但是，專利體系也有不利的方面。由專利所保護(hù)的壟斷造成產(chǎn)品的定價(jià)過高，它可以給創(chuàng)新者帶來巨大的利益，卻損害了消費(fèi)者的利益?？梢哉f，專利成功地促進(jìn)了發(fā)明創(chuàng)造，卻阻礙了它們的應(yīng)用。

專利所導(dǎo)致的定價(jià)過高在任何創(chuàng)新性的產(chǎn)業(yè)中都會發(fā)生，但是由于需求方面的特性，在制藥行業(yè)這個(gè)問題顯得尤其突出。通常，藥品的購買數(shù)量對于價(jià)格的反應(yīng)相對不敏感。其原因可能是病人的迫切需要，或者用藥的決定并不是由服用者而是由醫(yī)生做出的，或者購買的費(fèi)用往往不是由患者本人支付，而是由醫(yī)療保險(xiǎn)公司或者政府的健康計(jì)劃負(fù)責(zé)的。一項(xiàng)針對抗?jié)兯幍拿绹袌龅难芯勘砻鳎?家制造商在該藥品領(lǐng)域相互競爭，如果藥品價(jià)格上漲10%，估計(jì)需求量只會下降7%。這就意味著（稍微做一下算術(shù)就能知道）價(jià)格的上漲可以帶來總銷售收入的增加，并且暗示著如果像其他許多藥品市場那樣，只有唯一的一個(gè)供應(yīng)商，那么價(jià)格將會被定得更高。經(jīng)濟(jì)學(xué)教科書告訴我們，當(dāng)需求缺乏彈性的時(shí)候，追求利潤最大化的壟斷廠商將把價(jià)格定得遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于其成本。在買方對價(jià)格不敏感的地方，按照市場行情來要價(jià)就意味著定價(jià)會變得非常高。這樣，專利制度在發(fā)揮重大作用的同時(shí)，也帶來了實(shí)實(shí)在在的代價(jià)。

既然知識產(chǎn)權(quán)法是依靠國家來制定和實(shí)施的，既然它代表了創(chuàng)新者的利益與使用者的利益之間的不輕松的妥協(xié)，那么，醫(yī)藥市場的規(guī)則就不會是一成不變的。

某些發(fā)展中國家已經(jīng)制定了它們自己的知識產(chǎn)權(quán)法規(guī)，開始單方面地重新設(shè)計(jì)醫(yī)藥市場。

例如，印度政府就決定不給食品和藥品頒發(fā)產(chǎn)品專利，使制造商可以仿造美國或歐洲公司的專利產(chǎn)品。由于只需要收回制造成本，而不需要支付任何研究費(fèi)用，也沒有專利的保護(hù)，它們可以把價(jià)格定得很低。與發(fā)達(dá)國家有專利支持的壟斷局面不同，在2000年的時(shí)候，印度的醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)里大約有2萬家公司，產(chǎn)生了非常具有競爭性的價(jià)格。氟康唑是一種抗真菌感染的藥物，它的價(jià)格顯示了壟斷和競爭的區(qū)別。在印度，該產(chǎn)品沒有專利權(quán)，并且有許多家制造商都在賣這種藥，彼此競爭。然而在美國，由于有專利的支持，市場被唯一的供應(yīng)商所占據(jù)。在印度市場上，每片藥的價(jià)格只有25美分，而美國市場上的定價(jià)則是10美元。

在巴西，抗反轉(zhuǎn)錄病毒藥物的制造商也不需要顧及專利的問題，這使得許許多多付不起專利藥品價(jià)格的艾滋病患者有機(jī)會接受治療。1997年，巴西政府開始鼓勵(lì)國內(nèi)的制藥公司復(fù)制抗艾滋病的專利藥品。政府買下這些仿制藥，并且免費(fèi)發(fā)放給病人?？狗崔D(zhuǎn)錄病毒藥物的復(fù)合療法的價(jià)格只有美國市場價(jià)格的1/4，其中一種藥品的價(jià)格僅為美國售價(jià)的十六分之一。這樣的政策使巴西的艾滋病死亡人數(shù)急劇下降，取得了發(fā)展中國家里罕見的成功。巴西前總統(tǒng)費(fèi)爾南多·恩里克·卡多佐說：“這是一個(gè)政治和道德的問題，面對這樣艱難的處境，我們必須采用現(xiàn)實(shí)的態(tài)度，不能只依靠市場來解決?！?/p>