面對高宗撤軍的命令，他拿出“將在外，君命有所不受”的勇氣，對全軍演講：

且人臣進思盡忠，有死無貳，公家之利，知無不為。主上欲吞滅高麗，先誅百濟，留兵鎮(zhèn)守，制其心腹。雖妖孽充斥，而備預甚嚴，宜礪戈秣馬，擊其不意，彼既無備，何攻不克？戰(zhàn)而有勝，士卒自安。然后分兵據(jù)險，開張形勢，飛表聞上，更請兵船。朝廷知其有成，必當出師命將，聲援才接，兇逆自殲。非直不棄成功，實亦永清海外。今平壤之軍既回，熊津又拔，則百濟余燼，不日更興，高麗逋藪，何時可滅？且今以一城之地，居賊中心，如其失腳，即為亡虜。拔入新羅，又是坐客，脫不如意，悔不可追?！ㄒ藞允赜^變，乘便取之，不可動也。④

意思是現(xiàn)在撤軍前功盡棄，不僅高麗難滅，百濟死灰復燃，連我們自己能否安全撤回國也是個問題，面對困難，我們要知難而上，用“成功”來說服皇上，讓他繼續(xù)派出援軍。全軍被他感動，決心留在百濟繼續(xù)作戰(zhàn)。

事實證明，劉仁軌還真是個帥才。在白江口戰(zhàn)役中利用敵人的驕狂，兵分兩翼誘敵深入，借助江口地形以少勝多，經(jīng)過艱苦的戰(zhàn)斗終于大敗日本、百濟聯(lián)軍，四戰(zhàn)四捷，日軍戰(zhàn)艦四百余艘被唐軍縱火焚毀，濃煙遮天蔽日，日軍主將陣亡，士兵傷亡十分慘重，據(jù)說海水都變成了紅色。這是歷史上有記載的中日第一次戰(zhàn)爭，中方取得了壓倒性的勝利。日軍狼狽逃離朝鮮半島，舉國上下惶惶不可終日，以為劉仁軌一定會來報復攻打日本本土，于是在對馬島、壹岐島、筑紫國等地緊急構筑大批城防和烽火臺。不過劉仁軌還真沒那個閑心去日本泡溫泉。此戰(zhàn)后百濟徹底滅亡，從而為后來消滅高麗打下了一個雄厚的基礎。所以說，劉仁軌絕對是個很有才干的人，對國家有大貢獻，后來官拜宰相。

可是這人毛病也不小，首先他比較滑頭，前面告貪官那件事，也能體現(xiàn)他的這個特點，自己不出頭，想把狄仁杰當槍使。其次這個人人際關系差，比如他和親弟弟都搞不到一起去。他當官，他弟弟劉仁相在家務農(nóng)，兩人關系勢同水火，有人勸他弟弟求哥哥照顧一下，免除徭役負擔什么的，當時五品以上官員的親屬有這個特權，但是他弟弟不干，說了這么一句話：“我不愿意在狗尾巴底下乘涼！”你看看這關系處的。劉仁軌在朝里對頭也多，其中有一個就是宰相李敬玄（唐朝是多宰相制，目的是避免宰相權力坐大），聽說吐蕃進犯，劉仁軌在皇帝面前推薦李敬玄帶兵打仗，這是使壞，是想讓李敬玄丟人，可是這也是損害國家利益啊，打仗是鬧著玩的事情嗎？無奈唐高宗這人很信任劉仁軌，真的委派李敬玄，李敬玄趕緊說：“臣是文臣，不會打仗。”高宗說：“劉仁軌推薦你，你就去，他就是要朕去，朕也得去！”李敬玄沒辦法，率領著18萬大軍上了青藏高原。

一上高原，唐軍和吐蕃在青海湖附近打起來了。李敬玄果真不是個打仗的材料，前鋒剛剛有一點挫敗，他就嚇得撤軍，吐蕃軍隊在后面緊追不舍。眼看著唐軍要全軍覆沒了，幸虧有將領挺身而出，召集500人的敢死隊夜襲吐蕃。黑暗之中吐蕃人一時間也不知道唐軍有多少人，陷入混亂，這樣唐軍大部隊才得以逃脫。