回到南京后，陳誠在夫人譚祥陪同下到上海國防醫(yī)學(xué)院住院治療胃玻美國醫(yī)生診斷后，認(rèn)為保守治療很難康復(fù)，必須手術(shù)治療。

3月25日，東北解放軍的冬季攻勢(shì)結(jié)束。此役共殲滅國民黨軍五萬八千余人，切斷了北寧鐵路，攻克了戰(zhàn)略要地四平，以及遼陽、鞍山，迫使?fàn)I口暫58師火線起義。國民黨在東北的軍隊(duì)和政權(quán)岌岌可危。就在國民黨政府四面楚歌的形勢(shì)下，3月29日，“國民大會(huì)”在南京開幕。

身為國大代表的陳誠因?yàn)樵谏虾Ｖ尾?，沒有出席大會(huì)，但成了被攻擊的靶子。代表們的責(zé)難聲不絕于耳：“請(qǐng)政府殺陳誠以謝國人１“諸葛亮揮淚斬馬謖，我們要求蔣主席演這出戲１“不讓陳誠逃往美國１“到上海把陳誠扣留起來解京法辦１……各大報(bào)也以“借人頭，平民憤”為標(biāo)題繪聲繪色地作了報(bào)道。4月21日，“請(qǐng)政府嚴(yán)辦參謀總長案”提交大會(huì)討論，并獲得一致通過。一些代表的指責(zé)，如不該過早裁軍、不該拒絕收編偽軍、東北用兵不當(dāng)?shù)鹊?，頗有“專業(yè)性”。

蔣介石并沒有因?yàn)榇淼穆曈懚鴩?yán)辦陳誠，而是“人性化”地面示陳誠以養(yǎng)病為由提出辭呈，然后予以批準(zhǔn)。5月13日，陳誠辭去了參謀總長、東北行轅主任兼海軍總司令等職務(wù)（分別由顧祝同、衛(wèi)立煌和桂永清接任）。這樣的處理方式給陳誠和蔣介石都留了面子。

聽到與會(huì)代表的責(zé)怪，陳誠也有一肚子的委屈和牢騷。雖在大會(huì)期間未公開申辯，但在4月14日給林蔚的信中，他還是忍不住為自己作了申訴。

關(guān)于“整軍”問題，他申訴道：“此問題之政策與原則，均在弟未到中央以前所決定。弟到中央僅負(fù)執(zhí)行之責(zé)。而當(dāng)時(shí)實(shí)際負(fù)責(zé)執(zhí)行者，尚在陸軍總部。此事就政策言，絕對(duì)正確。就執(zhí)行言，亦并無多大錯(cuò)誤。然今日反對(duì)整軍者，亦即當(dāng)日反對(duì)中央不整軍之人。出爾反爾，所謂偽君子，最難處，其此輩之謂乎？弟尚記得，當(dāng)大家均認(rèn)為整軍絕對(duì)需要，但絕對(duì)困難，而不整軍，則絕對(duì)危險(xiǎn)……再檢討整軍，究竟裁了多少兵？實(shí)際上，只是裁并機(jī)關(guān)與空單位而已。換一句話講，如不裁并機(jī)關(guān)與空單位，如何充實(shí)國軍？同時(shí)國家財(cái)政如此困難，人民生活如此痛苦，能否負(fù)擔(dān)720萬人虛額的糧餉？”

關(guān)于“收編偽軍”問題，他申訴道：“此問題當(dāng)時(shí)確有人建議，但全部收編，事實(shí)上大有問題，以弟所能記憶者：何以對(duì)抗戰(zhàn)之國軍？何以對(duì)被壓迫殘殺之民眾？何以維持國家民族之正氣？以上三項(xiàng)，姑不計(jì)，再就軍費(fèi)一項(xiàng)言，自抗戰(zhàn)結(jié)束后，決定國家總預(yù)算原則，所謂收支平衡，所謂軍費(fèi)不得超過總預(yù)算百分之五十，以連年軍費(fèi)言，非但不能收編偽軍，而且僅有之國軍，亦不能養(yǎng)活，其他可知矣?！?/p>

關(guān)于“國軍之失利”問題，他在回復(fù)林蔚信中申訴道：“此中不能告人之事，實(shí)在太多。僅就山東與東北言，山東軍事失敗，莫過于新泰萊蕪之役，此役之計(jì)劃，究竟誰建議于主席，主席如何決定，弟在徐州，均無所聞。吾人絕不怨天尤人，應(yīng)就事論事，吾人絕不愿與偽君子計(jì)較。再就東北問題言，如要算賬，應(yīng)由雅爾達(dá)三巨頭會(huì)議與政協(xié)會(huì)議算起，而軍事只能算末節(jié)……弟深知是火坑，最后只有跳下去。但當(dāng)時(shí)經(jīng)再三請(qǐng)示主席，非即增加兩個(gè)軍，不能使在東北之國軍，能爭(zhēng)取時(shí)間，稍加整頓。當(dāng)時(shí)主席已應(yīng)允，決抽調(diào)兩個(gè)軍，增援東北。結(jié)果被人阻撓，僅遣將而不派兵……”①

陳誠把怨氣都撒在政敵身上。他對(duì)蔣介石并非沒有一點(diǎn)怨氣，而是敢怒不敢言。因?yàn)樗浪米锏恼啵趬Φ贡娙送频木秤鱿?，只有蔣能夠保他。事實(shí)上，蔣介石后來不僅保了陳誠，還繼續(xù)重用了他。

客觀地說，國民黨在戰(zhàn)場(chǎng)上的失敗，陳誠作為蔣介石的高級(jí)幕僚、參謀總長，難辭其咎，盡管蔣介石常常直接指揮參戰(zhàn)將領(lǐng)。不過，要求陳誠對(duì)一些重大決策全盤負(fù)責(zé)，也有失公允，因?yàn)檫@些決策大多是集體作出，并由蔣批準(zhǔn)的。將戰(zhàn)場(chǎng)失利歸咎于裁軍和拒收偽軍等決策的執(zhí)行，也不完全與事實(shí)相符。