1948年后，收到北平藝術?？茖W校趙梅伯的邀請，江文也出任該校音樂系教授，校長徐悲鴻很賞識他的才華，他也很推崇徐悲鴻中西合璧的畫風。兩個人都是從學西方藝術技法開始，而又非常重視與民族藝術相結(jié)合，因而志趣相投。江文也還用自己掌握的推拿醫(yī)術為徐悲鴻治療高血壓，徐悲鴻很是感激，贈送了一幅裱好的奔馬圖送給江文也夫婦，親自題寫：“文也兄不但神通韻律，亦熟諳中國推拿醫(yī)術，為我醫(yī)療數(shù)次，體見康復。特作此畫留念。”

后來認識到自己在政治上的幼稚和錯誤，江文也悔恨交加。出獄后，他的創(chuàng)作基本中斷，一度被北平師范大學解職，過著排隊領混合面的生活。他心灰意冷，甚至想改行做醫(yī)生，在獄中結(jié)識的一位信仰天主教的朋友的影響下，他開始去教堂聽圣詠散心?？赡苁菫榱松?、尋求精神寄托亦或是贖罪懺悔，他開始為宗教寫圣頌之類的歌曲，致力將中國的民間音樂和古代音樂編制成風格獨特的圣頌。

1950年全國高等院系調(diào)整，江文也隨北平藝專音樂系并入中央音樂學院作曲系擔任教授，先后在天津、北平授課。如果一切照此發(fā)展，這位名噪一時的音樂家也理應在對音樂的不懈追求中安度晚年了，經(jīng)歷過動蕩的時局后，也應該能度過一段安定而舒暢的歲月，但是天不遂人愿。

“藝術家的良心，不是善，也不是宗教。而是忠實地表現(xiàn)自己的理想?！苯囊彩沁@么想的，也是這么做的。1957年，在臺灣民主自治同盟的“鳴放會”上，他直率地指出：“對華僑的思想改造不能急躁，要讓他們有個適應的過程，不然會起反作用……”“另外，外行不應領導內(nèi)行。”這些今人看來中肯且無可非議的建議，卻使江文也不久后受到批判，“反社會主義”、“對學生輸灌毒素”、“賣國求榮”、“投靠美帝國主義和蔣介石反動派”成了他新的罪名。

在隨后的反右擴大化和“文化大革命”中，他身心皆受打擊。被抄家時，上千冊藏書、幾百份從國外帶回來的樂譜、一千多張唱片等半生心血均被洗劫一空。自此，江文也被剝奪演奏、教學與作品發(fā)表權(quán)近20年，自己所藏多年的書稿悉數(shù)毀失，此間辛苦寒酸有幾人能體味。

政治風波又一次造就了江文也的歷史悲情。