瓦爾堡從少年時代開始收集圖書，1909年把藏書遷移到漢堡海爾維希大街的新住宅。這完全是私人的書齋，其組織編排遵照獨特的個人癖好。在18世紀末和19世紀初年，如何組織一個最好的圖書館，在德國有著激烈的爭論。一派主張按題材的等級次序編目，以便引導讀者從一個知識領域過渡到另一個領域。另一派主張按照書卷的大小和獲得的日期來安排次序。（后者也是中世紀某些圖書館成功使用過的系統(tǒng)。）瓦爾堡對兩派的方法都不滿意，他要求自己的收藏有一種流動性與靈活性，既不受題材拘束，也不受時間先后的限制。薩克斯爾在1943年談到瓦爾堡怎樣回應當時的情勢：在書籍生產(chǎn)大量增加的時代，機械式的編類方法正在迅速代替“學者憑細致閱讀得到的熟悉感覺”，瓦爾堡認識到這種危險，提出“好鄰居規(guī)律”。在很多情況下，某人最熟悉的書并不是他需要的書，而書架上某個不相識的鄰居都包含著極重要的信息，盡管從書名上往往看不出來。“關鍵的想法是所有的書要聚在一起，每一本都包含或多或少的信息，鄰居之間互相補充，這樣，讀者就可以憑這些書名領會人類思想史的巨大力量。瓦爾堡認為書籍不僅是研究問題的工具，集合在一起的書籍還表現(xiàn)人類思想的常態(tài)及其不斷變化的各個方面。”

不光是對書，瓦爾堡對形象也有強烈的記憶，能將各種圖像互相聯(lián)系，織成美麗的錦綢，用片斷短文寫出他的看法。他在研究古代藝術品目錄的時候，常把感興趣的題目寫在卡片上，然后用密密麻麻的文字發(fā)自己的評論，并把這些文字稱為“稠鰻魚糊文體”。他把卡片按照一種復雜多變的系統(tǒng)分裝在小盒子里。了解瓦爾堡的人都說，他有一種“本能在引導他編寫某些感興趣的題目的圖書目錄，還使他不斷重新安排書架上的圖書，以服從他在特定時期的思路。瓦爾堡認為，圖書館首先是一串聯(lián)想的集結(jié)：一個聯(lián)想產(chǎn)生另一個新的聯(lián)想或一段文字，如此發(fā)展下去，最后讓讀者又回到最初的一頁。在他看來，每個圖書館都是連環(huán)狀的。

瓦爾堡書齋的閱覽室為橢圓形，他稱之為“瓦爾堡文化科學圖書室（die kulturwissenschaftliche Bibliothek Warburg）。他把這個圖書室貢獻給希臘記憶女神摩涅莫緒涅（Mnemosyne），即繆斯女神的母親。瓦爾堡認為人類歷史是一種不斷變化的努力，要用語言和形象來表達古老的經(jīng)驗——與其說是個體的經(jīng)驗，還不如說是銘刻在社會記憶中人類整體經(jīng)驗。瓦爾堡和他的同代學者一樣，深受德國神經(jīng)生理學家塞蒙（Richard Semon）理論的影響，這種理論為人類的情緒提出了生理學的解釋。塞蒙認為記憶是區(qū)別生命體與死物的特質(zhì)。任何影響生命體的事件都會留下痕跡，能夠憑記憶來加以模仿，塞蒙稱之為‘記憶印跡’（engram）。瓦爾堡把這種‘記憶印跡’當作每種文化核心內(nèi)活生生的純粹象征。他感興趣的是為什么某個時代（如文藝復興時代，啟蒙時代）會受到這些象征（或其某些方面）的巨大影響，形成了文學藝術的獨特音調(diào)與風格。由于這種記憶的強大力量，瓦爾堡把它描述為“成人的鬼故事”。