這一方法可以普遍地應用到一切主題之上，無論它們之間有什么差異：

我們一定不要以為某種知識比另一種知識更加晦暗不明，因為一切知識都具有同樣徹底的性質(zhì)，都只是由自明之物的聯(lián)合構(gòu)成的。

笛卡兒的方法的普遍性在他出版于1637年的《談?wù)劮椒ā分械玫搅藦娬{(diào)：

只要我們不把假的當成真的加以接受，并且一直遵守由此推彼的必然次序，就不會有什么東西遙遠得我們根本無法達到，隱蔽得我們根本發(fā)現(xiàn)不了。

因此，在笛卡兒看來，一切知識都在于自明的直覺和必然的演繹。我們要把復雜的晦暗不明之物分解為簡單自明之物，然后以有序的方式把產(chǎn)生的個體結(jié)合在一起。為了進行認識，我們必須把“簡單性質(zhì)”、直覺對象隔離開來，“以堅定的心靈分別對它們加以審查”。然后，我們再以演繹之鏈把它們結(jié)合在一起。為了創(chuàng)立其他對象，這些簡單性質(zhì)要結(jié)合起來，而整個人類知識就在于對這種結(jié)合方式的清楚知覺。

笛卡兒式的理性分析，還有一個更深的形而上學維度。在闡明獲得確定知識的過程中，笛卡兒認為他所揭示的，是所有科學的統(tǒng)一性、知識的統(tǒng)一性。在他看來，這與思想自身的秩序、與認識著的心靈的結(jié)構(gòu)完全相同。而且，這一思想秩序顯然被認為反映了事物的秩序。在《原則》中，直覺與作為它們的對象相關(guān)物的簡單性質(zhì)之間沒有缺口。在后來的《第一哲學沉思集》（1641）中，可能的徹底懷疑在觀念與物質(zhì)世界之間、在心靈結(jié)構(gòu)與它意欲認識的實在結(jié)構(gòu)之間打開了一個缺口。不過，借助于一個誠實可靠的上帝，這一缺口得到閉合。一個個體心靈通過對思想性質(zhì)的反省，最終獲得上帝賦予和保證的普遍理性，從而獲得實在本身的結(jié)構(gòu)，因為根據(jù)笛卡兒的理性主義，它與心靈的結(jié)構(gòu)等同。

理性與實在之間的這種同構(gòu)，因其建基于一個誠實可靠的上帝，從而給了理性一種準神性的品質(zhì)。理性是上帝灌注給人的神圣火光。這是把人的理性能力當作神性的反映那一觀念在十七世紀的樣式，根據(jù)這種觀念，人是根據(jù)上帝的形象被造出來的。

笛卡兒的理性分析的另一個特征在這里至為關(guān)鍵，那就是它把他那心靈與物質(zhì)之間的對立聯(lián)結(jié)了起來。笛卡兒方法的基本單位是分離的、鋒利的和自足的心靈項目。這一點在他后來的著作中甚至變得更加明確。知識的工具是清楚的、邊界分明的心靈狀態(tài)，彼此之間完全分離：