這種分子特異性在染料和細胞的反應中表現(xiàn)得如此生動，讓埃爾利希魂牽夢繞。1882年，在羅伯特·科赫（Robert Koch）的協(xié)助下，他又發(fā)現(xiàn)了另一奇異的化學染色斑點，這一次是分枝桿菌（mycobacteria），科赫曾發(fā)現(xiàn)它是肺結核的病因。幾年后，埃爾利希發(fā)現(xiàn)，某些毒素注入動物體內后，能夠產生“抗毒素”（后被稱為“抗體”），它以超常的特異性結合毒素并使其失活。他從馬的血液中提純了抗白喉毒素的特效血清，然后轉往斯坦格利茲（Steglitz）的血清研究檢測院，在加侖桶中制備這種血清。后來他移居法蘭克福建立了自己的實驗室。

但是埃爾利希越是廣泛探索生物領域，就越是繞回到自己原來的觀點。生物世界里充滿了這樣的分子——它們能夠挑選出自己的伙伴，就像設計精巧的鎖能匹配一把鑰匙。毒素緊緊黏附著抗毒素，只顯示出細胞特定部分的染色，能在一群混合的微生物中準確地挑出其中某類化學染色。埃爾利希推斷，如果生物學是一場精心安排的拼圖游戲，那么如果有某種化學物質可以區(qū)分細菌細胞和動物細胞，并且能夠殺滅前者而不觸及宿主，豈不更好？

一天深夜，埃爾利希參加完會議，在從柏林返回法蘭克福狹窄的夜車車廂中，興致勃勃地向另外兩位科學家同行描述他的想法：“我突然想到……應當能夠找到一種人工合成的物質，它可以針對某些疾病產生真正的、特異的療效，而不僅僅是緩和病征……這種有療效的物質，必須能直接消滅引起疾病的微生物；它不是通過‘遠距離作用’，完全是在該化合物與寄生物緊密結合的情況下才發(fā)揮作用。這些寄生物只有在與化合物有特別關系、有特異親和性時，才會被殺滅?！?/p>

當時，與埃爾利希同一車廂的學者已經(jīng)打起盹來。但是，他在這節(jié)車廂中的激昂陳辭卻以其純粹、根本的形式道出了醫(yī)學界最重要的思想之一。“化學療法”——使用特定化學物質治療疾病的這一觀念，在這個午夜時分誕生了。埃爾利希開始在他熟悉的地方尋找“有療效的化學物質”：染色工業(yè)的化學品，如未被發(fā)掘的寶庫一般，在他早期生物學試驗中發(fā)揮了關鍵性的作用。他的實驗室就在法蘭克福繁榮的染料工業(yè)區(qū)周邊，靠近法蘭克福阿尼林法本工廠（Frankfurter Anilinfarben-Fabrik）和利奧波德·卡塞拉公司（Leopold Cassella Company）。他只需走一小段路穿過山谷，便能輕易獲取化學品及其衍生物。于是，埃爾利希有了數(shù)千種化合物可供使用，開始著手進行一系列實驗，測試它們在動物身上的生物學效應。

他開始獵尋抗菌的化學物質，部分原因是他已經(jīng)知道化學染料會明確地結合細菌細胞。他用能引起可怕的昏睡病的布氏錐體蟲（trypanosoma brucei）感染老鼠和兔子，然后再給它們注射化學衍生物，以確定其中是否有某種藥物可遏制感染。試驗了幾百種化學品后，埃爾利希與其合作者找到了他們的第一種抗生素：一種鮮艷的紅寶石色染料衍生物，埃爾利希稱之為“錐蟲紅”（Trypan Red）。這個以疾病和染料顏色并列命名的名字，主宰了醫(yī)學史近一個世紀的時間。