1865年初，太平天國(guó)余部撤退到廈門(mén)、漳州一帶。左宗棠立刻命黃少春、王德榜，李鴻章命郭松林、楊鼎勛猛攻漳州。左宗棠于4月15日來(lái)到福州指揮作戰(zhàn)，6月李世賢被汪海洋殺死，清廷下令加封左宗棠管制廣東、福建、江西三省軍事。7月汪海洋逃往廣東，左宗棠率軍進(jìn)入廣東。12月12日嘉應(yīng)戰(zhàn)役開(kāi)始，22日夜嘉應(yīng)城失陷。

1866年2月18日，左宗棠從廣東回到福州閩浙總督衙門(mén)，太平天國(guó)運(yùn)動(dòng)徹底失敗。自2月份開(kāi)始的7個(gè)多月，是左宗棠為政福州時(shí)期。期間他開(kāi)始了左氏洋務(wù)運(yùn)動(dòng)：修建福州船政局、建立了第一家海軍學(xué)校。在此基礎(chǔ)上形成的馬尾水師，也成了中國(guó)近代海軍的雛形之一。通過(guò)這一偉大行為，則透露出左宗棠的睿智，也打破了左氏只重陸防的謠言。

就連一向同左宗棠交惡的趙烈文也不得不認(rèn)為：“在浙江，紹興居民皆已復(fù)業(yè)，蕭山諸境，民船夜行，櫓聲相應(yīng)也，杭省百?gòu)U俱起，復(fù)城未兩月，已議及海塘。各郡之漕皆減定，頌聲大作。以此觀之，左之吏治實(shí)勝李（暗指李鴻章）十倍?！?/p>

然而，這種努力陡然間被一件重要且緊急的事情打破了：南方太平天國(guó)運(yùn)動(dòng)被剿滅后，北方數(shù)省的農(nóng)民起義、西北少數(shù)民族起義、西北外國(guó)殖民侵略戰(zhàn)爭(zhēng)同時(shí)爆發(fā)，晚清政府統(tǒng)治再次處在風(fēng)雨飄搖中。湘軍、淮軍必須北上，否則，清廷統(tǒng)治將難以為繼。作為封疆大吏的左宗棠，其實(shí)對(duì)北方發(fā)生的事情早有觀察，特別是新疆。

彼時(shí)，北方大地，也就是今天的新疆、陜西、甘肅（寧夏、青海歸屬甘肅管轄）大亂有著深刻的歷史原因和現(xiàn)實(shí)原因，在那里有四個(gè)國(guó)家九方勢(shì)力進(jìn)行著角逐，問(wèn)題異常復(fù)雜，稍有不慎，即使平定之后，也會(huì)因?yàn)槌鸷藜觿?zāi)亂。

西北的混亂必須要由重臣、能臣解決。當(dāng)時(shí)，曾左李最合適。但因?yàn)樵鴩?guó)藩地位和年齡的原因，就得從左李二人中選定。最終，左宗棠被選中前往西北。然而，因?yàn)榇值氖聞?wù)，左宗棠數(shù)次請(qǐng)求延期出征。待三顧請(qǐng)來(lái)林則徐的女婿沈葆楨、制訂船政局各項(xiàng)章程、挑選廠址等問(wèn)題解決后，左宗棠最終于1866年11月16日離開(kāi)福州。