當(dāng)然，對于政敵復(fù)興社的康澤系，蔣經(jīng)國在信中參了一本，抱怨道：“在表面上，各派小組目前雖已取消，而事實上依然存在。多數(shù)青年如不加入甲派，即須加入乙派，否則在社會上即難立足。事實上革命青年任何一派皆不愿加入。至于過去各小組織中之老干部，多已失去革命意識，生活亦多已腐化，此種組織力量恐一時難以消滅，而革命欲求其成功，則非有組織不可。兒意補救之道，惟有以正大光明之態(tài)度，組織以三民主義革命新干部青年團，本為最理想之青年組織，但目前已逐漸開始變質(zhì)成為少數(shù)人所利用之團體，目前青年團可謂全由組織處所把持，各省團部均布置私人，故不易吸收新干部入團。”

事實上，蔣經(jīng)國指責(zé)組織部腐化，沒有革命意識，亦確系切中時弊之批判，并說：“現(xiàn)時一般希望升官發(fā)財者，多愿入團受訓(xùn)，以獲得中訓(xùn)團資格，作為做官之護身符……以上所陳俱屬實情，兒既知其危，故不敢不稟告大人作為參考。”

1944年10月，為了抵抗日軍進犯中國大后方，蔣介石喊出“十萬青年十萬軍，一寸河山一寸血”，“青年的胸膛就是祖國的國防”的口號，號召熱血青年從軍，包括蔣經(jīng)國、蔣緯國在內(nèi)的國民黨政府政要子弟爭先報名。是年冬，“青年遠(yuǎn)征軍”編練總監(jiān)部成立，蔣介石任羅卓英將軍為“訓(xùn)練總監(jiān)”，彭位仁和黃維將軍為“訓(xùn)練副監(jiān)”，蔣經(jīng)國為編練總監(jiān)部的政治部主任。

青年軍九個師所有的政工人員全由蔣經(jīng)國任命。為了培訓(xùn)政工人員，蔣經(jīng)國在重慶復(fù)興關(guān)成立一個青年軍政治工作干部訓(xùn)練班，并自任班主任。

抗戰(zhàn)勝利后，為了安排這批知識青年的生活問題及工作去處，在蔣介石的指示下，1946年2月成立“青年軍復(fù)員委員會”，由軍政部部長陳誠兼任主任委員，蔣經(jīng)國任副主任委員，4月改名“青年軍復(fù)員管理處”，隸屬軍委會，下分就學(xué)、就業(yè)、聯(lián)絡(luò)、總務(wù)等四個組，陳誠兼任該處處長，蔣經(jīng)國和鄧文儀、彭位仁為副處長。

1946年5月30日，為了配合日后施行憲法，國民黨國防最高委員會決議將國民黨政府軍事委員會及其下屬各部門予以裁撤，并在行政院之下設(shè)置國防部，取代軍事委員會的原有一切職能。1946年6月1日，國防部于南京成立，蔣介石任命桂系大將白崇禧為國防部部長，陳誠為參謀總長。

青年軍復(fù)員管理處因此要撤銷，但這個單位可是蔣經(jīng)國的嫡系機關(guān)，青年軍是太子幫命脈之所系，在蔣經(jīng)國的安排下被賦予新的任務(wù)，在國防部之下成立了三個局。其中，職司情報整合的單位是“監(jiān)察局”，由彭位仁奉命籌建；職司對外宣傳的單位是“新聞局”，由鄧文儀總其成；蔣經(jīng)國則親自負(fù)責(zé)籌建“預(yù)備干部局”。