歸國(guó)后，李鴻章通過(guò)他的關(guān)系讓孫中山協(xié)助刺殺康有為。孫中山制定了行動(dòng)方案后又開始搖擺不定，因?yàn)檫@時(shí)以康梁為首的?；庶h已經(jīng)開始以牙還牙地報(bào)復(fù)。北京的榮祿和剛毅、廣東的李鴻章和劉學(xué)詢均成為暗殺目標(biāo)。

在?；庶h眼里，劉學(xué)詢要比李鴻章、榮祿還要兇險(xiǎn)。梁?jiǎn)⒊瑢?duì)刺殺劉學(xué)詢最為積極，多次指出：“卯金（即劉）富而多謀，今以全力謀我，阻力之大過(guò)于榮（指榮祿），不可不先圖之?！薄半嘧硬辉?，我輩終無(wú)著手之地?！贝吡畈幌Т鷥r(jià)刺殺劉學(xué)詢，甚至計(jì)劃雇用日本浪人行刺。

1900年4月24日，劉學(xué)詢從澳門返回廣東，剛到廣州口岸，就被?；庶h的刺客擊中胸口。劉學(xué)詢血流不止，送往西醫(yī)就診，虧得他衣服穿得較多，子彈僅入皮肉三分，撿回了一條性命，但也足以使其膽戰(zhàn)心驚了?？梢?jiàn)有時(shí)候槍的好壞和衣服的厚薄都能影響和改變歷史。

“庚子拳亂”，劉學(xué)詢極力慫恿李鴻章和孫中山聯(lián)合，趁亂搞“兩廣獨(dú)立”。李鴻章權(quán)衡一番，最后還是決定北上擒王，重?cái)埓髾?quán)。劉學(xué)詢心灰意冷，沒(méi)再跟隨，到了上海。

然而孫中山卻是精力充沛，百折不撓，當(dāng)時(shí)他人在臺(tái)灣，卻策劃了鄭士良的惠州起義和史堅(jiān)如的廣州爆炸。因?yàn)楫?dāng)時(shí)劉學(xué)詢?cè)谏虾＃瑢O中山?jīng)]能及時(shí)通知他，所以資金短缺，惠州起義雖然頗有聲勢(shì)，但事實(shí)上打了不少折扣。起義失敗后，孫中山曾經(jīng)派日本浪人平山周給劉學(xué)詢帶去一封很長(zhǎng)的秘信，表示愿意奉劉為首：“或稱總統(tǒng)，或稱帝王，弟決奉足下當(dāng)之。故稱謂由足下裁決?！笨上У氖?，劉學(xué)詢并沒(méi)有接到這封信，要是當(dāng)年他及時(shí)接到這封信，按照他的野心和實(shí)力，看到惠州起義的聲勢(shì)，很有可能會(huì)全力以赴地投入支持。那樣的話，歷史或許真的要改寫了。

此后，他就再也沒(méi)有和孫中山的革命黨聯(lián)系，也沒(méi)有北上追隨李鴻章。隨著局勢(shì)的推移，他逐漸退出了政治舞臺(tái)。