到了1930年，李方桂終于感覺到洛克菲勒基金會這塊牌子在中國辦事的雞毛之輕，便主動辭掉了對方給予的薪水，正式進(jìn)入中研院史語所，在趙元任主持的語言學(xué)組與羅常培等著名學(xué)者共事，算是抓住了一只實實在在且有些響聲的鐵桿令箭。由于趙元任已在漢語言、語音學(xué)方面取得了他人難以企及的輝煌業(yè)績，精明的李方桂便主動放棄這一研究領(lǐng)域，避開趙元任的銳鋒，開始另辟溪徑，把主要精力轉(zhuǎn)到了考察研究傣語、藏語、臺語等“非漢語語言學(xué)”之中。

1937年上海淞滬抗戰(zhàn)爆發(fā)前，李方桂與趙元任先后赴美國耶魯大學(xué)和夏威夷大學(xué)講學(xué)。1939年，李氏回國，此時史語所已遷往昆明，趙元任在昆明小住不久，即再度赴美到耶魯大學(xué)接替了李方桂留下的空缺職位。歸國途中的李方桂則從香港、越南一路輾轉(zhuǎn)來到昆明龍頭村史語所大本營，重新進(jìn)入語言組的行列。因此時的語言組組長趙元任已遠(yuǎn)赴美國，羅常培已轉(zhuǎn)入西南聯(lián)大中文系任教，中研院史語所語言組主任一職出缺，見李方桂歸隊，傅斯年蒙生了讓其代理趙氏職務(wù)的打算。因事出倉促，想不到竟碰了釘子。

可能李方桂因當(dāng)年父親入仕為官和中年隱退的經(jīng)歷，給他幼小心靈留下了不愉快的印像，自他入清華學(xué)校之后，就對參政為官之人產(chǎn)生了厭惡之情，并立志以學(xué)術(shù)研究為自己的畢生事業(yè)。當(dāng)他自美返國后，在抗戰(zhàn)前八年的中研院研究生活中，對傅斯年平時顯現(xiàn)的霸氣與牛哼哼的勁頭越來越看不順眼，更對其整天晃動著笨重的身子，滿頭大汗地跑來跑去，為國民黨政府出謀劃策、指手畫腳的舉動感到不快，甚至從心理深處產(chǎn)生了憎惡之情。如今見傅氏找上門來讓自己出任代理所長的“官”，久積于胸中的塊壘經(jīng)此觸動，如同一根細(xì)小的引線點燃了火藥，槍管中的彈丸受到火力的助推，“唰”地一聲穿堂而出，朝著傅斯年發(fā)射而來。