離開少年宮，楊晨輾轉(zhuǎn)進入北京蘆城體育運動學(xué)校，后來和周寧一起調(diào)入北京青年隊，因為年齡小，又被調(diào)整到北京青年三隊。當(dāng)時韓旭、周寧等人都被留在二隊。

除了年齡小，楊晨認為，“我家里條件一般，也沒有這個路子、那個路子的”。當(dāng)時與楊晨一起在三隊的，還有南方、李洪政。

被調(diào)整到三隊后，楊晨心情郁悶，一度打算不踢了，繼續(xù)讀書，“我的學(xué)習(xí)成績不錯，考大學(xué)沒問題”。

北京三隊教練劉敏新及時找楊晨談話，對他極盡挽留之情：“你跟著我好好練一年，肯定沒問題?！?/p>

回心轉(zhuǎn)意的楊晨，在三隊的這一年進步明顯，幾乎包辦了全隊的所有進球。1992年，18歲的他從三隊直接進入一隊，并參加了 1993年的全國比賽，還入選了戚務(wù)生組建的國奧隊。

1994年，中國足球職業(yè)聯(lián)賽拉開帷幕，北京隊更名為北京國安，楊晨身披 10號球衣征戰(zhàn)甲 A聯(lián)賽。隊中，他和周寧是小字輩球員，“體能訓(xùn)練時，我倆跑在最前面；比賽中拼得最兇的就是我倆”。

剛到國安時，楊晨的月工資是 1200元，跟老隊員沒法比?！澳菚r候小，不在乎工資，能掙錢就挺高興了?！痹趪残Я?，他的工資最高時，只有 1萬元左右。

在國安那幾年，楊晨過得并不如意。

剛開始，他要與高峰、高洪波、翟彪、謝峰等名將競爭，再后來，國安進攻端又是岡波斯、卡西亞諾、安德雷斯的天下。除此之外，傷病也不時來“串門”。1996年 4月，楊晨左腿半月板傷情嚴重，不得不手術(shù)。手術(shù)康復(fù)后，又在訓(xùn)練中與隊友相撞，腓骨骨折。“接二連三地受傷，狀態(tài)自然會受到影響”。

4年時間，楊晨為國安出場 55次，打進 7球。這還不及他后來在德甲法蘭克福第一個賽季的進球多。