1927年，對于剛剛起步不久的北京音樂教育界來說，是災難深重的一年。時北洋軍閥被奉系軍閥控制，走馬上任的教育總長劉哲，本是一個不學無術而又無知妄作的政客。一朝權在手，便把令來行。他以“音樂有傷風化，無益于社會人心”為辭，下令取消音樂教育，解散北京大學音樂傳習所、北京藝術專門學院音樂系和北京女子大學音樂?？频葯C構。在北京政府的暴力強權下，現代專業(yè)音樂教育之萌芽遭受嚴重摧殘。學生們被迫停課，眼瞅著正規(guī)音樂教育的大門重重關上，內心苦痛。而音樂界人士，畏懼政府的報復，對此敢怒不敢言。作為北京音樂界巨子的楊仲子，置個人安危于度外，挺身而出，他聯合音樂界同仁及各方力量奔走呼號，在大家的努力下，北平國立女子文理學院音樂系得以留存。為了抗擊北洋政府對音樂教育所采取的這種暴戾恣睢的行為，更為了維護自己一手建立起來的近代音樂教育事業(yè)，楊仲子以《質疑》為題，刊文北大“國樂改進社”之《音樂雜志》上，向軍閥政府質詢問難，為中國音樂教育界請命。全文從音樂的國際到國內、歷史到現狀、學術到政治、文化到教育等十四個方面，闡明了在中國施行音樂教育的必要性與迫切性，并敦促當局，對取消音樂教育負有解答之責，必須“將其所有正當之理由，一一公布于世”。文章言辭激烈，正氣浩然，是一篇維護現代中國音樂教育生存權益的戰(zhàn)斗檄文，體現了一個現代專業(yè)音樂教育家所應有的崇高品質與開拓精神。

第二年初夏，張作霖的奉系軍隊被蔣介石國民黨軍隊擊敗，退居關外。這宣告了北洋軍閥政府統(tǒng)治的結束。北平國立各校紛紛張羅復校事宜。北大音樂傳習所及藝專音樂系也恢復了舊觀。北京音樂界決定借這大好時機，合并北京地區(qū)現有的音樂教育機構改設音樂學院。楊仲子、劉天華和趙麗蓮三人被推舉為代表，向國民政府請愿。楊仲子參照世界各國音樂教育之先例，并斟酌國內具體情形，詳盡地擬具了《請并北京大學音樂傳習所、藝術專門學校音樂系、女子大學音樂?？?，改設國立北平音樂學院計劃書》和《擬國立北平音樂學院組織大綱草案》。在《計劃書》和《草案》中，楊仲子除闡述建院理由、設備組織經費、院址等具體項目之外，還明確地提出了“介紹世界音樂及改革國樂，而養(yǎng)成音樂專門人才”的中西兼容的辦學宗旨。學科建設則按?？坪捅究品衷O理論、鋼琴、提琴、聲樂、國樂五系，并設專攻高級音樂的選科與研究科等等。在這些音樂教育諸項方案中，他突出地將改進國樂、設立國樂系作為辦學的重要內容。這些措施體現了他對我國傳統(tǒng)民族音樂文化與西方音樂文化歷史發(fā)展的正確認識，也同時反映了他對我國民族音樂發(fā)展的偉大構想。在此期間，他還婉拒了南京中央大學的電請，留守北平，以實現建立南北兩個音樂學院的愿望。后來音樂學院雖未成立，但歷史已經證明，他對于辦學模式的構想是合乎我國專業(yè)音樂教育發(fā)展規(guī)律和學科建設原則的。