左宗棠一方面拒絕李鴻章相助，一方面迅速提請讓劉松棠的侄子劉錦棠為新統(tǒng)帥，繼續(xù)令劉部主攻金積寨。1871年1月6日馬化漋投降，歷時1年3個多月的金積堡戰(zhàn)役完結。

金積堡被收復后，陜甘情形改變，河州馬占鰲急忙請降，但他卻拒絕交出武器。而新疆妥得　接到求援后，派數(shù)千兵馬準備進入陜甘。陜甘形勢大變后，馬占鰲、馬永福等多地起義領袖再次發(fā)動叛亂。經過多次談判失敗之后，9月16日左宗棠率軍駐扎定西縣向馬占鰲發(fā)動進攻。1872年元月，馬占鰲投降。左宗棠奏請清廷封賞了馬占鰲后便縮編馬部為三營，由馬占鰲率領。

1872年8月18日，被封為陜甘總督7年后，左宗棠第一次來到了總督駐地蘭州。9月中旬，左宗棠命劉錦棠率部進攻青海三馬。其后，馬永福及陜西回軍的一些首領投降。1872年11月攻占西寧后，馬桂源、馬本源兄弟撤退到今天的青海化隆，1873年2月馬氏兄弟被捉。

陜甘回民起義只剩下肅州（酒泉）一個中心，酒泉馬文祿部收羅了陜甘回民起義中的殘余勢力，同時，新疆援軍也準備開赴肅州。但斜刺里殺出一個沙俄，它入侵伊犁，一方面與阿古柏沆瀣一氣，一方面屠殺回民起義。因為許多回民起義軍也支持祖國統(tǒng)一，僅是反對清廷而已。所以，俄方也向他們舉起了屠刀。

清廷忙派成祿講和。因為身處戰(zhàn)亂地區(qū)，淮軍劉銘傳部奉命進兵新疆，為成祿開辟安全通道。

1872年1月7日，徐占彪部到達高臺后向肅州發(fā)動進攻，到了1873年9月左宗棠親自到達肅州，劉錦棠部馳援，最終于10月18日攻入肅州。入城后，劉錦棠部焚城，將城中4500多已經投降的成年回族同胞殘殺。