陳炯明排除異己的舉動(dòng)引起了其他民軍的激烈反抗，他們組織“扶正同盟會(huì)”，并以“二次革命”為號(hào)召，公然與廣東革命政府對(duì)立。在“循軍”與其他舊軍官的支持下，陳炯明施展鐵腕手段，最終迫使王和順、楊萬夫、關(guān)仁甫等部解散，其他民軍亦遣去十之八九。之后，陳炯明又建立廣東全省總綏靖處以穩(wěn)定各地局勢(shì)，在大舉清鄉(xiāng)的過程中，其鎮(zhèn)壓手段堪稱殘暴，如年輕的革命黨人朱執(zhí)信在負(fù)責(zé)廣陽綏靖處時(shí)，小小犯法即被處決，可謂草菅人命、殺人如麻，根本無法律可言。

陳炯明在軍界并無基礎(chǔ)，因而在整編軍隊(duì)時(shí)心存私念，他在保留“循軍”的同時(shí)又大量留用舊軍[21]，由此埋下了后來“二次革命”失敗的病因。其中最為突出的例子是，姚雨平曾率一支由廣東新軍為主力的北伐隊(duì)赴南京增援，這支部隊(duì)有完整的炮兵、機(jī)槍、輜重、工程營(yíng)，軍中也不乏像李濟(jì)深、陳銘樞這樣的優(yōu)秀軍官，但南京臨時(shí)政府解散后，廣東北伐軍前腳剛回到廣州，后腳即被陳炯明下令就地繳械，并飭所有人員各返原鄉(xiāng)，不得在廣州逗留。陳炯明的做法，無疑是一種自毀長(zhǎng)城的短視與自私之舉。

相比而言，率浙軍出征并在攻克南京中立下大功的朱瑞就幸運(yùn)多了。浙江革命后，其省也是三易其督，先是文人湯壽潛，繼為新軍將領(lǐng)蔣尊簋，朱瑞得勝歸來后，勢(shì)力很大，最終迫使蔣尊簋辭位而去，朱隊(duì)長(zhǎng)搖身一變成了朱都督。朱瑞當(dāng)權(quán)后，大力提拔重用原江南陸師學(xué)堂的師兄弟們，在整個(gè)袁世凱時(shí)期，其勢(shì)力可算穩(wěn)固。

因出師北伐而當(dāng)上一省之督的還有云南新軍的年輕將領(lǐng)唐繼堯，不過他不是回云南而是在貴州當(dāng)上了都督。云南起義時(shí)，時(shí)任營(yíng)管帶的唐繼堯既是革命積極分子，也是后任云南都督的蔡鍔之學(xué)弟（均為留日士官生）。辛亥革命期間，云南共派出兩支援軍，一路援川，一路援鄂，后者即由唐繼堯帶隊(duì)，其計(jì)劃是借道貴州奔赴前線。后因和議已成，而貴州局勢(shì)動(dòng)蕩，有機(jī)可乘，于是唐繼堯反客為主，于3月3日發(fā)動(dòng)突然襲擊并一舉攻占貴陽，成為貴州的實(shí)際主人。

唐繼堯建立政權(quán)后，立刻對(duì)原貴州的軍隊(duì)斬盡殺絕。最初黔軍第一標(biāo)由葉占標(biāo)率領(lǐng)援川，滇軍入黔后，代理都督趙德全命其回師，但在其返回貴陽時(shí)，貴州已是唐繼堯的天下。當(dāng)晚，滇軍即將葉占標(biāo)部包圍，葉率部突圍時(shí)被打死，其余部七八百人，無論官長(zhǎng)士兵，均在解除武裝后押至貴陽城外的螺螄山下被機(jī)槍射殺。