1913年8月10日，由于邵飄萍等人的言論，浙江都督朱瑞以“二次革命”嫌疑罪逮捕邵飄萍，封閉《漢民日報》館。獲釋后，邵飄萍仍毫不畏懼，身騎大白馬，回鄉(xiāng)看望父老鄉(xiāng)親。之后，他于1914年臘月東渡日本，就讀于浪人寺尾亨為中國人辦的政治學校。在日本期間，邵飄萍登門拜訪孫中山先生，并結(jié)識了一些革命黨要人（如黃克強、陳友人、陳英士、黃庸白等）和一些新聞界的摯友（如張季鸞、胡霖、潘公弼、楊虎公、徐佛等）。學習期間，他和潘公弼等三個同學創(chuàng)立《東京通訊社》，為京、津、滬、漢等城市著名報紙寫東京通訊，重點報道留日學生和愛國華僑在日本開展反袁活動的情況，同時揭露日本政府的侵華野心。

1914年8月21日，《朝日新聞》發(fā)《中國新議定書》六條，說中國已經(jīng)同意作為日本的被保護國，第三國不得侵害中國。否則，日本將采取“臨機必要之處置”。這樣一來，中國就被日本控制了，日軍要入侵中國是輕而易舉的事情。對中國而言，危機就在眼前，邵飄萍立即將日本媒體報道的消息電發(fā)國內(nèi)，提醒國人奮起反抗。時局果然不出所料，不久，日本就趁德國無暇東顧，對德宣戰(zhàn)，聲稱替中國收回被德國占領(lǐng)的國土，派大批軍隊在山東半島龍口登陸，強占青島和膠濟路全線。

1915年1月18日，日本駐華公使向袁世凱提出喪權(quán)辱國的“二十一條”，作為支持袁世凱稱帝的交換條件。袁世凱為了達到稱帝的野心，居然準備承認。這個骯臟的交易雖然在極端秘密地進行，但是，還是被嗅覺靈敏的外國媒體獲悉，并公開發(fā)表。邵飄萍最早向國內(nèi)及時提供報道，予以揭露。李大釗也為“留日學生總會”撰寫《警告全國父老書》，呼吁全國民眾團結(jié)抗日，挽救瀕于危亡中的祖國。兩人為反對喪權(quán)辱國的“二十一條”一揭一呼?！岸粭l”被披露后，海內(nèi)外華人同聲聲討袁世凱。邵飄萍繼續(xù)組織留日學生利用報紙、雜志、集會等方式抗議袁世凱接受“二十一條”。1915年5月9日，袁世凱不顧全國人民的反對，悍然接受“二十一條”，全國掀起了反對“二十一條”，打倒袁世凱的強烈呼聲。當年12月，袁世凱登基稱帝，上海新聞界電邀邵飄萍回國，加入倒袁斗爭。他回國后，擔任《申報》、《時報》主筆，僅1916年的前五個月，他便以“阿平”署名，在《時事新報》上發(fā)表了36篇社論、134篇時評，對袁世凱進行猛烈的抨擊。