然而，表面風平浪靜的民國政府卻充滿了暗斗，府、院矛盾表面緩解，馮、段矛盾愈演愈烈，北洋集團各派系之間斗爭不斷，竟到了“國事日益糜爛，事事齷齪”的地步。有人希望徐世昌能夠出面調解馮、段之間的矛盾，徐世昌感到為難：“昔日黃陂與芝泉府院明爭，我尚能調解。但如今華甫與芝泉兩派暗斗，我實無能為力?！秉S陂即黎元洪，華甫即馮國璋，而芝泉則是指段祺瑞。徐世昌言下之意是，馮國璋與段祺瑞兩派的矛盾已經到了不可調和的地步，自己這個“和事元老”也毫無辦法。

馮、段兩派的勢力，都希望把自己的領袖推上大總統(tǒng)之位，各不相讓。就在馮、段勢力爭執(zhí)不下之際，一個主要由段祺瑞皖系軍閥控制的新國會——安福國會產生了。段祺瑞的心腹徐樹錚收買安福國會議員，實際控制國會選舉。1918年8月，安福國會在京召開會議，原定推選段祺瑞為總統(tǒng)、張作霖為副總統(tǒng)，但因遭到馮派的強烈反對而作罷。為了趕馮國璋下臺，安福國會最終想出了折中的辦法——選舉徐世昌為大總統(tǒng)。徐世昌的名望遠在馮國璋之上，這樣一來，馮國璋便不好反駁；而實際上，徐世昌這個大總統(tǒng)只是一個“過渡”，只要馮國璋下臺，段祺瑞當選就變得輕而易舉。

在當時的歷史背景下，徐世昌是當選總統(tǒng)必然的、唯一的選擇。其一，徐世昌的聲望、資質、才華、能力都超過馮、段、黎等人，除了袁世凱，恐怕沒有人能與之匹敵；其二，徐世昌一向奉行“中庸”之道，又是北洋老前輩，他在處理府院之爭時表現出的各不偏袒，能讓馮、段雙方都心服口服；其三，中國一直以來都有“武人治國禍亂天下”的說法，北洋政府時期的事實也證明，在幾個武人的統(tǒng)治下，國家只能越來越亂，這時候，作為一個極有資質的文人，徐世昌必然成為最理想的治國人選；其四，以梁士詒為首的保守勢力和直系“長江三督”等勢力均傾向于選徐世昌為總統(tǒng)。

就這樣，在馮、段矛盾不可調和的背景下，在安福國會的幕后操控下，1918年10月，一心想遠離政治的徐世昌再一次被推上政治舞臺，成為中華民國的又一任大總統(tǒng)。民國時期的總統(tǒng)中，武人出身的占多數，徐世昌以文人身份治國，在任期間極力主和，正因如此，他才被后人稱為“文人總統(tǒng)”、“詩人總統(tǒng)”。

盡管身處民國，徐世昌心中始終擺脫不了“前清遺老”的陰影。在他當選總統(tǒng)之前，還有一段小插曲。

徐世昌的皇權思想很濃。在袁世凱離世后、張勛復辟前，他也曾有過復辟念頭，最直接的表現就是他曾經企圖將自己的女兒嫁給溥儀。徐世昌沒有兒子，只有一個女兒，被他視為掌上明珠。為了給女兒最好的未來，他多次與張勛商議，希望能把女兒嫁給溥儀，這樣一來，自己的女兒就成了“皇后”。后來由于張勛復辟動作太快，他嫁女兒的事也就此泡湯，不過這并沒有妨礙徐在溥儀面前成為“功臣”——溥儀剛剛“登基”，就發(fā)布詔書授徐世昌為“弼德院院長”，而后來徐世昌得以當選大總統(tǒng)，也少不了前清舊勢力梁士詒的支持。從這件事我們可以看到，徐世昌在為人處事上是極其圓滑的，他不會立場鮮明地投靠某一陣營，而是以模糊的立場贏得每個陣營的支持，這個能力使他得以在民國各個勢力之間游刃有余各不得罪。