黑死病使中世紀的醫(yī)學實踐頗感挫敗。當瘟疫開始橫掃歐洲的時候，醫(yī)學理論卻仍然有賴于伽林闡釋的經典的人體概念。根據伽林的觀點，人體有四種體液：血液、黏液、黃膽汁和黑膽汁。每種體液都代表著一個器官：黏液源于大腦，血液源于心臟。良好的健康狀態(tài)就意味著某個人四種體液處于平衡狀態(tài)。疾病則需要醫(yī)生通過放血或者使用可以控制某一體液的草藥將體液調至平衡。進入17世紀，醫(yī)學更多地還是理論的而非臨床的，是一種哲學式的而非實驗性的科學。

那些由于人類的健康問題而受責難之人的回答是絕對不成功的，雖然這更加重了整個歐洲的普遍的絕望情緒。數以百計的醫(yī)學論文中沒有一篇對這場瘟疫的原因進行了正確的鑒定。幾乎沒有一篇論文看到瘟疫爆發(fā)與爆發(fā)前發(fā)現的堆積的嚙齒動物的尸體之間的因果聯系。論及原因，大多數評論家都贊同星象論或環(huán)境論。星象論認為三高星——火星、木星和土星——進入寶瓶座使空氣污濁，同時將有毒物質帶入了心肺。環(huán)境論則認為1345—1347年間的一系列地震釋放出有毒的地心氣體。另外還有一些人將瘟疫歸咎于南風和氣候轉暖。

在中古后期，草藥師和其他醫(yī)藥愛好者建立了使人們可以買到藥品的藥房、商店。藥劑師負責調制并且研究藥物。在13世紀末，一位對醫(yī)藥感興趣的化學家維拉諾瓦的阿諾德（Arnald of Villanova），研究了復合藥物的定性效果，并借鑒了9世紀阿拉伯哲學家阿爾基締（Alkindi）的著作，成為第一個將呈幾何級增長的藥物數量與呈算術級增長的藥效聯系起來的人。(Scala/Art Resource,NY)無論這些假定的解釋如何，所有人都明白，一般意義上的醫(yī)生不能治愈他們，因為瘟疫像帶走無知者一樣地奪去了有學識的人的生命。在中世紀的醫(yī)學等級中，“內科醫(yī)生”是大學培育出來的，通常也掌握扎實的神學知識，他們的地位高于“外科醫(yī)生”，并且與之分開工作；而后者則與“工匠”地位接近（理發(fā)師的燈柱，傳統(tǒng)上皆為紅白相間，總是使人記起外科醫(yī)生將染血的布片掛出晾干的年代）。藥劑師的地位本低于內科醫(yī)生，但由于他們了解不同藥物和草藥的特性，這種神奇的知識令他們受到外行人的尊敬。藥劑師也是商人，因為他們也販賣香料，而且他們因為相對富有而被列入社會上層。其下的所有人都是非專業(yè)的，他們要價很低，在失敗中尋求解決問題的辦法。他們最早被發(fā)現于鄉(xiāng)村，可能了解一些源于經驗的“土方”（country remedies），但也可能依據某些過時的知識。這個群體中多達20%的人是婦女，她們主要充當助產士、草藥師以及病患的陪伴。

瘟疫危機和隨之而來的對治療方法的尋求導致了醫(yī)學的專業(yè)性進步。當老一輩醫(yī)學權威在瘟疫中消失后，其他醫(yī)生取而代之。外科醫(yī)?取代了傳統(tǒng)的內科醫(yī)生。1390年，巴黎大學醫(yī)學院一視同仁地邀請外科醫(yī)生加入學院。行外民眾也開始要求用本國語言來撰寫醫(yī)學論文，以便患者可以嘗試了解自身的問題。醫(yī)院的功能也在以后的三個世紀中發(fā)生了緩慢的變化。它們在很大程度上是服務于貧窮患者的慈善機構，后者的家庭無論在財力和人力上都不能照顧他們。因此，患者之所以來醫(yī)院，主要不是因為其病情——即使最絕望的病患在19世紀以前都是在家中被照料的——而是因為其親屬的境況。然而，這些醫(yī)院日益出現了現代醫(yī)生的雛形，即那些為掙薪水而照顧病人的當地醫(yī)生和醫(yī)治者。也許最重要的?，人們試圖將在瘟疫中病倒的患者或某些陷入無形病痛的人與那些陷入有形病痛之人分開，例如骨折病人或其他受傷之人。

從14世紀中期到15世紀末，日復一日地，沒有人知道自己將會活著還是死去。雖然影響到宗教信仰、社會組織和實驗科學的發(fā)展，但周而復始的瘟疫也給人類以教訓，使世人了解人類在自然面前的無助。那些在瘟疫中幸存下來的人們也許景況更好一些——人口數量減少，工資因勞動力稀少而提高，許多受限制的封建主義的殘余不復存在——但是，正如當時的詩中所指出的，這個世界對多數人而言是完全顛倒的。

14世紀尤其可怕的是，甚?氣候也轉而與鄉(xiāng)村人口作對。在更早的地球氣候大變動期間，當時的瑞典可以種小麥，紐芬蘭島則生長著葡萄，歐洲度過了一連串潮濕的年代，谷物腐爛、恐慌、饑荒和死亡在鄉(xiāng)村非常普遍。衛(wèi)生條件普遍缺乏，即使在宮廷也是如此。即使沒有瘟疫，疾病也是事物的正常狀態(tài)，因為人們還不懂得消毒，簡單的傷口也很容易導致死亡。甚至在預期中的純真的兒童時代也毫無樂趣，因為雖然富有的孩童擁有玩具，但多數玩具都只是縮微版的成人，而且孩子早在十幾歲之前就被期待能像大人一樣行事。

歷史上沒有哪一次行動不帶有反作用力，而且也極少有災難沒有導?有益的變化，黑死病以后醫(yī)藥知識的增長正是如此。有一個群體深受裨益：即中產階級婦女，尤其在英國，她們經歷了學者們所稱道的“1370—1470年間的黃金時代”。婦女能在社會中處于更穩(wěn)固的位置，部分是源于人口的銳減，這使得婦女的工作、知識和財產都變得更有價值；部分是由于社會變化。在這個時代以前，婦女在法律上只被視為丈夫身體的一部分，但是現在寡婦已經可以打破這一習俗。她們能夠制定遺囑，特別是在倫敦，她們可以繼續(xù)丈夫的生意，并占有家庭房產（而在更早些時候和其他地方，寡婦必須在40天之內將死去的丈夫的房屋騰空），她們可?加入社會和經濟生活，加入基爾特、公司以及兄弟會，盡管她們被排斥在這些組織的政治活動之外。某些婦女——例如，制革匠人的遺孀——不得不為了在行會中保留一個位置而斗爭，并且很少被準許加入行會，但總的來說，“倫敦的習俗”的準入日漸增加。