據(jù)李仲公說(shuō)“中山艦事件”發(fā)動(dòng)前，“蔣曾由廣州密電征求意見(jiàn)。電文大意是‘廣州有要人（暗指汪精衛(wèi)）聯(lián)合重要方面（暗指中共和俄顧問(wèn)）反對(duì)他，使他處境極苦，他打算下野以避風(fēng)頭。但下野后到哪里去呢？到上海，西山會(huì)議派正在上海開(kāi)會(huì)；到日本，又不愿此時(shí)避居國(guó)外；茫茫大地，幾無(wú)容身之地，午夜徬徨，籌思無(wú)策，我兄其何以教我’等語(yǔ)。何接到這封親譯電后，馬上復(fù)電表示他自己和第一軍堅(jiān)決支持蔣，一切作蔣后盾，必要時(shí)請(qǐng)蔣到汕頭指揮；并指天誓日地請(qǐng)蔣相信他。蔣接電后就決心發(fā)動(dòng)中山艦事件的陰謀?！崩钪俟€說(shuō)，何、蔣之間的電報(bào)，均由何應(yīng)欽之四弟何輯五親譯，事后才透露出來(lái)。

另?yè)?jù)參與制造事變的蔣介石的拜把兄弟陳肇英記述：事變發(fā)生前，“蔣總統(tǒng)一度決定前往汕頭，以謀再起，且已買(mǎi)好赴汕頭的船票，但在驅(qū)車(chē)將要到達(dá)輪船碼頭時(shí)，最后在車(chē)中向隨行記者說(shuō)出自己的決心，仍然返回廣州市內(nèi)?！笨梢?jiàn)，蔣在事變前確與何應(yīng)欽有過(guò)密謀，并得到何的保證與支持，如事有不濟(jì)或采取另外的方式發(fā)動(dòng)時(shí)，蔣便可以到汕頭，利用何應(yīng)欽手中的武力和地盤(pán)，與廣州的國(guó)民政府對(duì)抗。

3月20日蔣介石在廣州采取行動(dòng)的同時(shí)，何應(yīng)欽也在汕頭拘捕了第一軍中的共產(chǎn)黨員，連第一軍黨代表兼政治部主任周恩來(lái)也被軟禁了一天。之后，又將第一軍中的黨代表“統(tǒng)統(tǒng)調(diào)回政治訓(xùn)練部來(lái)再行訓(xùn)練”，強(qiáng)迫第一軍中的中共黨員全部撤出。由于何應(yīng)欽的配合，蔣介石順利地篡奪了第一軍的軍權(quán)。

1926年3月1日，黃埔軍校改為中央軍事政治學(xué)校。國(guó)民黨左派鄧演達(dá)任教育長(zhǎng)。由于鄧反對(duì)“孫文主義學(xué)會(huì)”，與王柏齡等右派分子進(jìn)行了針?shù)h相對(duì)的斗爭(zhēng)，被蔣介石目為親共分子。鄧當(dāng)面斥責(zé)蔣介石制造“中山艦事件”，“疑近于反革命”，被蔣調(diào)離軍校，而教育長(zhǎng)這一重要職務(wù)，就由何應(yīng)欽兼任。由此進(jìn)一步奠定了何應(yīng)欽在黃埔系中一人之下萬(wàn)人之上的地位。

5月15日，國(guó)民黨在廣州召開(kāi)二屆二中全會(huì)。蔣介石又拋出了進(jìn)一步打擊共產(chǎn)黨，奪取國(guó)民黨黨權(quán)的“整理黨務(wù)案”。參加這次會(huì)議的何應(yīng)欽完全站在蔣介石一邊。以陳獨(dú)秀為首的中共領(lǐng)導(dǎo)和國(guó)民黨左派在事前估計(jì)不足和毫無(wú)準(zhǔn)備的情況下，又作了妥協(xié)讓步，提案獲通過(guò)。隨后，擔(dān)任國(guó)民黨中央組織部長(zhǎng)的譚平山、宣傳部長(zhǎng)毛澤東、農(nóng)民部長(zhǎng)林祖涵以及中央執(zhí)行委員會(huì)秘書(shū)長(zhǎng)劉芬等全被撤職。蔣介石當(dāng)上了中央執(zhí)行委員會(huì)主席、中央組織部長(zhǎng)（由陳果夫代）、國(guó)民革命軍總司令。這樣，蔣介石實(shí)現(xiàn)了集黨政軍大權(quán)于一身的陰謀。蔣雖露出了國(guó)民黨新右派的嘴臉，但他還不敢公開(kāi)背叛孫中山的三大政策。何應(yīng)欽也不敢公開(kāi)與共產(chǎn)黨決裂，公開(kāi)反對(duì)革命。因?yàn)楫?dāng)時(shí)蔣介石的勢(shì)力還只存在于廣東一隅，何應(yīng)欽在東江一帶根本無(wú)力控制共產(chǎn)黨領(lǐng)導(dǎo)的工農(nóng)運(yùn)動(dòng)。在國(guó)民黨、國(guó)民革命軍和黃埔軍校中，共產(chǎn)黨和國(guó)民黨左派仍然保存了很大力量。何應(yīng)欽還要幫助蔣介石，利用共產(chǎn)黨和工農(nóng)運(yùn)動(dòng)的力量，把他們的勢(shì)力擴(kuò)展到廣東以外去，不得不盡量掩飾其國(guó)民黨新右派的真面目。

何應(yīng)欽兼任軍校教育長(zhǎng)以后，“時(shí)時(shí)往來(lái)黃埔與東江間”，原因似乎很簡(jiǎn)單，為“軍校內(nèi)部之安定與團(tuán)結(jié)”和“維系員生感情”。6月7日，何應(yīng)欽由汕頭到達(dá)黃埔，到20日才返回防地。在廣州的十多天里，何與蔣介石多次密談，內(nèi)容涉及“軍校有關(guān)事宜與奉上對(duì)下之道”。何、蔣關(guān)系正秘密地在反共道路上加深和發(fā)展。