對于學生，梅貽琦主張進行通才教育。認為學生不應僅有專門知識，更應受到貫穿在整個大學課程中的普通教育，使每個學生對于自然科學、社會科學皆能融會貫通。梅貽琦說：“學問范圍務廣，不宜過狹，這樣才以使吾們對于所謂人生觀得到一種平衡不偏的觀念。對于世界大勢文化變遷，亦有一種相當了解。如此不但使吾們的生活增加意趣，就是在服務方面亦可以加增效率，這是本校對于全部課程的一種主張……”不但如此，梅貽琦更希望學生能夠將做學問和做人貫通起來，修己正身，同時又對社會有益。

梅貽琦的教育思想以孔孟之道為主，又融會了希臘及西方的學術自由與民主法治思想，甚至希臘人崇尚體育的精神，也在清華得到有力的貫徹。當時清華規(guī)定所有學生體育課必須及格，否則不能畢業(yè)。這種重視體魄、期望學生全面發(fā)展的思想，一直延續(xù)到后來的西南聯(lián)大和復校后的清華。

梅貽琦的座右銘之一是“為政不在多言，顧力行何如耳”。葉公超形容他“慢、穩(wěn)、剛”。曾在清華任教的蔣復璁說：“初以為辦公事他不大內行，孰知竟是行政老手?！?/p>

20世紀30年代中期，中國社會動蕩，內憂外患，學生運動也此起彼伏。學校當局面對來自各方的壓力，既要保證正常的教學，又不能一味地打擊學生的熱情，在各種風潮中還要盡力保護學生們的安全，可謂舉步維艱。

1936年2月29日，冀察政委會委員長宋哲元派軍隊進入清華大學，抓捕中共地下黨蔣南翔等人，但他們受命不能使用槍彈，一些學生于是得以打退士兵，推翻了他們的汽車，搶回了被捕的同學，甚至扣押了領隊的團長。當晚，一個師的部隊荷槍實彈并附有大刀隊進入校園，按照擬好的“黑名單”向學校索要學生住處名單以便對號抓人。

白天的事情發(fā)生后，學校領導層人員緊急在梅貽琦家里召開會議，研究對策。參加者葉公超后來回憶說：“幾乎每個人都說了很多話，唯有梅先生自己默然不發(fā)一言。大家都等著他講話，足足有兩三分鐘之久，他老先生還是抽著煙，一句話不說，結巴的馮芝生（馮友蘭）最后就問梅先生說：‘校長你——你你看怎么樣？’梅先生還是不說話。我就忍不住了。我說：‘校長，您是沒有意見不說話？還是在想著而不說話？’梅先生又隔了幾秒答復我：‘我在想，現(xiàn)在我們要阻止他們來是不可能的了，我們現(xiàn)在只可以想想如何減少他們來了之后的騷動?！?/p>

當時學校左右為難，給名單不行，不給名單也不行，最后梅貽琦急中生智，給了官方一份去年的學生名單。按照清華的傳統(tǒng)，學生宿舍每年都要來一次大調整，去年的學生今年早已搬到別的地方去了。結果，軍警們胡亂抓了20人，想抓的卻一個也沒有抓到。

在軍警抓人的過程中，清華教務長潘光旦曾打電話給當局進行交涉，目睹的同學誤以為他是在通知當局抓人，消息傳開，學生們將潘光旦擁到大禮堂前質問圍攻，潘年輕時因傷失去一條腿，需拄雙拐，憤怒的學生們將他的雙拐丟在地上，梅貽琦挺身而出道：“你們要打人，來打我好啦。你們如果認為學校把名單交給外面的人，那是由我負責。”并以極沉痛的口氣告誡同學：“青年人做事要有正確的判斷和考慮，盲從是可悲的。徒憑血氣之勇，是不能擔當大任的。尤其做事要有責任心。你們領頭的人不聽學校的勸告，出了事情可以規(guī)避，我做校長的是不能退避的。人家逼著要學生住宿的名單，我能不給嗎？”停了一下，梅貽琦說：“我只好很抱歉地給他一份去年的名單，我告訴他們可能名字和住處不太準確的。”最后梅貽琦表示：“你們還要逞強稱英雄的話，我很難了。不過今后如果你們能信任學校的措施與領導，我當然負責保釋所有被捕的同學，維持學術上的獨立?！?/p>