藏巴汗政權與蒙古軍隊的矛盾，派人進入青海，與駐青海的蒙古軍隊統(tǒng)帥固始汗達成協(xié)議。蒙古軍隊遂進入西藏，推翻了統(tǒng)治西藏多年的噶瑪?shù)胤秸啵瑩砹⑽迨肋_賴喇嘛建立了噶丹頗章政權。