1937年7月7日，日本法西斯占領(lǐng)周口店，技工趙萬(wàn)年、董仲元、蕭元昌不幸被日寇活活殺死。龍骨山，這個(gè)閃耀古人類圣潔光環(huán)的殿堂，一度任日寇踐踏，發(fā)掘中斷。1941年12月8日，日軍偷襲珍珠港，美國(guó)停泊夏威夷的太平洋艦隊(duì)幾乎覆沒(méi)。收藏北京人化石的北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院，亦岌岌可危。翁文灝與醫(yī)學(xué)院負(fù)責(zé)人胡恒德商定三條保護(hù)方案：一是將化石運(yùn)往“陪都”重慶，二是就地掩埋，三是請(qǐng)美國(guó)暫時(shí)保管。不過(guò)，輾轉(zhuǎn)千里奔重慶，戰(zhàn)火紛飛難萬(wàn)全。就地埋在淪陷區(qū)，也難免發(fā)生意外，覺(jué)得送往美國(guó)可行。魏敦瑞返美后，化石共裝兩個(gè)木箱，先送到協(xié)和醫(yī)學(xué)院總務(wù)長(zhǎng)博文辦公室。王錫熾院長(zhǎng)說(shuō)日軍占領(lǐng)醫(yī)學(xué)院第二天，兩個(gè)箱子被轉(zhuǎn)至F樓4號(hào)保險(xiǎn)室內(nèi)，過(guò)了一夜就不知去向。

據(jù)傳，博文在11月底將兩箱化石送到美駐華使館，扮成軍人行李，擬由美海軍陸戰(zhàn)隊(duì)運(yùn)至紐約自然歷史博物館。12月5日，專列沿京山線駛向秦皇島，擬送往由上海北駛的美定期航輪哈里遜總統(tǒng)號(hào)。因珍珠港事件，專列在秦皇島被日軍堵截。協(xié)和醫(yī)學(xué)院醫(yī)生弗利和在秦皇島接收行李的助理軍醫(yī)戴維斯被日軍捕俘，送往天津軍營(yíng)，兩件“行李”不翼而飛。弗利是運(yùn)轉(zhuǎn)化石最后一人，戰(zhàn)后一直聲稱不知化石下落。

事隔半年，日本東京大學(xué)教授長(zhǎng)谷部言人和助教高井冬二，在英文版《 北平新聞 》上稱保存于協(xié)和醫(yī)學(xué)院的北京人頭蓋骨被劫。似乎說(shuō)，日軍并未在秦皇島竊取頭蓋骨。隨即，追尋格外賣力，命侵華司令部偵探錠者繁晴負(fù)責(zé)。所有參與周口店發(fā)掘人員都受審，竟對(duì)裴文中刑訊逼供。走遍北平、天津，一無(wú)所獲。一年后，絕望的錠者繁晴剖腹自殺。此前，長(zhǎng)谷部言人、高井冬二曾找到裴文中，要看頭蓋骨，裴文中心疑，拒絕。奇怪的是，不久日本人說(shuō)化石在天津找到。魏敦瑞秘書息式白急往，可還未到天津，日本人就讓她回北平了，并將關(guān)押審查的人都放了。如日本人沒(méi)得手，怎能輕易放人？若得手，就是“賊喊捉賊”了。

1945年，日本法西斯無(wú)條件投降。日方提出一份歸還北京人化石及發(fā)掘工具的清單，唯獨(dú)沒(méi)有頭蓋骨。考古學(xué)家周國(guó)興接受中央電視臺(tái)劉芳菲采訪時(shí)說(shuō)，北京人頭蓋骨有可能埋在北京、秦皇島、天津一帶某地，還有可能被日本人擄掠。1992年中日復(fù)交20周年，我們?cè)谌毡敬筅媾e辦“北京猿人”展覽，成立“北京猿人”化石返回委員會(huì)，征集線索，但被日本政府阻撓，認(rèn)為這樣會(huì)演變成第二起“慰安婦”事件。我們說(shuō)你心里如沒(méi)鬼怕什么？北京人化石是全人類的財(cái)富，我們都有責(zé)任、有義務(wù)尋找，讓他回歸故里。