王紀，字惟理，芮城人。萬歷十七年(1589)進士，任命為池州推官，進入朝廷擔任祠祭主事、儀制郎中。持禮公正無私，為一時眾望所歸。二十九年，皇帝要冊立太子，變動了幾回老是決定不下來。王紀上疏極力辯論。這年冬天，完成禮節(jié)儀式，提升為光祿少卿，稱病辭官。

　　萬歷四十一年(1613)，從太常少卿提拔為右僉都御史，巡撫保定各府。連年水旱災害，王紀想方設法救濟災荒十分周到。稅監(jiān)張曄請求征收皇恩已經(jīng)免除的各稅，王紀兩次上疏力爭，張曄竟然接受內宮旨意實行了。王紀彈劾張曄違抗詔書，阻止皇帝的命令，都沒有批復。過了四年，轄境內治理得很好，提升戶部右侍郎，總督運河漕運兼巡撫鳳陽各府。莊稼欠收，采取在保定時的措施賑災救貧。光宗皇帝即位，征召授官戶部尚書，督察倉場。

　　天啟二年(1622)代替黃克纘成為刑部尚書。這時正在議論“紅丸案”的事情，王紀同侍郎楊東明一道共同上奏，說：“方從哲只知道有貴妃，不知道有皇帝、父母。李可灼進獻藥丸，皇帝駕崩，反而用皇帝的恩示來安慰他，送給他銀幣，這哪里還有國法？不逮捕李可灼，不能叫天下人心服；不逮捕崔文升，不能叫李可灼心服；不剝奪方從哲的官職俸祿，不能夠發(fā)泄天地神人的憤慨?！弊嘧h發(fā)出，大家感情非常肅敬。

　　主事徐大化這個人，一向是個無賴。每天奔走于魏忠賢的門下，陰謀陷害好人，又十分賣力地彈劾給事中周朝瑞、惠世揚。王紀非常氣憤，揭發(fā)徐大化瀆職的情形。于是說：“徐大化確實是朝廷痛擊的賊臣，而大臣中有的結交有權勢的太監(jiān)，謀害忠良，就像宋朝的蔡京，為什么不進呈奏疏彈劾他，而跟正直的人一天天勢同水火?！彼f的大臣，是指大學士沈翭。徐大化因此罷官離開，而沈翭及魏忠賢深感遺憾。御史楊維垣與徐大化有牽連，而且一向依附沈翭，于是幫助沈翭詆毀王紀，說王紀彈劾的大臣沒有真名實姓，請求皇帝下令指實。王紀于是直接攻擊沈翭，說：“沈翭與蔡京，生不同時，但性質相同。他勾結魏忠賢，跟蔡京投合童貫相同。哀求董羽宸，跟蔡京懇請陳馞相同。結盟死黨邵輔忠、孫杰，跟蔡京交結吳居厚相同。驅逐顧命大臣劉一火景、周嘉謨，跟排擠呂大防、蘇軾相同。排斥言官江秉謙、熊德陽、侯震..，跟貶職流放安常民、任伯雨相同。至于賄賂勾結宮女太監(jiān)，玩弄職權，由宮中傳旨不讓皇帝知曉，陰謀纂權欺騙朝中大臣，這又跟蔡京欺上瞞下，擾亂國家，雖隔百年仍然是很相符的。”客氏、魏忠賢聽見后很生氣，替沈翭在皇帝面前哭著訴苦。皇帝嫌王紀口羅嗦，嚴加譴責他。

　　當初，李維翰、熊廷弼、王化貞下獄，王紀都處以極刑。又同都御史、大理寺卿呈上熊廷弼、王化貞二人刑事卷宗，稍微顯露二人有可憐的情形，卻說沒有皇帝特別恩準，不是法官所能夠從輕論處的。有千總叫杜茂的，攜帶著登州、萊州巡撫陶郎先的一千金，去召募士兵。錢用完了士兵卻沒有召募到，不敢回京城，返回薊州和尚廟里，被巡邏的人抓獲，供詞牽連到佟卜年。佟卜年，遼陽人，中進士，歷任南皮、河間知縣，調任夔州同知，沒去上任，經(jīng)略熊廷弼舉薦為登、萊監(jiān)軍僉事。巡邏人鞭打他。杜茂說曾經(jīng)在佟卜年河間縣衙做了三個月的客，同他商量策劃叛亂，于是帶著二個仆從去溝通李永芳。行邊尚書張鶴鳴聽說這件事，張鶴鳴原來跟熊廷弼有仇，想借佟卜年這事來加重熊廷弼的罪行。朝廷中人都知道佟卜年是冤枉的，沒有人敢說話。等到鎮(zhèn)撫已將官司了結，交給刑部時，王紀懷疑此案，向曹郎詢問這件事。員外郎顧大章說：“杜茂既然與二仆從來往奔走三千里，又是審訊拷打時致死的，終于無法知道二仆從的姓名，他無辜服罪有什么疑問？佟卜年雖然不是間諜，可終究是佟養(yǎng)真的族人，可把他流放三千里?！蓖跫o奏議聽從了。巡邏官又抓到奸細劉一山獻。魏忠賢懷疑是劉一火景和佟卜年，用劉一山獻來陷害劉一火景。王紀都沒執(zhí)行。沈翭于是彈劾王紀保護熊廷弼，推遲佟卜年等人的官司，是二大罪狀。皇帝責成王紀陳述詳情，于是把他貶斥為平民。讓侍郎楊東明管理刑部的事情，定罪佟卜年流放二千里。官司上報了三次退回了三次。給事中成明樞、張鵬云、沈惟柄，跟佟卜年同年進士，為了發(fā)泄憤怒，摘取其他的事情連累彈劾楊東明。佟卜年被長期拘囚，最后死在獄中，而楊東明也稱病離職。

　　王紀已經(jīng)被貶斥，大學士葉向高、何宗彥、史繼偕上疏挽救他，皇帝都不聽。后來閹黨羅織罪名打擊好人，王紀已經(jīng)死了，得以幸免。崇禎元年(1628)，恢復官階，贈少保、蔭庇一個兒子、謚號“莊毅”。