為適應(yīng)某些特殊的需要，清廷也設(shè)立了一些新的政府部門，如在1638年建立理藩院來管轄有關(guān)西藏、蒙古和西域（新疆）的事務(wù)；1729年設(shè)立軍機(jī)處，使決策過程集中化；1861年更設(shè)立總理衙門來掌管與西方列強(qiáng)的外交關(guān)系。為鎮(zhèn)壓叛亂并擴(kuò)展疆土，清廷向遙遠(yuǎn)的邊疆發(fā)動了多次軍事征討，形成了中國歷史上疆域第二大的王朝。在19世紀(jì)中葉以后，有許多洋人受聘擔(dān)任政府官職，從而使?jié)M—漢二元體制擴(kuò)展為一種“滿—漢—夷”的混合體制（synarchy）。所有這些以及其他許多政策措施，都旨在確保大清江山的長治久安，它們強(qiáng)烈地影響并引導(dǎo)1644—1911年間這個(gè)國家政治生活的主流。在滿清王朝覆滅后，民國政府最關(guān)注的是對內(nèi)統(tǒng)一國家、對外廢除不平等條約。到了1949年以后的共產(chǎn)黨執(zhí)政時(shí)期，我們則看到了一種實(shí)現(xiàn)社會主義改造，迅速實(shí)行工業(yè)化和爭取大國地位的強(qiáng)烈動力。政府的這些重要政策，在引導(dǎo)國家和人民的命運(yùn)方面，顯然發(fā)揮了主要的作用，因而應(yīng)當(dāng)受到歷史學(xué)家們的持續(xù)關(guān)注。

然而我們決不能忽視那些更難以把握的歷史潛流，它們也是一種決定中國形態(tài)的動力。確實(shí)，在清朝這樣一種不允許有任何合法反對派政治團(tuán)體存在的專制制度中，秘密活動不時(shí)地對歷史的發(fā)展起著非常重要的作用。盡管有許多漢人加入了滿清政府或默認(rèn)了清廷的統(tǒng)治，但有很多人卻仍然保持著沉默的抵制。清廷乃是一個(gè)異族王朝的鐵定事實(shí)，持續(xù)地激發(fā)了漢人以秘密會社活動、民族或種族起義，以及革命等方式進(jìn)行反抗。最初，反清情緒伴隨著一種恢復(fù)前明王朝的渴望——如各南明小朝廷的抗清運(yùn)動、鄭成功及其子在臺灣的抵抗和三藩之亂都表明了這一點(diǎn)。當(dāng)這些運(yùn)動相繼失敗后，“反清復(fù)明”的思想暗暗地在諸如天地會和白蓮教等秘密會社中間得到流傳滋長，并伺機(jī)而動。當(dāng)乾隆朝（1736—1795年）末期中央政府的警惕松懈之際，1796年便爆發(fā)了白蓮教起義，并持續(xù)到1804年，這絕非偶然的巧合。

在白蓮教起義平息后，民族或種族反抗再次歸于沉寂，一直到1850—1864年太平天國時(shí)期才又一次復(fù)興。不過太平軍只保存了上述口號中的“反清”部分，卻拋棄了恢復(fù)明朝的思想，因?yàn)樗麄円獎?chuàng)建一個(gè)屬于自己的王國。1864年太平軍失敗后，民族或種族革命再度轉(zhuǎn)為秘密會社的活動，并激發(fā)了孫中山等一批后來革命家的斗志。到孫中山一輩投身革命之時(shí)，革命抱負(fù)已大大擴(kuò)展，包括了反對外國帝國主義的復(fù)仇意識。隨著1912年滿清王朝的垮臺，原初的“反清”目標(biāo)已達(dá)到了，于是民族主義革命轉(zhuǎn)向了反對外國帝國主義。歐洲殖民列強(qiáng)在20世紀(jì)頭20年成為中國革命的主要對象；30年代和40年代前半期的主要對象是日本；50年代后期起則是蘇聯(lián)。

由此看到，在整個(gè)近代中國三百多年的時(shí)期內(nèi)，反對外來因素的民族或種族抗?fàn)?，?gòu)成了一個(gè)清晰的歷史主題，它時(shí)而浮現(xiàn)到表面，時(shí)而轉(zhuǎn)入地下。這種動力經(jīng)久持續(xù)，一位著名的史學(xué)家?guī)c(diǎn)夸張地評價(jià)說，近代中國的歷史可被視為一部民族主義革命的歷史。