抗戰(zhàn)結(jié)束后不久，經(jīng)國(guó)和父親回到溪口老家，安排工人修建毀于炮火的豐鎬房及蔣家其他產(chǎn)業(yè)。12月，經(jīng)國(guó)帶著家人又回到溪口為母親遷葬。經(jīng)國(guó)的祖母王太夫人墳地居高俯瞰山色，母親安息之地只是鎮(zhèn)外一座小廟后方八尺的土冢。他遵循古禮，請(qǐng)名人給墓碑題字，老師吳稚暉受托，題下：“顯妣毛太君之墓”，小心翼翼地不提死者和蔣介石的關(guān)系。據(jù)當(dāng)天參加安葬儀式的艾啟明說(shuō)，經(jīng)國(guó)痛哭流涕，哀痛逾恒。

經(jīng)國(guó)經(jīng)常到上海處理學(xué)生騷動(dòng)事件。他在上海反制共產(chǎn)黨校園活動(dòng)，握有一項(xiàng)重要資產(chǎn)，就是上海有數(shù)千名青年軍復(fù)員軍人，尤其其中五百多人已轉(zhuǎn)入大學(xué)念書，雖然可以動(dòng)用此一群眾組織強(qiáng)力對(duì)抗，他卻不肯這么做。當(dāng)時(shí)主持上海復(fù)員青年軍聯(lián)誼會(huì)的陳正卿，回憶起有一次經(jīng)國(guó)處理復(fù)旦、暨南大學(xué)學(xué)生示威活動(dòng)的情形。蔣經(jīng)國(guó)指示陳正卿，把已轉(zhuǎn)為大學(xué)生的青年軍復(fù)員軍人動(dòng)員起來(lái)，號(hào)召?gòu)?fù)課。青年軍復(fù)員之大學(xué)生如命集會(huì)，可是大批左派學(xué)生聞?dòng)崳M成人墻，擋住復(fù)旦大學(xué)校門，不讓他們進(jìn)去。蔣經(jīng)國(guó)不僅沒(méi)有下令突破人墻，闖進(jìn)復(fù)旦校園，還指揮他們移動(dòng)到虹口公園，聽(tīng)他演講。蔣經(jīng)國(guó)在演講中強(qiáng)調(diào)，使用暴力阻止學(xué)生進(jìn)入自己校園的是共產(chǎn)黨，這充分顯示“未來(lái)，我們?cè)诖髮W(xué)里還有許多工作要做”。

東北戰(zhàn)事仍持續(xù)進(jìn)行。蔣經(jīng)國(guó)在8月和10月，再次接觸羅申，否認(rèn)國(guó)民政府走親美路線，也再次提到中方與斯大林舉行高峰會(huì)議的可能性。8月間，杜魯門總統(tǒng)向蔣介石提出警告，除非和解有真正進(jìn)展，美援不太可能持續(xù)。然而，國(guó)共?；疬€是無(wú)法持續(xù)。中共部隊(duì)現(xiàn)在已改稱“人民解放軍”，國(guó)軍在華北攻占由中共長(zhǎng)久控制的兩座主要城市。林彪的部隊(duì)跨越結(jié)冰的松花江，攻擊孫立人部隊(duì)，旋即北撤。1946年12月，杜魯門重申美國(guó)不干預(yù)中國(guó)內(nèi)戰(zhàn)的政策。美軍陸戰(zhàn)隊(duì)撤出華北，馬歇爾也回國(guó)就任國(guó)務(wù)卿新職。馬歇爾離華前發(fā)表聲明指稱，美方調(diào)處失敗是因?yàn)閲?guó)民黨“反動(dòng)派”和共產(chǎn)黨“激進(jìn)派”掣肘之故。

1947年臺(tái)灣爆發(fā)“二二八”慘劇，凸顯出國(guó)民黨根本上的弱點(diǎn)——大批高級(jí)官員把官職當(dāng)做自己，乃至家人、部屬發(fā)財(cái)?shù)拇蠛脵C(jī)會(huì)。日本自從甲午戰(zhàn)爭(zhēng)之后的1895年就搶走臺(tái)灣，1945年9月，國(guó)軍在一小支美國(guó)部隊(duì)協(xié)助下登陸臺(tái)灣，接管行政。臺(tái)灣在日據(jù)時(shí)期經(jīng)濟(jì)繁榮起來(lái)，農(nóng)業(yè)方面可以自給自足，工業(yè)也略有基礎(chǔ)。雖然受到戰(zhàn)火波及，港口和交通設(shè)施嚴(yán)重?fù)p毀，臺(tái)灣經(jīng)濟(jì)比起中國(guó)大陸任何省份都要強(qiáng)得多。島上居民百分之九十八為漢人，他們一向痛恨日本人的高壓殖民統(tǒng)治，光復(fù)之初，非常歡迎國(guó)民政府來(lái)解救。

蔣介石派遣1911年起即追隨他的陳儀，擔(dān)任臺(tái)灣省行政長(zhǎng)官。六十二歲的陳儀，率領(lǐng)大批大陸人到臺(tái)灣，接收政治、行政及安全方面的要職。大陸人也接管了公營(yíng)事業(yè)，并立刻搜刮、自肥。極力幫助國(guó)民政府的魏德邁將軍都說(shuō)：國(guó)軍的行為“有如征服者”。

2月28日，臺(tái)北街頭因?yàn)榫炀胁兑幻準(zhǔn)巯銦煹膵D女而引發(fā)抗議，旋即升級(jí)為動(dòng)亂。陳儀認(rèn)定亂事是臺(tái)灣精英中的親日人士，以及反對(duì)臺(tái)灣回歸中國(guó)的激進(jìn)分子在背后煽動(dòng)。蔣介石派出一支高級(jí)代表團(tuán)到臺(tái)灣，和地方領(lǐng)袖會(huì)商，并決定改組省政府。臺(tái)灣各界匆匆組織一個(gè)臺(tái)北處理委員會(huì)，也采取溫和語(yǔ)調(diào)，收回早先提出的撤銷臺(tái)灣警備司令部、解除國(guó)軍武裝之主張?？墒?，街頭的異議分子已失去控制，若干極端分子攻擊政府機(jī)關(guān)及軍警單位。 8

3月9日，國(guó)軍槍決數(shù)百名為首者，在街頭也屠殺數(shù)千人。這正是傳統(tǒng)的殺雞儆猴——“清鄉(xiāng)戰(zhàn)術(shù)”。（1995年，國(guó)民黨為處理“二二八”事件過(guò)當(dāng)正式道歉，承認(rèn)遇難者高達(dá)一萬(wàn)八千至兩萬(wàn)八千人之多。）3月17日，國(guó)防部長(zhǎng)白崇禧率領(lǐng)一個(gè)由軍政大員（包括蔣經(jīng)國(guó)在內(nèi)）組成的代表團(tuán)到臺(tái)北，調(diào)查事件始末。在臺(tái)灣停留三星期之后，白崇禧發(fā)表一份聲明，為陳儀處理事件之做法辯護(hù)。4月17日，美國(guó)大使提供一份觀點(diǎn)全然不同的報(bào)告給國(guó)民政府主席蔣介石。隔了幾天，蔣介石派出文人接替陳儀（譯按，行政長(zhǎng)官公署撤廢，改為省政府，魏道明接任省主席），但是另派新職給陳儀。