因此李宗仁與多名非蔣介石高度信賴的黨政要員，根本搞不清楚蔣介石的動向與落腳處。倒是蔣介石借著在西子灣行館停留的空當(dāng)，著手草擬防守及治理臺灣的計劃。因此蔣經(jīng)國在日記中記載，蔣介石此時已認(rèn)為，“此后應(yīng)以臺灣防務(wù)為中心”。換言之，他已確定要把臺灣當(dāng)作“反共復(fù)興基地”了。

6 月2 日，剛好是端午節(jié)，蔣介石與蔣經(jīng)國父子雖然同聚高雄，但已無過節(jié)的雅致，反倒是蔣經(jīng)國曾自述，在這番風(fēng)雨里，想起了愛國詩人屈原投江的故事，足見當(dāng)時情勢之緊張。

至于蔣介石，一方面加緊研究整軍、防務(wù)，并手?jǐn)M八項應(yīng)在臺采取的重要政策方針，由臺灣省主席陳誠盡速辦理；包括臺幣改革、軍隊人事、施政方針與經(jīng)濟(jì)政策、預(yù)算與兵額、成立三軍將校團(tuán)、軍隊生活改良、軍紀(jì)整頓、軍民合作。同時計劃召開臺灣軍事會議，目標(biāo)是集中管理軍中財務(wù)調(diào)度，解決兵額編組與防務(wù)等問題。

此時蔣經(jīng)國也向蔣介石提議，需緊抓特務(wù)機(jī)構(gòu)，防杜干部叛變與動亂，因此蔣介石與蔣經(jīng)國在高雄特地召集唐縱、毛人鳳等人，成立了政治行動委員會，即臺灣日后的“總統(tǒng)府機(jī)要室資料組”與“國家安全局”的前身，統(tǒng)籌陸續(xù)抵臺的各情報與治安機(jī)關(guān)，由蔣經(jīng)國全權(quán)負(fù)責(zé)，為蔣經(jīng)國接下來負(fù)責(zé)“監(jiān)督籌劃情報業(yè)務(wù)，對大陸游擊活動的派遣和指揮”，以及為安定臺灣情勢而執(zhí)行的全面肅清政治動作做準(zhǔn)備【5】。

在西子灣，蔣介石也接見了剛接替何應(yīng)欽出任行政院長的閻錫山【6】，除了交付閻錫山關(guān)于當(dāng)前國民黨政府應(yīng)執(zhí)行之七項政策，與未來新閣國防、外交等重要人事等指示，蔣介石再度堅決反對白崇禧出任國防部長，由于擔(dān)心李宗仁把駐美大使顧維鈞換掉，從而掌控整個外交體系，他并指示閻錫山關(guān)于英、美等重要國家使節(jié)不宜輕易更動。此外，蔣介石也約了俞鴻鈞一同共商閻錫山內(nèi)閣的財政與經(jīng)費(fèi)問題。

根據(jù)蔣介石指示的戰(zhàn)略布局，他要求“國府”軍事應(yīng)采東西兩方面作戰(zhàn)，東面以舟山、臺灣、瓊州、長山各島為根據(jù)地，向沿海各省發(fā)展；西面以甘肅、青海、四川、西康、西藏為基地，向中原發(fā)展。金融財政方面由臺灣接濟(jì)東南各省。此時蔣介石也指示空軍，實施舟山群島定海機(jī)場轟炸上海龍華機(jī)場，并由海軍布雷封鎖吳淞港等動作。

但情勢如此，蔣介石根本難挽大局，不但陳誠對他下野后以“總裁”身份越級指揮抱怨連連，多次在雷震或部屬面前指責(zé)蔣介石凡事插手的作風(fēng)，更因抱怨各項整軍備戰(zhàn)計劃欠缺準(zhǔn)備，讓他人力物力籌調(diào)困難而一度請辭。連蔣經(jīng)國都稱，“贛南及福州的軍事情況，已日漸緊張…… 我軍之頹勢已難挽回……”，讓他感到“連夜多夢，睡眠不安”。