1988年2月底，伊拉克開始大規(guī)模襲擊德黑蘭；在兩個月時間里，這座城市遭到數(shù)百枚遠程導(dǎo)彈的攻擊。伊朗的圣城庫姆也受到導(dǎo)彈襲擊。這種遠程武器引起了伊朗民眾的巨大恐慌，其中一個現(xiàn)實威脅是薩達姆可能利用導(dǎo)彈向伊朗首都發(fā)射毒氣彈。為了報復(fù)伊拉克的轟炸，伊朗入侵伊拉克庫爾德地區(qū)。薩達姆對此的反應(yīng)造成了這場長期戰(zhàn)爭中一個最為慘不忍睹的場面。伊拉克軍隊進入哈拉布甲鎮(zhèn)，對庫爾德平民使用化學(xué)武器，致使高達5000人死亡，他們中有男人、有女人、還有小孩；大部分人被埋在一個大墳坑里。薩達姆-侯賽因的堂弟阿里-哈桑-馬吉德當時是伊拉克北方局負責(zé)人，該機構(gòu)的主要任務(wù)是控制庫爾德地區(qū)。馬吉德親自導(dǎo)演了這個暴行，這個事件發(fā)生后，他就有了一個“化學(xué)阿里”的外號。這次對哈拉布甲的襲擊進一步證實了伊朗人的擔心：薩達姆可能會對伊朗境內(nèi)的主要民事目標使用化學(xué)武器和毒氣彈。

1988年7月，伊朗的655次航班——一架商務(wù)飛機——從伊朗港口城市阿巴斯港沿常規(guī)航線飛往迪拜。當飛機飛臨波斯灣上空時，被美國軍艦“文森斯號”擊落。機上290名乘客全部遇難。美國海軍把“文森斯號”部署在霍爾木茲海峽，部分目的是為了應(yīng)對伊朗軍艦在波斯灣的活動。美國政府在隨后公布的一份報告中稱，當初“文森斯號”上的戰(zhàn)斗人員誤認為這架民航飛機是一架準備發(fā)動攻擊的戰(zhàn)斗機。許多人認為，這個悲劇的發(fā)生，再加上伊朗人越來越擔心薩達姆可能正在準備用化學(xué)武器攻擊德黑蘭，最終導(dǎo)致伊朗政府接受了在聯(lián)合國監(jiān)督下的?；饏f(xié)議。

1988年7月，阿亞圖拉-霍梅尼通過伊朗電臺發(fā)表了一個長達90分鐘的廣播演講，宣布他決定結(jié)束戰(zhàn)爭。他聲稱：“我以前發(fā)過誓，我會一直戰(zhàn)斗到流盡最后一滴血，吐出最后一口氣為止……作出這個決定比吞毒藥自殺還難受?！?7霍梅尼宣稱，接受?；饏f(xié)議是為了履行自己神圣的責(zé)任——替伊朗伊斯蘭共和國的利益著想。他說道：“對于我個人而言，讓我接受死亡，為國殉難，我可能還會覺得更好受些。”38聯(lián)合國秘書長哈維爾-佩雷斯-德奎利亞爾宣布，伊朗和伊拉克將于1988年8月20日簽署?；饏f(xié)議，結(jié)束這場戰(zhàn)爭，隨后兩國將在日內(nèi)瓦進行和平談判。

盡管薩達姆-侯賽因宣稱這場戰(zhàn)爭以“伊拉克的輝煌勝利”而告終，然而世界輿論幾乎一致認為這場戰(zhàn)爭中沒有勝利者。阿拉伯國家對薩達姆的地區(qū)野心疑慮日重，一些曾經(jīng)支持伊拉克的海灣國家開始重新與伊朗恢復(fù)外交關(guān)系。與此同時，伊拉克背負的債務(wù)高達600億美元，其經(jīng)濟狀況已經(jīng)陷入一種風(fēng)雨飄搖的狀態(tài)。薩達姆希望，那些曾經(jīng)在戰(zhàn)爭給與他支持的富裕阿拉伯國家能免除伊拉克所欠的債務(wù)，同時幫助伊拉克償還欠其他國家的債務(wù)。然而，幾乎沒有國家愿意幫助伊拉克解決這次經(jīng)濟危機。39最終事實表明，兩伊戰(zhàn)爭結(jié)束后，薩達姆在1980年秋天所期望的那種地區(qū)政治格局并沒有出現(xiàn)，他也沒能成為阿拉伯世界中無可置疑的領(lǐng)導(dǎo)人。