與國民黨的遲疑不決態(tài)度形成鮮明對照，袁世凱卻緊鑼密鼓地進行反革命軍事部署。5月上旬，袁世凱下令“除暴安良”，公開向國民黨挑戰(zhàn)，準備拉開戰(zhàn)幕。旋又“傳語國民黨人”，辱罵孫中山、黃興等“除搗亂外無本領(lǐng)”，宣稱：不能“聽人搗亂”——“彼等若敢另行組織政府，我即舉兵討伐之。”白蕉：《袁世凱與中華民國》，第49~50頁，上海人文月刊社1936年版。6月，袁世凱以國民黨人李烈鈞、胡漢民和柏文蔚反對借款、違抗中央為借口，先后免除了三人分別擔任的贛、粵、皖都督的職務(wù)，公然向國民黨發(fā)動進攻。然而，甚至在袁世凱舉起屠刀的緊要關(guān)頭，國民黨仍然沒有作出及時的、必要的反應(yīng)，依舊意見紛紜。黃興、胡漢民等繼續(xù)期待“法律解決”。汪精衛(wèi)則希冀同親袁的進步黨聯(lián)合實行“法律倒袁”。不少國民黨籍的議員熱衷議會斗爭。正如孫中山所痛心指出：“靜山觀望于八閩，組安反復于三湘，介人復盤踞兩浙。”等而下之，閻錫山、陸榮廷更與袁世凱相勾結(jié)。孫中山處于相當孤立和十分困難的境地，雖然他從未松懈片刻。為了促使廣東這個革命黨人經(jīng)營多年的基地投入反袁斗爭，孫中山不得不親赴港澳，在軍艦上與陳炯明會談，促使他同意“四省獨立，廣東同時宣布”張醁村：《辛亥革命前后同盟會領(lǐng)導人物的政治分歧及其分裂》，見《廣東辛亥革命史料》，第365頁；《民生日報》1913年6月26日。。直到7月12日，李烈鈞才在袁軍兩路進逼下于湖口獨立，組織討袁軍攻擊李純部，“二次革命”由此爆發(fā)。孫中山在上海發(fā)布通電，譴責袁世凱的“違法”行徑，表示“東南人民迫不得已，以武力濟法律之窮”《總理全集》下冊，《文電》，第63~64頁。。至此，有關(guān)省市陸續(xù)響應(yīng)。黃興親自在南京發(fā)難，自任江蘇討袁軍總司令。上海宣布獨立，陳其美指揮的討袁軍圍攻制造局。柏文蔚在安徽宣布獨立，組織起討袁的武裝力量。廣東、福建、湖南三省，也相繼宣布獨立。8月上旬，重慶宣布獨立。繼之而起的則是何海鳴兩次在南京宣布獨立。反袁武裝起義的發(fā)難過程比較倉促，自始至終不過一個月。但是，獨立的地區(qū)偏于東南一隅，加以各省內(nèi)部情況復雜，普遍缺乏戰(zhàn)斗力和堅持性。斗爭未能形成巨大聲勢，當然難以取得重大戰(zhàn)果。在袁世凱軍事、政治的壓力下，只有熊克武領(lǐng)導的重慶獨立持續(xù)到9月12日。這個日期，也就成為“二次革命”的終點。

在此之前，孫中山有鑒于形勢的惡化，加以朱執(zhí)信、胡漢民多次促請返粵，乃于8月上旬離開上海。船過福州馬尾時，得悉“廣東事已不可為”，于是經(jīng)臺灣赴日，中旬抵達東京。民國的締造者竟為竊國大盜所通緝，再度流亡異域。

“二次革命”具有不容忽視的政治意義，它顯然是辛亥革命的繼續(xù)。希冀“以和平收革命之功”，畢竟只能是無法實現(xiàn)的良好愿望。南京臨時政府預擬的北伐計劃和方案，實際上由“二次革命”來承擔。這場針鋒相對的“武裝革命”，徹底暴露了袁世凱的兩面派嘴臉——“服膺共和”是假，稱帝竊國是真。促使革命黨人與廣大群眾清醒和覺悟起來，并以鮮血和生命換得的深刻教訓昭示孫中山和他的戰(zhàn)友，迫使他們思索和奮進，激勵他們展開新的斗爭。當然，短促的“二次革命”沒有完成反袁的任務(wù)，也未能捍衛(wèi)誕生不足兩周年的共和制度，而以悲劇告終。但這種結(jié)局是可以理解的。“二次革命”力圖實行南京臨時政府的北伐決策，卻已錯過時機。斗爭高潮業(yè)已消退，辛亥革命趨于尾聲。強弩之末，事難可為。正如孫中山后來所總結(jié)的：“所以失敗者，非袁氏兵力之強，實同黨人心之渙散。”鄒魯：《中國國民黨史稿》第3篇，第1048~1049頁。