1954年4月市委高校黨委組織各校非黨教授座談“高饒問題”，對(duì)會(huì)議評(píng)價(jià)為“一般教授發(fā)言慎重，不敢暴露，有不少混亂思想”。北大哲學(xué)系主任鄭昕說：“過去是戰(zhàn)爭(zhēng)環(huán)境，很多負(fù)責(zé)同志沒學(xué)到多少馬列主義。”北大教授周炳琳問：“既然早知道高、饒有錯(cuò)誤，為什么還要重用他們？”馬寅初沒有這么大膽，他只是跟在金岳霖發(fā)言后面補(bǔ)充幾句，金說：“高的問題很嚴(yán)重，饒的問題沒聽出什么事?！瘪R寅初馬上跟著說道：“饒的罪惡輕，能認(rèn)識(shí)錯(cuò)誤，所以還稱他為‘同志’?！保ㄒ娛懈咝｜h委《各校非黨教授對(duì)高饒問題的反映》）他明白，在小枝節(jié)上繞著說，一般不會(huì)犯大錯(cuò)誤。

馬寅初所處的政治環(huán)境開始變得愈加惡劣，思想斗爭(zhēng)火藥味逐漸濃郁。1954年5月23日北大召開第一次黨代會(huì)，與會(huì)者對(duì)上一屆學(xué)校黨委提出嚴(yán)肅的批評(píng)，措辭嚴(yán)厲，與會(huì)者集中談到這幾點(diǎn)：“資產(chǎn)階級(jí)思想在黨內(nèi)外大量存在，未受到有力的批判”、“我們階級(jí)覺悟不高，對(duì)階級(jí)斗爭(zhēng)的規(guī)律缺乏深刻的體會(huì)，因而對(duì)于在各樣教學(xué)工作中和日常學(xué)習(xí)生活中所反映的許多資產(chǎn)階級(jí)思想則缺乏分析，降低了應(yīng)有的政治警惕性，也就很少提出對(duì)策?！秉h代會(huì)通過的總結(jié)報(bào)告中明確表示：“（北大）長(zhǎng)期安于被資產(chǎn)階級(jí)思想緊緊包圍的環(huán)境中，敵情觀念與政治嗅覺很不敏銳?！贝撕?，馬寅初所受的冷對(duì)待與此政治行情的看漲緊密相關(guān)。

1956年繃緊的斗爭(zhēng)之弦稍有松懈，馬寅初一有機(jī)會(huì)還會(huì)為北大利益呼吁、爭(zhēng)取。市委召開高等學(xué)校院長(zhǎng)座談會(huì)，馬寅初在會(huì)上言辭激烈，嚴(yán)厲批評(píng)中國(guó)科學(xué)院到高校挖人的舉動(dòng)，認(rèn)為科學(xué)院“獨(dú)善其身”，只讓自己發(fā)展，不管高等學(xué)校的死活。他說：“過去吳有訓(xùn)為科學(xué)院拉人，就把浙江大學(xué)這所綜合大學(xué)拆垮了?，F(xiàn)在又不斷到北大來拔尖，甚至一般教師也要拉。北大與科學(xué)院的關(guān)系不是雙方批評(píng)一下就能解決的問題了，需要中央來處理，才能公平解決?！备叩葘W(xué)校與中國(guó)科學(xué)院的關(guān)系向來很緊張，一直是困擾各高校的難題，只有馬寅初獨(dú)挑這個(gè)話題，全場(chǎng)也只有向達(dá)一人幫他說話：“這樣下去高等學(xué)校只有關(guān)門，或者什么人都不讓出來，或者歇業(yè)?！?/p>

馬寅初還大膽地提出一個(gè)教學(xué)問題：“學(xué)生政治課用的是蘇聯(lián)的本子，講的是蘇聯(lián)的事，不結(jié)合中國(guó)的實(shí)際，不能真正提高學(xué)生的思想覺悟。匈牙利事件反映出學(xué)生思想很多基本問題都不清楚。”（見1956年《市委召開的高等學(xué)校院長(zhǎng)座談會(huì)上提出的意見》）這是一個(gè)真實(shí)存在的教學(xué)問題，可以看出馬寅初的敏銳和直率，但在場(chǎng)的中共領(lǐng)導(dǎo)人士礙于國(guó)際形勢(shì)對(duì)此沒有做出明確反應(yīng)。相反，老資格的人民大學(xué)黨委書記、副校長(zhǎng)胡錫奎卻接著馬寅初的話題說：“今后可以考慮在政治理論教學(xué)計(jì)劃中規(guī)定每年作一兩次思想總結(jié)或鑒定，講課中也要注重聯(lián)系學(xué)生思想?！秉h員校長(zhǎng)更看重的是給學(xué)生做思想鑒定，從這個(gè)細(xì)節(jié)也看出非黨校長(zhǎng)與黨員校長(zhǎng)的治校異同之處。