1947年初，雖然林彪部隊幾度跨越松花江，取得小勝，東北軍事主動權大體還掌握在國軍這邊。1947年3月，國軍攻占延安，聲勢達于鼎盛。

這時候，國民黨黨內斗爭并未稍止。CC派和蔣經國為了爭奪對中央政治學校的控制權，爆發(fā)了一場內斗。蔣介石派蔣經國取代陳果夫，出任中央政校教育長，但是在陳氏兄弟發(fā)動學生抗議、反對之后，經國辭而不就。9在東北戰(zhàn)場上，林彪集結四十萬部隊，強渡松花江，孫立人寡不敵眾；人民解放軍深入國民黨統(tǒng)治區(qū)，奪走大量軍事設備和補給，向沈陽挺進。杜聿明利用空中武力優(yōu)勢反攻，林彪又退回松花江。此后，國共雙方都傷亡慘重，但是共軍力量顯然已轉強。

蔣經國對東北局勢開始轉為悲觀。他沒有點名批評杜聿明，但是私底下卻抱怨，派到東北去的國軍“沒有得到人民支持，也沒有和地方武力維持良好關系”。經國說，到頭來，杜聿明部隊將是政府的“負擔”，而不是“資產”。10

1947年7月4日，國民政府決定全面動員戡亂。蔣介石改組東北軍事指揮結構，解除杜聿明職務。9月間，毛澤東也下令人民解放軍發(fā)動戰(zhàn)略攻勢。原本看好的軍事局勢，突然為之一變。蔣經國等人和美國國務院的“中國專家”看法相同，認為東北挫敗乃是國民黨的黨、政、軍高層持續(xù)腐化、無能之故。蔣經國目睹考察的臺灣“二二八”事件，凸顯出此一事實。

蔣經國的左右彼此又討論起，以三青團為骨干組成政黨，向腐化的國民黨挑戰(zhàn)的議題。蔣經國本人也寫了一本小冊子《我們對團的建議》，似乎暗示組黨之意。9月初，三青團在避暑勝地廬山舉行第二次全國代表大會。會前，經國的親信在他房間與之會面，討論組黨之議。

陳立夫、黃埔系及國民黨其他元老聽到此一消息，沖進蔣介石辦公室痛斥這個想法。蔣介石本身雖然對黨、對文武百官的表現(xiàn)頗有挫折感，卻反對三青團另樹一幟組黨的主意。鑒于父親的立場，經國打消組黨念頭，可是部分身邊的人仍堅持此議，在大會中提出來。蔣介石上臺，明確表態(tài)：“你們實在糊涂！……我已經是國民黨總裁，還能同時再領導另一個黨嗎？”

蔣介石嘆息國民黨和三青團都“只是空殼子，沒有實力”。不但不另組新黨，蔣介石反而下令將三青團并進國民黨，取消三青團中央干事會；三青團原本形式上是獨立組織的地位，也就曇花一現(xiàn)斷送掉了。CC陳氏兄弟和黨內其他派系都很高興。蔣經國第一次當選為國民黨中央委員作為補償，此外還擔任中央黨部干部訓練委員會副主任委員，主委由他父親掛名兼任。11

蔣經國苦思如何在組織戰(zhàn)上對抗中共，隨即想出一個主意，即以青年軍復員軍人為骨干組織“戡亂建國總隊”，派到戰(zhàn)場從事政治工作，爭取民心，不讓民眾支持度隨著國軍失利而喪失殆盡。蔣介石批準這個計劃，經國立刻組成好幾個大隊，他正式出任戡建總隊領導人（譯按，江南在《蔣經國傳》里說，胡軌系戡建總隊總隊長），但是，為時已遲，戡建總隊實質上沒有起作用。

共軍在東北恢復攻勢，一再切斷連接大城市的鐵路線。國軍守備部隊越來越仰賴陳納德新成立的民間公司“民航空運公司”（Civil Air Transport， CAT）的飛機運補。蔣介石明白，軍事上、政治上，他都失去了主動權。蔣介石對手下高級將領越來越失望，迭有惡評。他一度說，大部分指揮官士氣低到谷底，精神渙散，甚至還表示佩服共軍軍官的紀律嚴整，操守廉潔。

12月間，南京突然籠罩著悲觀氣氛，外交部次長葉公超告訴美國駐華大使司徒雷登，蘇聯(lián)最近頻頻送上修好的訊號。據(jù)葉公超說，蘇聯(lián)通過一群曾在俄國受訓、通曉俄語的國防部高級軍官——最著名的就是蔣經國——這個渠道“頻送秋波”。蔣經國等人主張與中共政治和解是“唯一方法”，要尋求與蘇聯(lián)“拉近了解”以達成此一目標。據(jù)報道，蘇聯(lián)駐華武官羅申將軍鼓勵蔣經國這群人。12