制度上有了突破性進展，最困難的問題也隨之而來：如何在現(xiàn)有基礎上，進一步打破根深蒂固的官貴民賤的思想束縛，使得行政訴訟制度切實可行，保證人民因為政府違反合法行政原則的行政行為而受到的損失能夠通過法定程序得到實實在在的補償？各方面的阻力是很大的。甚至行政部門有人曾經(jīng)要聯(lián)名給中央寫信，害怕有了《行政訴訟法》會威脅到自己的權力，害怕自己因行政違法而上被告席。甚至有人認為，行政訴訟會動搖政府的權威與公信力，影響大局的穩(wěn)定。為此，彭真同志親自召開協(xié)調(diào)會，并向與會同志重申《中華人民共和國憲法》第四十一條的規(guī)定：中華人民共和國公民“對于任何國家機關和國家工作人員的違法失職行為，有向有關國家機關提出申訴、控告或者檢舉的權利”。參會的法工委同志對此做了詳細解釋，指出憲法規(guī)定的“任何國家機關和國家工作人員”包括行政機關及其工作人員，而“控告”就是向法院提起訴訟，《民事訴訟法（試行）》中涉及行政訴訟的規(guī)定是完全根據(jù)憲法制定出來的。

從1982年建立行政訴訟制度后，法院的行政案件審判工作穩(wěn)步開展，行政訴訟制度逐漸完善。1986年，民法通則制定后，由于要對民事訴訟法做出相應的修改與完善，全國人大法工委把行政訴訟法的研究工作也列入計劃，并召開一系列座談會對行政訴訟問題進行更加深入的專題研究。同年10月，由全國人大法工委、國務院法制局、法院系統(tǒng)、高校法學專家等成員組成行政立法研究小組，專門開展立法研究與行政訴訟法草案的起草工作。

1987年，行政立法研究小組起草了《行政訴訟法》的試擬稿，全國人大法工委將試擬稿發(fā)放到有關部門和地方征求意見，并根據(jù)各方面意見作出修改。1988年將修改后的征求意見稿下發(fā)，結(jié)合反饋意見做進一步完善后形成草案。同年10月，《行政訴訟法（草案）》提請全國人大常委會審議。常委會審議決定，公布《行政訴訟法（草案）》，向社會公開征求意見，《人民日報》在11月10日刊載了草案。草案向社會公布后，全國人大法工委多次召集各方面專家學者與部門負責同志召開座談會，聽取各方面意見，研究修改方案。這些意見牽涉多方利益，甚至司法機關與行政機關在某些問題上也有非常大的分歧，比如法院能否以判決形式變更行政行為。法院的同志普遍支持判決變更，從而對行政機關工作進行監(jiān)督與制約；而政府行政機關的同志則堅決反對這一司法權擴張的行為。這些意見分歧在當時看來比較棘手。全國人大法工委在《行政訴訟法（草案）》征求意見時明確指出：首先就是要強調(diào)保護公民的合法權益，在考慮包括受案范圍等問題時必須明確這一點；同時，從實際出發(fā)，在明確目標與方向的基礎上考慮可行性，有階段有步驟地處理好行政程序法與行政實體法的關系，促進行政管理法制化；如果有的行政機關工作人員侵犯了公民的合法權益，能通過司法程序得到及時解決，可以防止矛盾激化，避免發(fā)生過激行為，這有利于穩(wěn)定政治局面和維護良好的社會秩序，有利于保障四個現(xiàn)代化建設的順利進行。