一九三二年，教育部請父親出任高教司司長，他辭了。一九三四年，他從東歐回來，發(fā)表演講《在蘇聯(lián)所得之印象》，被國民黨當(dāng)局懷疑是共黨分子，逮捕，差點兒遭牢獄之災(zāi)。一九四三年，西南聯(lián)大國民黨黨員還推舉父親致函蔣介石，要求他開放政權(quán)，實行民主，建立憲政。他不想做官，他只希望國家富強，老百姓生活得好。至于他自己，有這樣高的學(xué)術(shù)上的地位，他并不要求什么。

如果說父親有什么錯的話，他的缺點就是過于信任了，一個哲學(xué)家不應(yīng)該像老百姓那樣，應(yīng)該有自己獨立的思考。人們可以這樣要求他，但請注意，那個時代慘狀的出現(xiàn)，是長期“思想改造”的結(jié)果。

一九四九年以后父親一直就在被改造中，是最大的改造對象，因為他有思想。張岱年就說過，馮先生地位特殊，不僅沒有“言而當(dāng)”的自由，甚至沒有“默而當(dāng)”的自由。

一九五二年，他訪問印度回來，剛到清華，還沒進家門就被學(xué)生圍攻批斗。他屢次檢查過不了關(guān)，已經(jīng)都剝光了，還過不了關(guān)，金岳霖、周禮全來看望他，金岳霖說：“芝生，你有什么事就交待了吧。”兩人抱頭痛哭。

“文革”中，父親已經(jīng)七十一歲了，天天有人沖來抄家，搬把凳子擱院子里，要父親站在上面。家里貼滿了打倒他的標語大字報，鋪天蓋地，到處貼封條。衣服都封起來了，天冷了，封條不敢拆，父親就披條麻袋御寒。他的輸尿管不通，腰上掛著尿瓶，被拉去批斗，打倒在地。游街時連連跌跟頭，還是要繼續(xù)走。為了斗他，甚至成立了批馮聯(lián)絡(luò)站。我不明白，對手無寸鐵的讀書人，何至于如此。

一九六六年春夏之交，我在中國科學(xué)院哲學(xué)社會科學(xué)部，那是僅次于北大和清華的“文革”先進單位。我跟何其芳、俞平伯等一起挨批斗，紙糊的高帽子上寫了我的罪名，就是“馮友蘭的女兒”。那天回到家，如果手頭有安眠藥，我肯定就不在了。后來一想，是馮友蘭的女兒有什么罪，我偏要活著，我就不死。

一九七三年批林批孔時，父親在哲學(xué)系例行的政治學(xué)習(xí)會上發(fā)言(要知道，學(xué)習(xí)會是人人都必須參加的)，《對于孔子的批判和對于我過去尊孔思想的自我批判》，又在北大老教師批林批孔會上作《復(fù)古與反復(fù)古是兩條路線的斗爭》的學(xué)習(xí)發(fā)言，這都是例行的小組發(fā)言，被全國各大報轉(zhuǎn)載，父親并不知情。

父親參加“批孔”，有其內(nèi)在原因，二十年代，父親在《中國為什么沒有科學(xué)》一文中，就對孔子提出過批評，這是學(xué)術(shù)問題，這里不能詳細地說。當(dāng)時批孔來勢兇猛，黑云壓城城欲摧。父親被放在鐵板上烤，他想脫身——不是追求什么，而是逃脫被烤。他已經(jīng)快八十了，要留著時間寫《中國哲學(xué)史新編》。再關(guān)進牛棚，就沒有出來的日子了。另外，父親的思想中是有封建意識的，他對毛澤東有一種知己之感，對毛主席的號召要說服自己努力跟上。努力跟上也是當(dāng)時許多老知識分子的心態(tài)。