北大學(xué)生得知蔡元培辭職的消息后，立即召集代表會議，議決致函傅增湘，要求“萬勿允準辭職”，“以維學(xué)務(wù)而平輿情”。

北大教職員亦召開全體會議，作出“如蔡不留，即一致總辭職”的決議，并推舉李大釗、馬敘倫、馬寅初等8人為代表赴教育部，要求政府挽留蔡先生。

在聲勢浩大、長達數(shù)月的北大師生的挽留中，蔡元培又回了北大。但改革之初的甜蜜和寧靜仿佛不復(fù)再有，改革巔峰的繁華和美景也仿佛不復(fù)再有。

許多年之后，蔡元培在《我在北京大學(xué)的經(jīng)歷》一文中寫道：我對于學(xué)生運動素有一種成見，以為學(xué)生在學(xué)校里面應(yīng)以求學(xué)為第一目的，不應(yīng)有何等政治的組織。年在20歲以上者，對于組織有特殊興趣者，可以個人資格參加政治團體，不必牽涉學(xué)校。

蔡元培認為，學(xué)生在大學(xué)里，研究學(xué)問始終是第一位的，始終不愿學(xué)生涉足政治。正如前文所提，早在1917年1月9日，他在北大發(fā)表首次演說就提到：“大學(xué)是研究高深學(xué)問的地方，學(xué)生進大學(xué)不應(yīng)仍抱科舉時代思想，以大學(xué)為取得官吏資格之機關(guān)。應(yīng)當以研究學(xué)術(shù)為天責，不當以大學(xué)為升官發(fā)財之階梯。必須抱定為求學(xué)而來之正大宗旨，才能步入正軌。”

他本人在北大也不想涉足政治。1917年3月15日，蔡元培擔任北大校長不久，在寫給汪精衛(wèi)的信里說：“弟進京后，受各政團招待時，竟老實揭出不涉政界的決心?！?918年1月14日，他寫信給吳稚暉：“弟雖在京師，然誓不與聞?wù)危两褚殉闪晳T，惟校務(wù)太忙，無暇讀書，亦終日為人役耳?！?925年5月13日，他給胡適回信：“承示北大當確定方針，純從研究學(xué)問方面進行，弟極端贊同。”他說的是肺腑之言，也是他一直想做的，卻因時局的動蕩，始終沒有做到。

1924年12月4日，他給北大畢業(yè)的傅斯年、羅家倫寫信，口口聲聲自稱“弟”，而不是以師長自居，說到北大，他說：“校中同人往往誤以‘天之功’一部分歸諸弟，而視弟之進退為有重要之關(guān)系。在弟個人觀察實并不如此……然弟始終注重在‘研究學(xué)術(shù)’方面之提倡，于其它對外發(fā)展諸端，純?nèi)挥扇舾山虇T與若干學(xué)生隨其個性所趨而自由申張，弟不過不加以阻力，非有所助力也……現(xiàn)在如國學(xué)研究所等，稍稍有‘研究’之雛形者，仍恃有幾許教員、幾許學(xué)生循其個性所趨而自由申張，弟亦非有所助力也?！?/p>

他說自己研究學(xué)術(shù)的興趣隨年而增加，所以也鼓勵學(xué)生研究學(xué)術(shù)。但他從不主張學(xué)生死讀書，而是支持學(xué)生參加各種社團活動。認為通過學(xué)生自治，“由學(xué)生傳之各地方，一定可以提起國民自治的精神”。傅斯年、羅家倫以后分別做過北大、清華的校長， 當年都是學(xué)生社團的積極分子，也是五四游行的發(fā)起者。

提倡學(xué)生參與社團，蔡元培還有一個用意，就是針對腐敗的舊習慣。他在《我在教育界的經(jīng)驗》中自述：提倡進德會（此會為明國元年吳稚暉、李、張溥泉、汪精衛(wèi)諸君發(fā)起，有不賭、不嫖、不娶妾的三條基本戒；又有不作官吏、不作議員、不飲酒、不食肉、不吸煙的五條選認戒），以挽奔競及游蕩的舊習；助成體育會、音樂會、畫法研究會、書法研究會，以供正當?shù)南?；成立消費公社、學(xué)生銀行、校役夜班、平民學(xué)校、平民講演團與《新潮》等雜志，以發(fā)揚學(xué)生自動的精神，養(yǎng)成服務(wù)社會的能力。

據(jù)當年的學(xué)生顧頡剛后來回憶：“北大學(xué)生本來毫無組織，蔡先生來后，就把每班的班長召來，勸他們每一系成立一個學(xué)會……靠了蔡先生的敦促和領(lǐng)導(dǎo)，以及學(xué)校在經(jīng)費上的幫助，許多會居然組織起來了。不但每系有會，而且書法研究會、畫法研究會、音樂會、辯論會、武術(shù)會、靜坐會……校中盡有消遣的地方，打牌聽戲的興致也就減少了許多?！?/p>