武裝“討伐”不得人心，何應欽便采取釜底抽薪之法，派遣特務分子從抗日同盟軍內部，對鄧文、張人杰、李忠義等部進行分化瓦解。鄧文因勾結何應欽事泄，被部下殺死。何應欽更與日偽軍相串通，仍以大軍圍困抗日同盟軍，又配合特務、漢奸的分化、策反，使同盟軍內部矛盾日益尖銳，有的幾至動武。8月中旬，馮玉祥召集各部將領會議，想以自己的辭職而使何應欽的“討伐”失去借口，以保全抗日實力。但抗日同盟軍大部分不愿離散，他們在吉鴻昌等人的領導下，改名為“抗日討賊軍”，堅持“外抗暴日，內除國賊”的行動綱領，分兵北進灤東，繼續(xù)抗日。

何應欽認為馮玉祥已離職，抗日同盟軍名義已取消，揚言察事已解決。馮玉祥既無發(fā)號施令的名義，便不足為慮。何便毫無顧忌地與日偽勾結，對付共產黨員吉鴻昌等人領導的抗日武裝。從9月26日開始，日軍第八師團第五聯(lián)隊開赴懷柔及牛欄山，與何應欽所部國民黨軍圍攻吉鴻昌、方振武所部抗日武裝。使吉、方部隊在高麗營、昌平一帶慘遭阻擊轟炸。10月5日，何應欽在北平與日本關東軍參謀喜多誠一和第十四旅團參謀遠藤共商“討伐”吉鴻昌、方振武的辦法。結果，日本方面允許何應欽派一師兵力越過“長城之線”，以十天為期“圍剿”吉、方部。何應欽調集商震、關麟征、龐炳勛所部國民黨軍，分別從東、南、西三面合擊，日本飛機又跟蹤追擊，致使吉、方兩部抗日武裝彈盡糧絕、傷亡慘重而失敗。吉鴻昌被迫轉入地下，在平津一帶繼續(xù)進行抗日斗爭。

吉鴻昌在平、津一帶活動，使何應欽深感恐慌。蔣介石派特務頭子戴笠到北平，配合北平軍分會政訓處的特務們一起搜捕吉鴻昌。11月，特務鄭介民與在何應欽手下當政訓處掛名科員的特務盧起勛，勾結帝國主義分子，在天津法租界內的國民飯店將吉鴻昌刺傷后逮捕，并引渡到北平，交由何應欽親自審訊。吉鴻昌在敵人法庭上大義凜然，痛斥蔣介石、何應欽的無恥賣國罪行。何應欽從吉鴻昌身上一無所獲，悍然下令將吉鴻昌槍殺。